Identification and transition analysis of stable states (attractors) of time-course gene expression of developmental and differentiation system

发育和分化系统时程基因表达稳定状态（吸引子）的识别和转变分析

• 批准号: 22700311
• 负责人: OGISHIMA Soichi
• 金额: $ 2.08万
• 依托单位: Tohoku University (2012)Tokyo Medical and Dental University (2010-2011)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22700311/
• 关键词: 生体生命システム情報学; 発生・分化; 時系列発現解析; システム生物; 時系列遺伝子発現; アトラクター

We established a novel method to understand developmental and differentiation process as transition of stable states (attractors) of time-course gene expression. We defined a phase space by principal component analysis on gene expression data during iPS cells differentiations. We then calculated an appearance frequency of each cellular state based on gene expression data, and calculated an occurrence probability of each cellular state as expression potential field showing stability of each cellular state.

我们建立了一种新的方法来理解发育和分化过程的稳定状态（吸引子）的过渡时程基因表达。通过对iPS细胞分化过程中基因表达数据的主成分分析，我们定义了一个相空间。然后，我们基于基因表达数据计算每个细胞状态的出现频率，并且计算每个细胞状态的出现概率作为表示每个细胞状态的稳定性的表达势场。

项目成果

BioCichlid: central dogma-based 3D visualization system of time-course microarray data on a hierarchical biological network

• DOI: 10.1093/bioinformatics/btp008
• 发表时间: 2009-02-15
• 期刊: BIOINFORMATICS
• 影响因子: 5.8
• 作者: Ishiwata, Ryosuke R.;Morioka, Masaki S.;Tanaka, Hiroshi
• 通讯作者: Tanaka, Hiroshi

(2011) Inference of DiseaseAttractors and Gene Regulatory Network of Disease Progression

(2011)疾病吸引子的推断和疾病进展的基因调控网络

• 发表时间: 2011
• 作者: Kengo Sato;Yuki Kato;Michiaki Hamada;Tatsuya Akutsu and Kiyoshi Asai;Zhuang J.;Ogishima S
• 通讯作者: Ogishima S

(2013)システムバイオロジーの動向とクリニカルシステムシステムバイオロジーへの展開

(2013)系统生物学的趋势和临床系统生物学的发展

• 发表时间: 2013
• 作者: Kana Shimizu;Koji Tsuda;大久保智哉;荻島創一
• 通讯作者: 荻島創一

(2011) Inference of the master regulators in the gene regulatory network of Alzheimer'sdisease progression

(2011)阿尔茨海默病进展基因调控网络中主调控因子的推论

• 发表时间: 2011
• 作者: Kengo Sato;Yuki Kato;Michiaki Hamada;Tatsuya Akutsu and Kiyoshi Asai;Zhuang J.;Ogishima S;Yuki Kato;Ogishima S
• 通讯作者: Ogishima S

(2012)バイオ実験に絶対使える統計の基本Q&A～論文が書ける読めるデータが見える!

(2012) 绝对可以用于生物实验的统计学基本问答 - 查看有助于你写论文的可读数据！

• 发表时间: 2012
• 作者: Nanio;K.Z.;田中博,茂櫛薫,荻島創一,高井貴子;Yuki Kato;秋山徹(監修),井元清哉(編集),河府和義(編集),藤渕航(編集),荻島創一
• 通讯作者: 秋山徹(監修),井元清哉(編集),河府和義(編集),藤渕航(編集),荻島創一