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包括的解析技術を用いた細胞分化における遺伝子発現の学習則の探索

利用综合分析技术寻找细胞分化过程中基因表达的学习规则

基本信息

批准号：
09J05120
负责人：
團野宏樹
金额：
$ 1.22万
依托单位：
The Institute of Physical and Chemical Research
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2009
资助国家：
日本
起止时间：
2009 至 2011
项目状态：
已结题

项目摘要

細胞が分化する過程において、遺伝子の発現はオンまたはオフに固定化される。このような遺伝子発現の固定化を、脳の学習のアナロジーとして見立てることが可能である。先行研究から、プロモーターに関連した非コードRNA(PASR)が遺伝子発現の固定化に関与することが予想された。そこで、本研究では包括的解析技術を用いることにより先行研究を一般化し、細胞分化における遺伝子発現の学習則「PASRを介した遺伝子発現状態の固定化」があるかを調査する。本年度は、昨年度行ったメチル化DNA免疫沈降法(MeDIP)に加え、より高いダイナミックレンジを担保するため、MBD(Methyl CpG binding domain)による親和性沈降実験を行い、細胞分化の前後におけるDNAメチル化の変化を調べる実験を行った。さらに、エピジェネティクス変化を包括的に理解するために、MBD沈降産物を次世代シーケンシングで解析中である。また、昨年度に行ったマイクロアレイ解析の結果をもとに、数種類の未分化・分化状態特異的に発現するプロモーターRNAをRACE法によって同定した。同定した未分化状態特異的RNA及び分化状態特異的RNAについては、cDNAに変換し発現ベクターに組込み、それぞれ、分化細胞と未分化細胞にエレクトロポレーションを行った。プロモーターRNAの細胞導入が細胞状態や遺伝子発現にどのような影響を与えるかを調べるために、フローサイトメトリー・細胞ソート・RT-qPCRを用いて解析を行った。

Cell differentiation process, gene development and immobilization The development of this gene is immobile, and the study is possible. The first study was to investigate the relationship between the development of non-RNA (PASR) and the immobilization of DNA. This study included the investigation of the application of analytical techniques in generalization, cell differentiation, and gene development learning, and the investigation of PASR mediation and gene development immobilization. This year, we conducted the MeDIP assay to enhance the affinity sedimentation process, to enhance the DNA affinity before and after cell differentiation, and to enhance the MBD affinity sedimentation process. The analysis of MBD precipitation products in the next generation The RACE method was used to determine the results of the RACE analysis. RNA specific to the same undifferentiated state and RNA specific to the same differentiated state are included in the list of RNA, cDNA, and RNA. The introduction of RNA into cells affects cell status, gene expression, and analysis by RT-qPCR.