Construction of Integrated Molecular Network Based on Interaction and Structural Information

基于相互作用和结构信息的集成分子网络的构建

• 批准号: 21310131
• 负责人: SARAI Akinori
• 金额: $ 10.65万
• 依托单位: Kyushu Institute of Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2009 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21310131/
• 关键词: 分子ネットワーク; 相互作用; 分子構造; データベース; 構造

We have developed an integrated database/tool of biomolecular network, PDBnet, based on the structural and interaction information, in order to get useful information from the structurome. We have developed various interfaces for searching data and visualizing the results, which enables users to get insight into the relationship among structure, interaction, network and function of molecules. Using the data in PDBnet, we have made systematic analyses on the relationship among various properties at molecular structure, interaction and network levels to demonstrated the utility of PDBnet.

我们开发了一个基于结构和相互作用信息的生物分子网络集成数据库/工具PDBnet，以便从结构组中获取有用的信息。我们开发了各种界面，用于搜索数据和可视化结果，使用户能够深入了解分子的结构，相互作用，网络和功能之间的关系。利用PDBnet中的数据，我们从分子结构、相互作用和网络水平上对各种性质之间的关系进行了系统的分析，以证明PDBnet的实用性。

项目成果

未構造タンパク質の機能的進化的特性:生物種特異的解析

非结构蛋白的功能和进化特性：物种特异性分析

• 发表时间: 2009
• 作者: 黄鶴;皿井明倫
• 通讯作者: 皿井明倫

Prediction of mono- and di-nucleotide-specific DNA-binding sites in proteins using neural networks.

• DOI: 10.1186/1472-6807-9-30
• 发表时间: 2009-05-13
• 期刊: BMC structural biology
• 作者: Andrabi M;Mizuguchi K;Sarai A;Ahmad S
• 通讯作者: Ahmad S

Analysis of Relationship among Evolvability, Thermodynamics and Function of Intrinsically Disordered Proteins/Regions

本质无序蛋白质/区域的进化性、热力学和功能之间的关系分析

• 发表时间: 2012
• 期刊: Compt. Biol. Chem.
• 作者: J. Wada;R. Kamada;Y. Chuman;T. Imagawa;and K. Sakaguchi;H. He and A. Sarai
• 通讯作者: H. He and A. Sarai

A signature-based method for indexing cell cycle phase distribution from microarray profiles.

• DOI: 10.1186/1471-2164-10-137
• 发表时间: 2009-03-30
• 期刊: BMC genomics
• 影响因子: 4.4
• 作者: Mizuno H;Nakanishi Y;Ishii N;Sarai A;Kitada K
• 通讯作者: Kitada K

転写因子のゲノムスケールでのターゲット予測:相互作用情報を用いた方法

转录因子的基因组规模目标预测：一种利用相互作用信息的方法

• 发表时间: 2009
• 作者: 大庭宏明;藤井聡;皿井明倫
• 通讯作者: 皿井明倫