トランスポゾンのゲノム進化動態に与える影響

转座子对基因组进化动力学的影响

• 批准号: 10J06340
• 负责人: 木島 隆之
• 金额: $ 1.34万
• 依托单位: The Graduate University for Advanced Studies
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-10J06340/
• 关键词: トランスポゾン; 集団遺伝; 集団遺伝学

本研究における重要な点は、トランスポゾンのコピー数変動動態に加えて同時にトランスポゾンの配列の進化動態を詳細に示せることにある。また、トランスポゾン配列からトランスポゾンの転移活性を定義することにより、コピー数変動と転移活性との関係を示すことができる。トランスポゾンが数を増やすことにより宿主の適応度を下げるような選択が強く働く場合、すなわち、コピー数が少ない場合、転移活性は高いまま維持されることが示された。逆に、選択が弱い場合、すなわち、コピー数が多い場合は、転移活性を失ったコピーがその大部分を占めることが示された。ただし、この結果には重大な問題点がある。現在のパラメタでは、一個体中でトランスポゾンが挿入可能なサイトの数が、選択が低い場合のコピー数の最大値の約二倍しかなく、現実的なモデルとはいえない。また、集団中では、ほぼすべてのサイトにトランスポゾンが挿入することになり、あるサイトにおけるトランスポゾンの固定確率が非常に高くなる要因ともなっている。この結果は、転移活性を失ったトランスポゾンが集団中に維持され続けるためには、ある程度そのサイトにおける頻度が高くなくてはならない事を示しているとも言える。ここから、転移活性の高いトランスポゾンは挿入多型を示すことが考えられる。実際に、Aluと言ったレトロトランスポゾンでは、コピー数とともに挿入多型を考慮してそのサブファミリーのエイジを推定している。また、出芽酵母での集団ゲノム解析からも同様の結果が示されている。以上、トランスポゾンの固定確率、トランスポゾンの頻度分布と転移活性の関係に関して結果をまとめ論文として執筆中である。

This study に お け る important な は, ト ラ ン ス ポ ゾ ン の コ ピ ー number - moving dynamic に plus え て simultaneously に ト ラ ン ス ポ ゾ ン の match column の evolutionary dynamic を に detail shown せ る こ と に あ る. ま た, ト ラ ン ス ポ ゾ ン match column か ら ト ラ ン ス ポ ゾ ン の move planning activity definition を す る こ と に よ り, コ ピ ー number - move と move planning activity と の masato is を shown す こ と が で き る. ト ラ ン ス ポ ゾ ン が number を raised や す こ と に よ り host franch の 応 を under げ る よ う な sentaku が strong く 働 く occasions, す な わ ち, コ ピ ー number less が な, planning to move activity は high い い occasions ま ま maintain さ れ る こ と が shown さ れ た. Weak inverse に, sentaku が い occasions, す な わ ち, コ ピ ー number が は い occasions, planning to move more active を lost っ た コ ピ ー が そ の accounted for most of the を め る こ と が shown さ れ た. Youdaoplaceholder0 ただ, <s:1> results に, な major な problem points がある. Now の パ ラ メ タ で は, one individual で ト ラ ン ス ポ ゾ ン が scions into possible な サ イ ト の が, sentaku が low い occasions の コ ピ ー number の numerical の is about 2 times the largest し か な く, now be な モ デ ル と は い え な い. ま た, set 団 で は, ほ ぼ す べ て の サ イ ト に ト ラ ン ス ポ ゾ ン が scions into す る こ と に な り, あ る サ イ ト に お け る ト ラ ン ス ポ ゾ ン が の is fixed rate very high に く な る by と も な っ て い る. は こ の results, planning to move activity を lost っ た ト ラ ン ス ポ ゾ ン が set 団 に maintain さ れ 続 け る た め に は, あ る degree そ の サ イ ト に お け る high frequency が く な く て は な ら な い matter を shown し て い る と も said え る. The active <s:1> ら, 転 are transferred to the high <s:1> トラ トラ スポゾ <e:1> トラ トラ を is inserted into the polymorphic を, and the す とが is found in the えられる. Be interstate に, Alu と said っ た レ ト ロ ト ラ ン ス ポ ゾ ン で は, コ ピ ー number と と も に scions into polymorphism を consider し て そ の サ ブ フ ァ ミ リ ー の エ イ ジ を presumption し て い る. Youdaoplaceholder0, germinating yeast で, <s:1> group ゲノム, analysis of ら で, similar <s:1> results が show されて る る. Above, ト ラ ン ス ポ ゾ ン の fixed rate indeed, ト ラ ン ス ポ ゾ ン の と frequency distribution planning move active の masato is に masato し て results を ま と め paper と し て penned in で あ る.

项目成果

トランスポゾン塩基配列の進化動態の再構築の試み

尝试重建转座子碱基序列的进化动力学

• 发表时间: 2011
• 作者: 木島隆之;印南秀樹
• 通讯作者: 印南秀樹

On the Estimation of the Insertion Time of LTR Retrotransposable Elements

• DOI: 10.1093/molbev/msp295
• 发表时间: 2010-04-01
• 期刊: MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION
• 影响因子: 10.7
• 作者: Kijima, T. E.;Innan, Hideki
• 通讯作者: Innan, Hideki

On the estimation of the insertion time of LTR retrotransposonble elements.

LTR逆转录转座子元件插入时间的估计。

• 发表时间: 2010
• 期刊: Molecular Biology and Evolution
• 影响因子: 10.7
• 作者: T.E.Kijima;Hideki Innan
• 通讯作者: Hideki Innan

Reconstructing Evolutionary dynamics of Retrotransposable Elements

重建逆转录转座元件的进化动力学

• 发表时间: 2012
• 作者: T.E.Kijima;Hideki Innan
• 通讯作者: Hideki Innan