悉皆的二次代謝経路推定に向けたデータベースおよび要素技術の研究開発

次生代谢途径综合评价数据库及基础技术研发

基本信息

项目摘要

遺伝子情報からの代謝物の推定法を活用し、実験により得られた新規化合物について部分構造に基づいた類似化合物の生合成経路から出発物質と代謝経路を予測する、あるいは、逆方向に類似の生産物質から出発物質の予測をする。また、遺伝子のアミノ酸配列情報と候補となる二次代謝物の部分構造情報を活用した酵素遺伝子のアノーテーションづけを行うことを目標としたデータベース構築が本研究の課題である。そこで、生合成マシナリー・データベースの構築に向けた情報収集ならびに生物種-代謝物-酵素の関係を体系化するためのデータベースを設計を行った。具体的には、フラボノイド、テルペノイド、ポリケタイド、ペプチドなど生物種を考慮に入れた既知生合成酵素についてアミノ酸配列、反応様式、ドメインに関する情報および二次代謝物の反応情報の蓄積を進めるに至っている。また、二次代謝物を生合成する生物を分類体系に従って検索できるDBの公開を行った。データベースにおける登録形式は、反応番号、酵素名、反応式、生物種、遺伝子名、文献から構成され、この形式に従ってデータを蓄積し、プロトタイプデータベースの運用を検討する。本形式においては、最低限度の代謝反応から遺伝子へのリンク情報を得ることができる。
Heritage 伝 child intelligence か ら の metabolites の estimate を appropriate し, be 験 に よ り have ら れ た new rules compound に つ い て partially constructed に base づ い た の similar compounds biosynthesis 経 road か ら 経 road を と 発 substance metabolism can be す る, あ る い は に similar の production material, reverse direction か ら の 発 substance can be を す る. ま た, but 伝 の ア ミ ノ acid with column intelligence と alternate と な る secondary metabolites の part structure intelligence を use し た enzyme heritage 伝 son の ア ノ ー テ ー シ ョ ン づ け を line う こ と を target と し た デ ー タ ベ ー ス build が の this research topic で あ る. そ こ で, biosynthesis マ シ ナ リ ー · デ ー タ ベ ー ス の build に to け た intelligence 収 set な ら び に biological kind of metabolite - enzyme の masato is systematic を す る た め の デ ー タ ベ ー ス を line design を っ た. Specific に は, フ ラ ボ ノ イ ド, テ ル ペ ノ イ ド, ポ リ ケ タ イ ド, ペ プ チ ド な ど biological を consider に into れ た already know biosynthesis enzyme に つ い て ア ミ ノ acid column, anti 応 others type, ド メ イ ン に masato す る intelligence お よ び accumulation of secondary metabolites の anti 応 intelligence の を into め る に to っ て い る. を ま た, secondary metabolite biosynthesis す る biological classification system of を に 従 っ て 検 cable で き る line DB の publicly を っ た. デ ー タ ベ ー ス に お け る login form, は 応 mash, enzyme and anti 応 type, biological species, but 伝 name, literature か ら constitute さ れ, こ の form に 従 っ て デ ー タ を accumulation し, プ ロ ト タ イ プ デ ー タ ベ ー ス の using を beg す 検 る. This form に お い て は, minimum の metabolic 応 か ら posthumous son 伝 へ の リ ン ク intelligence を る こ と が で き る.

项目成果

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Dynamics of time-lagged gene-to-metabolite networks of Escherichia coli elucidated by integrative omics approach.
  • DOI:
    10.1089/omi.2010.0074
  • 发表时间:
    2011-01
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Hiroki Takahashi;R. Morioka;Ryosuke Ito;T. Oshima;M. Altaf-Ul-Amin;N. Ogasawara;S. Kanaya
  • 通讯作者:
    Hiroki Takahashi;R. Morioka;Ryosuke Ito;T. Oshima;M. Altaf-Ul-Amin;N. Ogasawara;S. Kanaya
Easy Gene Classifier to Functional Group for Bacillus subtilis and Arabidopsis thaliana
枯草芽孢杆菌和拟南芥功能组的简单基因分类器
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Species-metabolite relation database KNApSAcK
物种-代谢物关系数据库 KNApSAcK
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Metabolomics of Medicinal Plants: The Importance of Multivariate Analysis of Analytical Chemistry Data
  • DOI:
    10.2174/157340910791760055
  • 发表时间:
    2010-09-01
  • 期刊:
  • 影响因子:
    1.7
  • 作者:
    Okada, Taketo;Afendi, Farit Mochamad;Kanaya, Shigehiko
  • 通讯作者:
    Kanaya, Shigehiko
Metabolomics application of species-metabolite relation database KNApSAcK
物种-代谢物关系数据库KNApSAcK的代谢组学应用
  • DOI:
  • 发表时间:
    2010
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Kanaya;S;Takahashi;H.,. Md.Altaf-Ul ; Nakamura;K.;Hirai;A.;Asahi;H.;Parvin;A.K.
  • 通讯作者:
    A.K.
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金谷 重彦其他文献

オリゴヌクレオチド頻度のSOM解析による真核生物ゲノム配列に潜む生物種による個性の解明
使用寡核苷酸频率的 SOM 分析阐明隐藏在真核基因组序列中的物种的个体性
  • DOI:
  • 发表时间:
    2007
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    濱野 祐太;池村 淑道;金谷 重彦
  • 通讯作者:
    金谷 重彦
Data Science - Current Challenge
数据科学 - 当前的挑战
  • DOI:
  • 发表时间:
    2017
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Shigehiko Kanaya;Md Altaf-Ul-Amin;Samuel K Kiboi;Farit Mochamad Afendi;金谷 重彦;金谷 重彦;Shigehiko Kanaya
  • 通讯作者:
    Shigehiko Kanaya
エボラ・インフルエンザウイルスの方向性のあるゲノム配列変化
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  • DOI:
  • 发表时间:
    2016
  • 期刊:
  • 影响因子:
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  • 作者:
    和田佳子;和田健之介;岩崎 裕貴;金谷 重彦;池村淑道
  • 通讯作者:
    池村淑道
延命草由来enmeinの毛乳頭細胞増殖促進活性における標的分子の同定
Enmeiso来源的enmein促进真皮乳头细胞增殖活性靶分子的鉴定
  • DOI:
  • 发表时间:
    2021
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    岡田 岳人;並木 隆雄;峠 隆之;金谷 重彦;萬瀬貴昭,羅 鳳琳,宮地大樹,加藤和寛,岡田枝里子,岡崎 茜,柳田満廣,中村 翔,森川敏生
  • 通讯作者:
    萬瀬貴昭,羅 鳳琳,宮地大樹,加藤和寛,岡田枝里子,岡崎 茜,柳田満廣,中村 翔,森川敏生
漢方薬のケモメトリクス解析: 複数のMS分析から得られた方剤煎液水溶成分の統合フィンガープリントと処方適用「証」の相関解析
中药化学计量分析:多次MS分析获得的中药汤剂水成分综合指纹图谱与处方应用“证明”的相关性分析
  • DOI:
  • 发表时间:
    2018
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    岡田 岳人;峠 隆之;及川 彰;並木 隆雄;山崎 真巳;金谷 重彦;斉藤 和季
  • 通讯作者:
    斉藤 和季

金谷 重彦的其他文献

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    23H00552
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    2023
  • 资助金额:
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