悉皆的二次代謝経路推定に向けたデータベースおよび要素技術の研究開発

次生代谢途径综合评价数据库及基础技术研发

• 批准号: 22128009
• 负责人: 金谷 重彦
• 金额: --
• 依托单位: Nara Institute of Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2014
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22128009/
• 关键词: ゲノム; バイオテクノロジー; 生体生命情報; データベース

遺伝子情報からの代謝物の推定法を活用し、実験により得られた新規化合物について部分構造に基づいた類似化合物の生合成経路から出発物質と代謝経路を予測する、あるいは、逆方向に類似の生産物質から出発物質の予測をする。また、遺伝子のアミノ酸配列情報と候補となる二次代謝物の部分構造情報を活用した酵素遺伝子のアノーテーションづけを行うことを目標としたデータベース構築が本研究の課題である。そこで、生合成マシナリー・データベースの構築に向けた情報収集ならびに生物種-代謝物-酵素の関係を体系化するためのデータベースを設計を行った。具体的には、フラボノイド、テルペノイド、ポリケタイド、ペプチドなど生物種を考慮に入れた既知生合成酵素についてアミノ酸配列、反応様式、ドメインに関する情報および二次代謝物の反応情報の蓄積を進めるに至っている。また、二次代謝物を生合成する生物を分類体系に従って検索できるDBの公開を行った。データベースにおける登録形式は、反応番号、酵素名、反応式、生物種、遺伝子名、文献から構成され、この形式に従ってデータを蓄積し、プロトタイプデータベースの運用を検討する。本形式においては、最低限度の代謝反応から遺伝子へのリンク情報を得ることができる。

Heritage 伝 child intelligence か ら の metabolites の estimate を appropriate し, be 験 に よ り have ら れ た new rules compound に つ い て partially constructed に base づ い た の similar compounds biosynthesis 経 road か ら 経 road を と 発 substance metabolism can be す る, あ る い は に similar の production material, reverse direction か ら の 発 substance can be を す る. ま た, but 伝 の ア ミ ノ acid with column intelligence と alternate と な る secondary metabolites の part structure intelligence を use し た enzyme heritage 伝 son の ア ノ ー テ ー シ ョ ン づ け を line う こ と を target と し た デ ー タ ベ ー ス build が の this research topic で あ る. そ こ で, biosynthesis マ シ ナ リ ー · デ ー タ ベ ー ス の build に to け た intelligence 収 set な ら び に biological kind of metabolite - enzyme の masato is systematic を す る た め の デ ー タ ベ ー ス を line design を っ た. Specific に は, フ ラ ボ ノ イ ド, テ ル ペ ノ イ ド, ポ リ ケ タ イ ド, ペ プ チ ド な ど biological を consider に into れ た already know biosynthesis enzyme に つ い て ア ミ ノ acid column, anti 応 others type, ド メ イ ン に masato す る intelligence お よ び accumulation of secondary metabolites の anti 応 intelligence の を into め る に to っ て い る. を ま た, secondary metabolite biosynthesis す る biological classification system of を に 従 っ て 検 cable で き る line DB の publicly を っ た. デ ー タ ベ ー ス に お け る login form, は 応 mash, enzyme and anti 応 type, biological species, but 伝 name, literature か ら constitute さ れ, こ の form に 従 っ て デ ー タ を accumulation し, プ ロ ト タ イ プ デ ー タ ベ ー ス の using を beg す 検 る. This form に お い て は, minimum の metabolic 応 か ら posthumous son 伝 へ の リ ン ク intelligence を る こ と が で き る.

项目成果

Dynamics of time-lagged gene-to-metabolite networks of Escherichia coli elucidated by integrative omics approach.

• DOI: 10.1089/omi.2010.0074
• 发表时间: 2011-01
• 期刊: Omics : a journal of integrative biology
• 作者: Hiroki Takahashi;R. Morioka;Ryosuke Ito;T. Oshima;M. Altaf-Ul-Amin;N. Ogasawara;S. Kanaya

Easy Gene Classifier to Functional Group for Bacillus subtilis and Arabidopsis thaliana

枯草芽孢杆菌和拟南芥功能组的简单基因分类器

Species-metabolite relation database KNApSAcK

物种-代谢物关系数据库 KNApSAcK

Metabolomics of Medicinal Plants: The Importance of Multivariate Analysis of Analytical Chemistry Data

• DOI: 10.2174/157340910791760055
• 发表时间: 2010-09-01
• 期刊: CURRENT COMPUTER-AIDED DRUG DESIGN
• 影响因子: 1.7
• 作者: Okada, Taketo;Afendi, Farit Mochamad;Kanaya, Shigehiko
• 通讯作者: Kanaya, Shigehiko

Metabolomics application of species-metabolite relation database KNApSAcK

物种-代谢物关系数据库KNApSAcK的代谢组学应用

• 发表时间: 2010
• 作者: Kanaya;S;Takahashi;H.,. Md.Altaf-Ul ; Nakamura;K.;Hirai;A.;Asahi;H.;Parvin;A.K.
• 通讯作者: A.K.