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Development of models in statistical genetics that incorporate spatio-temporal information

开发包含时空信息的统计遗传学模型

基本信息

批准号：
22300095
负责人：
KISHINO Hirohisa
金额：
$ 11.4万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2010
资助国家：
日本
起止时间：
2010 至 2012
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22300095/
关键词：
統計遺伝学時空間情報タンパク質の適応進化立体構造階層ベイズ系統的多様性発現情報遺伝子ネットワーク系統学的多様性メタゲノム時空間モデルスキャン統計飛び石モデルタンパク質の立体構造稀なコピー数多型

项目摘要

To improve the power of methods in statistical genetics, we developed statistical models that utilize the information of spatio-temporal structures. By developing the Ising model prior of the spatial aggregation of the dn/ds ratio, our model of molecular evolution detected the diversifying selection acting on the receptor-binding region of influenza HA. Based on the observation of the negative correlation between within-population genetic diversity of malaria and geographic distance from Sub-Saharan Africa, we modelled the expansion of malaria out of Africa by considering a one-dimensional stepping stone and estimated the rate of colonization and the local carrying capacities. By developing a circular scan statistics that measure difference in the number of genes intersected by rare CNVs between the cases and controls, we extracted disease-associated gene clusters from within a whole gene pathway.

为了提高统计遗传学方法的能力，我们开发了利用时空结构信息的统计模型。通过开发的dn/ds比的空间聚集的伊辛模型之前，我们的分子进化模型检测到流感HA的受体结合区域上的多样化选择。基于观察到疟疾的种群内遗传多样性与撒哈拉以南非洲的地理距离之间的负相关性，我们通过考虑一维垫脚石来模拟疟疾在非洲以外的扩张，并估计殖民化率和当地的承载能力。通过开发一种圆形扫描统计方法来测量病例和对照之间罕见CNV所覆盖的基因数量的差异，我们从整个基因通路中提取了疾病相关的基因簇。

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Is phylogenetic diversity a sensitive measure to monitor the effect of climate change?

系统发育多样性是监测气候变化影响的敏感措施吗？

DOI：
发表时间：
期刊：
影响因子：
0
作者：
Kentaro Inoue;Shinichi Shimozono;Hideaki Yoshida and Hiroyuki Kurata;陳虹諺，岸野洋久
通讯作者：
陳虹諺，岸野洋久

Japanese population structure estimated from the Japanese Multi-institutional Collaborative Cohort data

根据日本多机构协作队列数据估算的日本人口结构

DOI：
发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
0
作者：
Nishiyama;T.;Hamajima;N.;Suzuki;S.;Kishino;H.;Japan Multi-institutional Collaborative Cohort
通讯作者：
Japan Multi-institutional Collaborative Cohort

Spatiotemporal modeling to measure the effects of mutations and selection pressures

用于测量突变和选择压力影响的时空模型