Drug-response pathway analysis methods based on network analysis

基于网络分析的药物反应通路分析方法

• 批准号: 22300099
• 负责人: MIYANO Satoru
• 金额: $ 5.57万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22300099/
• 关键词: 遺伝子ネットワーク; 薬剤応答パスウェイ; 動的モデル; シミュレーション; パ スウェイ解析; ベイジアンネットワーク; ペトリネット; 状態空間モデル; がん; パスウェイ解析; ベトリネット; 薬剤応答パスウェィ; Bayesiamネットワーク

We developed computational/statistical methods for inferring abstract network models from time-course or case-control gene expression data of drug-responses. We also developed a series of knowledge processing technologies for efficiently constructing and systematically validating dynamic models from the literature information on biomolecular interactions. Bayesian network and state space model are employed for the former and an extended Petri net is used for the latter.

我们开发了计算/统计方法，用于从药物反应的时间过程或病例对照基因表达数据推断抽象网络模型。我们还开发了一系列知识处理技术，用于根据生物分子相互作用的文献信息有效构建和系统验证动态模型。前者采用贝叶斯网络和状态空间模型，后者采用扩展Petri网。

项目成果

Network-Based Predictions and Simulations by Biological State Space Models: Search for Drug Mode of Action

• DOI: 10.1007/s11390-010-9311-7
• 发表时间: 2010-01
• 期刊: Journal of Computer Science and Technology
• 影响因子: 0.7
• 作者: R. Yamaguchi;S. Imoto;S. Miyano

Systems biology model repository for macrophage pathway simulation

用于巨噬细胞通路模拟的系统生物学模型库

• 发表时间: 2011
• 期刊: Bioinformatics
• 影响因子: 5.8
• 作者: Nagasaki M;Saito A;Fujita A;Tremmel G;Ueno K;Ikeda E;Jeong E;Miyano S
• 通讯作者: Miyano S

Identifying hidden confounders in gene networks by Bayesian networks. Proc.

通过贝叶斯网络识别基因网络中隐藏的混杂因素。

• 发表时间: 2010
• 期刊: 10th IEEE Bioinformatics and Bioengineering
• 作者: Higashigaki T;Kojima K;Yamaguchi R;Inoue M;Imoto S;Miyano S.
• 通讯作者: Miyano S.

Time-dependent structural transformation analysis to high-level Petri net model with active state transition diagram.

• DOI: 10.1186/1752-0509-4-39
• 发表时间: 2010-04-01
• 期刊: BMC systems biology
• 作者: Li C;Nagasaki M;Saito A;Miyano S
• 通讯作者: Miyano S

SiGN-SSM: open source parallel software for estimating gene networks with state space models

SiGN-SSM：用于使用状态空间模型估计基因网络的开源并行软件

• DOI: 10.1093/bioinformatics/btr078
• 发表时间: 2011
• 期刊: Bioinformatics
• 影响因子: 5.8
• 作者: Y. Tamada;R. Yamaguchi;S. Imoto;Osamu Hirose;Ryo Yoshida;Masao Nagasaki;S. Miyano
• 通讯作者: S. Miyano