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Estimation and simulation of gene networks for developing in silico biological networks

用于计算机生物网络开发的基因网络的估计和模拟

基本信息

批准号：
17017008
负责人：
MIYANO Satoru
金额：
$ 59.84万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2005
资助国家：
日本
起止时间：
2005 至 2009
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17017008/
关键词：
遺伝子ネットワークシステム生物学モデリングシミュレーションマイクロアレイパスウェイモデリングタンパク質相互作用 CSML タンパク質ネットワークシステムバイオロジーマイクロアレイ解析ベイジアンネットワーク Petriネット

项目摘要

We developed a series of computational and informatics key technologies for analyzing and understanding biological systems through data analysis and simulation. By using Bayesian network, state space model and AR model as basic concepts, we devised innovative computational methods for extracting gene networks. These methods enabled us to emboss large-scale static/dynamic gene networks from gene expression data based on large-scale gene knockdowns and drug responses. We also designed Cell System Markup Language for describing knowledge of dynamic pathways and Cell System Ontology for pathway simulation with which we developed systematic methods for analyzing and understanding biological systems.

我们开发了一系列计算和信息学关键技术，通过数据分析和模拟来分析和理解生物系统。以贝叶斯网络、状态空间模型和AR模型为基本概念，创新了基因网络提取的计算方法。这些方法使我们能够从基于大规模基因敲低和药物反应的基因表达数据中浮雕大规模静态/动态基因网络。我们还设计了用于描述动态路径知识的细胞系统标记语言和用于路径模拟的细胞系统本体，从而开发了分析和理解生物系统的系统方法。

项目成果

期刊论文数量（76）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

ArrayCluster: an analytic tool for clustering, data visualization and module finder on gene expression profiles

DOI：
10.1093/bioinformatics/btl129
发表时间：
2006-06
期刊：
Bioinformatics
影响因子：
5.8
作者：
Ryo Yoshida;T. Higuchi;S. Imoto;Satoru Miyano
通讯作者：
Ryo Yoshida;T. Higuchi;S. Imoto;Satoru Miyano

Genomic data assimilation for estimating hybrid functional Petri net from time-course gene expression data.

DOI：
10.11234/gi1990.17.46
发表时间：
2006
期刊：
Genome informatics. International Conference on Genome Informatics
影响因子：
0
作者：
Masao Nagasaki;R. Yamaguchi;Ryo Yoshida;S. Imoto;Atsushi Doi;Y. Tamada;H. Matsuno;S. Miyano;T. Higuchi
通讯作者：
Masao Nagasaki;R. Yamaguchi;Ryo Yoshida;S. Imoto;Atsushi Doi;Y. Tamada;H. Matsuno;S. Miyano;T. Higuchi

Estimating gene regulatory networks and protein-protein interactions of Saccharomyces cerevisiae from multiple genome-wide data