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Prediction of protein-protein interactions from residue-pair interaction prediction

从残基对相互作用预测预测蛋白质-蛋白质相互作用

基本信息

批准号：
22500277
负责人：
SHANDAR Ahmad
金额：
$ 2.75万
依托单位：
独立行政法人医薬基盤研究所
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2010
资助国家：
日本
起止时间：
2010 至 2012
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22500277/
关键词：
バイオインフォマティクス Prediction Binding sites Protein interactions Evolutionary profiles Partner-aware prediction Neural network Transfer of training Protein complex Residue-pair Protein-protein interaction Binding site Protein function

项目摘要

Methods for prediction of protein-protein interaction sites, interacting partners and for defining similarity between protein-protein complexes for classification have been developed. Core method is based on a neural network ensemble. Accuracy of the model is significantly improved by real-time training of models over query-specific data sets. Improvement in prediction accuracy of a protein P due to the presence of a protein Q in the training data is used as pair-wise similarity metric. A faster version of the model is developed for genomic scale application.

已经开发了用于预测蛋白质-蛋白质相互作用位点、相互作用伴侣和用于定义蛋白质-蛋白质复合物之间的相似性以用于分类的方法。核心方法是基于神经网络集成。通过在查询特定数据集上对模型进行实时训练，模型的准确性得到了显着提高。由于训练数据中蛋白质Q的存在而导致的蛋白质P的预测精度的提高被用作成对相似性度量。该模型的一个更快的版本被开发用于基因组规模的应用。

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

相互作用残基ペア及び単一の蛋白質相互作用部位を予測するウェブサーバーが開発され公開されている。さらなるソフトウェアとデータを公開予定。現在、投稿準備中。

预测相互作用残基对和单个蛋白质相互作用位点的网络服务器已经开发并发布。

DOI：
发表时间：
期刊：
影响因子：
0
作者：
通讯作者：

Novel approach for selecting the best predictor for identifying the binding sites in DNA binding proteins.

DOI：
10.1093/nar/gkt544
发表时间：
2013-09
期刊：
Nucleic acids research
影响因子：
14.9
作者：
Nagarajan R;Ahmad S;Gromiha MM
通讯作者：
Gromiha MM

Predicting Bio-molecular interactions in proteins and nucleic acids, International

预测蛋白质和核酸中的生物分子相互作用，国际

DOI：
发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
0
作者：
坂本一寛;他、5名;Shandar Ahmad
通讯作者：
Shandar Ahmad

A sliding-probe model for predicting partner aware protein-protein interaction sites

用于预测伴侣感知的蛋白质-蛋白质相互作用位点的滑动探针模型

DOI：
发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
0
作者：
Shandar Ahmad;Kenji Mizuguchi
通讯作者：
Kenji Mizuguchi

Sequence-to-structure prediction errors can reveal conformational flexibility in helical membrane proteins

序列到结构的预测错误可以揭示螺旋膜蛋白的构象灵活性

DOI：
发表时间：
2010
期刊：
影响因子：
0
作者：
Shandar Ahmad;Hemjit Singh;Yogesh Paudel;Takaharu Mori;Yuji Sugita and Kenji Mizuguchi
通讯作者：
Yuji Sugita and Kenji Mizuguchi