Prediction of carbohydrate chain-protein interaction by using carbohydrate chain structure information and its experimental verification

利用糖链结构信息预测糖链-蛋白质相互作用及其实验验证

• 批准号: 22500276
• 负责人: ITO Masahiro
• 金额: $ 2.83万
• 依托单位: Ritsumeikan University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22500276/
• 关键词: 糖鎖; 相互作用; MD 計算; 構造; SVM; サポートベクターマシン; バイオインフォマティクス; 糖転移酵素; 糖脂質; 進化系統解; アノマー配置; 類似距離; タンパク質; 分子進化; ラマチャンドラマップ; 構造解析

The interaction of carbohydrate chains was analyzed to the 7 types of carbohydrate chains by using molecular dynamics simulation. We suggested three factors of changing the conformation. Moreover, we predicted inhibitory activity of two lipid mediators using support vector machine. The predicted chemical structures were analyzed a partial structures for activity in detail.

采用分子动力学模拟方法对7种糖链进行了相互作用分析。我们提出了改变构象的三个因素。此外，我们使用支持向量机预测两种脂质介质的抑制活性。对预测的化学结构进行了详细分析，并对部分结构进行了活性分析.

项目成果

Parameter optimization and correlation analysis for a large kinetic model using a real-coded genetic algorithm

使用实数编码遗传算法对大型动力学模型进行参数优化和相关分析

• 发表时间: 2012
• 作者: Kunihiko Ikuta;Akitaka Shionoya;Masahiro Ito;Yukako Tohsato
• 通讯作者: Yukako Tohsato

線虫プロテオームプロジェクト:培養温度25□における線虫Caenorhabditis elegansの発生ステージ比較プロテオーム解析

线虫蛋白质组项目：25℃培养温度下线虫秀丽隐杆线虫发育阶段的比较蛋白质组分析

• 发表时间: 2010
• 作者: 石堂佑典;物部香奈美;寺澤彩子;生石剛規;遠里由佳子;早野俊哉;伊藤將弘
• 通讯作者: 伊藤將弘

セイヨウミツバチApis mellifera(雄蜂20日齢)におけるセラミドホスホエタノールアミンとスフィンゴミエリンの構造解析

意大利蜜蜂（20 日龄雄蜂）神经酰胺磷酸乙醇胺和鞘磷脂的结构分析

• 发表时间: 2010
• 作者: 西尾匡;小島寿夫;橋本健;立藤智基;寺内白梅薫;杉田陸海;糸乗前;伊藤將弘
• 通讯作者: 伊藤將弘

ECOH: An Enzyme Commission number predictor using mutual information and a support vector machine

• DOI: 10.1093/bioinformatics/bts700
• 发表时间: 2013-02-01
• 期刊: BIOINFORMATICS
• 影响因子: 5.8
• 作者: Matsuta, Yoshihiko;Ito, Masahiro;Tohsato, Yukako
• 通讯作者: Tohsato, Yukako

Comparative proteomic analysis for Caenorhabditis elegans pgl-1 mutants grown at 20°C and 25°C using 2D-DIGE

使用 2D-DIGE 对 20°C 和 25°C 下生长的秀丽隐杆线虫 pgl-1 突变体进行比较蛋白质组学分析

• 作者: Yukako Tohsato;Kanami Monobe;Kenji Suzuki;Toshiya Hayano;Ichiro Kawasaki;Masahiro Ito
• 通讯作者: Masahiro Ito