Analyses of Protein Folding Codon affecting protein functions

蛋白质折叠密码子影响蛋白质功能的分析

• 批准号: 22655057
• 负责人: SUGIMOTO Naoki
• 金额: $ 2.21万
• 依托单位: Konan University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2011
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22655057/
• 关键词: Protein Folding Codon; 翻訳速度; mRNA高次構造; 熱力学的安定性; タンパク質構造; 分子クラウディング

Synchronized translation, which enables time-course analyses of translation elongation, was constructed using in vitro translation system. The synchronized translation revealed that rare codons and stable RNA structures in open reading frame of mRNA temporarily stall the translation elongation. Contribution of protein binding to thermostability of particular nucleic acid structure was quantitatively evaluated under molecular crowding condition. Results from these analyses indicate that stabilities of mRNA structures possibly affect not only translation elongation process but also folding process of nascent proteins. In addition, correlation of thermostability of nascent mRNA structure and transcription efficiency was revealed by analyses of in vitro transcription.

利用体外翻译系统构建了同步翻译系统，实现了翻译延伸的时程分析。同步化翻译结果显示，mRNA开放阅读框中的稀有密码子和稳定的RNA结构暂时阻止了翻译延伸。在分子拥挤条件下，定量评价了蛋白质结合对特定核酸结构热稳定性的贡献。这些分析结果表明，mRNA结构的稳定性可能不仅影响翻译延伸过程，而且影响新生蛋白质的折叠过程。此外，通过体外转录分析，揭示了新生mRNA结构的热稳定性与转录效率的相关性。

项目成果

Y-box結合タンパク質YB-1の核酸結合解析

Y-box结合蛋白YB-1的核酸结合分析

• 发表时间: 2012
• 作者: H.Ye;S.Noro;T.Akutagawa;T. Nakamura;長門石暁・西方敬人・杉本直己
• 通讯作者: 長門石暁・西方敬人・杉本直己

タンパク質と四重鎖DNAの相互作用における分子クラウディング効果

蛋白质-四链体 DNA 相互作用中的分子拥挤效应

• 发表时间: 2010
• 作者: 延島大樹;中村一希;小林範久;Naoya Furuta;長門石曉・磯野伸・津本浩平・杉本直己
• 通讯作者: 長門石曉・磯野伸・津本浩平・杉本直己

現代化学,471

现代化学，471

• 发表时间: 2010
• 作者: 杉本直己;小林克彰
• 通讯作者: 小林克彰

G-quartet, G-quadruplex, and G-wire Regulated by Chemical Stimuli

受化学刺激调节的 G-四联体、G-四联体和 G 线

• DOI: 10.1007/978-1-61779-142-0_7
• 发表时间: 2011
• 期刊: DNA Nanotechnology (Methods in Molecular Biology series)
• 作者: D.Miyoshi;N.Sugimoto
• 通讯作者: N.Sugimoto

タンパク質の合成を制御する環境-分子クラウディングによる時間概念

控制蛋白质合成的环境——基于分子拥挤的时间概念

• 发表时间: 2010
• 期刊: 現代化学
• 作者: 杉本直己;遠藤玉樹
• 通讯作者: 遠藤玉樹