ペプチドーペプトイド複合骨格をもつエピゲノム酵素阻害剤の発見

发现具有肽-类肽复合物骨架的表观基因组酶抑制剂

• 批准号: 11F01344
• 负责人: 菅 裕明
• 金额: $ 1.47万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011 至 2013
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-11F01344/
• 关键词: 特殊ペプチド; 膜タンパク質; エピゲノム; 翻訳; non-standard amino acids; in vitro selection; flexizyme; co-crystallization peptide; enzyme inhibitor

本研究は2つの研究計画を立てた。(1)細菌の薬剤放出ポンプタンパク質の一つであるPfMATE結合し、且つその高解像度の構造解析を達成しうる特殊ペプチドの創出と複合体の構造解析、(2)ヒトエピゲノム制御に関わる脱メチル化酵素群に属するLSD1とヒストンメチル化酵素SMYD3への特殊ペプチド阻害剤の発見、である。本研究を推進するに当たり、所属研究室で既に開発されたRaPID (Random non-standard Peptides Integrated)システムを駆使し、本目的の達成を試みる。(1)のPfMATEに結合する特殊ペプチドの探索、およびその共結晶化による高解像度構造解析は成功し、2013年Nature誌に論文を発表するに至った。またコレラ菌MATEについては、特殊ペプチドの探索を終了し、現在構造解析を進めている。(2)については、LSD1を標的とした阻害剤の探索にも成功したが、阻害活性が数μMと十分でなかった。Warheadを含んだ特殊ペプチドライブラリーを作成し再挑戦したが、これといって芳しい成果が上がらなかった。結論として、全長のLSD1を使って探索した場合、LSD1にアクセサリー領域が多いため、様々な部位との結合する特殊ペプチドが濃縮されることが、阻害剤として高活性の特殊ペプチドの獲得に至らなかったと考えた。現在は、LSD1の活性部位のみを発現したコンストラクトで、再々挑戦を進めている。

The research plan of this study is を to establish てた. (1) the bacteria の 薬 tonic released ポ ン プ タ ン パ ク qualitative の a つ で あ る PfMATE combining し and つ そ の high resolution の structure を reached し う る special ペ プ チ ド の hit と complex の structure, (2) ヒ ト エ ピ ゲ ノ ム suppression に masato わ る メ off チ ル the enzyme group に genus す る LSD1 と ヒ ス ト ン メ チ ル phenoloxidase SMYD3 Youdaoplaceholder0 へ special ペプチド inhibitors occur, である. This study を propulsion す る に when た り, affiliated laboratory で に both 発 さ れ た RaPID (Random non - standard Peptides Integrated) シ ス テ ム を 駆 し, try this purpose の reach を み る. (1) の PfMATE に combining す る special ペ プ チ ド の exploration, お よ び そ の total crystallization に よ る high resolution structural analytic は し success, Nature 2013 volunteers に paper を 発 table す る に to っ た. The exploration of the またコレラ bacteria MATEに またコレラ て て て, the special ペプチド <s:1> exploration を has ended る, and now the structural analysis を enters めて る る る. (2) に つ い て は, LSD1 を mark と し た resistance against tonic の explore に も successful し た が, resistance against active が several microns と very で な か っ た. Warhead を containing ん だ special ペ プ チ ド ラ イ ブ ラ リ ー を made し again pick 戦 し た が, こ れ と い っ て fang し が い results が ら な か っ た. Conclusion と し て, span の LSD1 を make っ て explore し た occasions, LSD1 に ア ク セ サ リ が ー field more い た め, others 々 な parts と の combining す る special ペ プ チ ド が enrichment さ れ る こ と が, resistance against tonic と し て highly active の special ペ プ チ ド の get に to ら な か っ た と exam え た. Now, る and the <s:1> active site <e:1> of LSD1 みを are present with たコ ストラ ストラ トで トで トで, and then 々 fight を into めて る る る る.

项目成果

Discovery of cocrystallzation cyclic peptides using the RaPID system

使用 RaPID 系统发现共结晶环肽

• 发表时间: 2012
• 作者: Hipolito;C. J.;et al.
• 通讯作者: et al.

Protein cocrystallization molecules originating from in vitro selected macrocyclic peptides

• DOI: 10.1016/j.sbi.2014.03.001
• 发表时间: 2014-06-01
• 期刊: CURRENT OPINION IN STRUCTURAL BIOLOGY
• 影响因子: 6.8
• 作者: Hipolito, Christopher J.;Bashiruddin, Nasir K.;Suga, Hiroaki
• 通讯作者: Suga, Hiroaki

In vitro selected cyclic peptides for the cocrystallization and inhibition of a transmembrane multidrug transporte

体外选择的环肽用于跨膜多药物转运的共结晶和抑制

• 发表时间: 2013
• 作者: Hipolito C.J.;Suga H.;Chris Hipolito
• 通讯作者: Chris Hipolito

MATE 活性阻害ペプチド

MATE活性抑制肽

• 发表时间: 2013

In Vitro Selection of Cyclic Peptides for Cocrystallization with a Multidrug and Toxic compound Extrusion Protein

环肽与多药和有毒化合物挤出蛋白共结晶的体外选择

• 发表时间: 2013
• 作者: Hipolito C.J.;Suga H.;Chris Hipolito;Chris Hipolito
• 通讯作者: Chris Hipolito