FRET-GT - 細胞内情報伝達分子の活性に基づくトランスクリプトミクス技術
FRET-GT——基于细胞内信号分子活性的转录组学技术
基本信息
- 批准号:11J06044
- 负责人:
- 金额:$ 0.83万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for JSPS Fellows
- 财政年份:2011
- 资助国家:日本
- 起止时间:2011 至 2012
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
(1)腫瘍細胞の情報伝達系の確率論的・動的なゆらぎの実証Rac1,Cdc42,RhoA活性をモニターするFRETバイオセンサーを発現するグリオブラストーマ細胞をそれぞれ使用し、培養条件下で播種した細胞を顕微鏡下とセルサイトメーターにより集団として分子活性がどのくらい広がって分布しているのか検討した。その結果、どちらもRac1,Cdc42活性は幅広い分子活性分布を、RhoA活性は比較的狭い分子活性分布を示した。次にRac1活性の高い細胞と低い細胞をセルサイトメーターで分取して培養し、活性が元と同じ分布に回帰するかどうか検討した。1時間、1日後は活性が保たれているが、1週間後には元の分布に回帰した。よって、この活性の変化が動的・確率的に変化していること(ゆらぎ)が示唆された。また1細胞内でのRac1活性を5日間、タイムラプスFRETイメージングし活性がゆらいでいることを証明した。(2)FRET-GT法を用いたRac1分子活性の"ゆらぎ"の腫瘍の悪性度に及ぼす影響の解析Rac1活性の高い細胞と低い細胞をセルソーターによって分取し、次世代シーケンサを使ってRNAの発現量を解析(RNA-seq)した。同様に、Cdc42とRhoA活性の高い細胞群、低い細胞群もそれぞれRNA-seqを行った。その結果、活性の高い細胞群と低い細胞群を比較したとき発現変動の大きかった遺伝子は、Rac1とCdc42で似たような発現パターンを示した。一方、RhoA活性では似た発現パターンは確認できなかった。これらのことは、Rac1とCdc42の活性分布パターンが類似し、RhoAが異なることと一致している。さらに、遺伝子機能によって分類し統計処理したところ、Rac1活性の高い細胞群には細胞運動などRac1活性と関係する遺伝子が有意に存在することが分かった。Rac1活性と腫瘍の浸潤能を検討するため、上記方法でセルソーターを用いて分取した細胞の浸潤能を、BD社のマトリゲルインベージョンチャンバーを用いて実験を行った。Rac1活性の高い細胞のほうが、マトリゲル内を早く浸潤することが分かった。インベージョンチャンバーを用いて、Rac1活性の高い細胞群で発現変動の大きかった遺伝子の中で膜に存在する遺伝子16個が浸潤に及ぼす影響をそれぞれ調べた。siRNAを用いてノックダウンし、その細胞の浸潤能を検討している。16個の遺伝子の内、4個の遺伝子、MMP15,TSN17_RAT,Freq/NCS-1,Pstpip2において、ノックダウンによる浸潤能の低下がみられた。
(1)The activity of Rac1,Cdc42,RhoA was detected in the cell culture system. The cell culture system was used in vitro under microscope. The activity of Rac 1,Cdc42,RhoA was detected in vitro under microscope. The results show that the activity of RhoA and Rac1,Cdc42 are different from each other. The cells with high and low Rac1 activity were isolated and cultured. 1 time, 1 day later, the activity is maintained, and 1 week later, the distribution of the activity is restored. The change of activity and the change of accuracy of the activity are shown in the table. Rac1 activity in 1 cell was demonstrated in 5 days, 5 days and 6 days. (2) Analysis of the activity of Rac 1 and its influence on the expression of RNA in cells with high and low Rac1 activity by FRET-GT method. In the same way, Cdc42 and RhoA activity are high in the middle cell group and low in the middle cell group. The results, activity and low cell populations were compared. One side, RhoA activity is similar to the discovery of The activity distributions of Rac1 and Cdc42 are similar and RhoA is different. In addition, the gene function classification and statistical processing of high Rac 1 activity and cell movement, Rac 1 activity and relationship between gene and intentional existence. Rac1 activity and tumor infiltration activity are discussed in this paper. The method described above is used to isolate the cell infiltration activity and BD activity. Rac1 activity is high in the middle of the cell. In the middle of the cell population with high Rac1 activity, 16 cells were found to be active in the middle membrane of the cell population. siRNA can be used to detect cell infiltration. 16 genes, 4 genes, MMP15, TSN17_RAT, Freq/NCS-1,Pstpip2,
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
FRET-GT細胞内情報伝達分子の活性に基づくトランスクリプトミクス技術
基于FRET-GT细胞内信号分子活性的转录组学技术
- DOI:
- 发表时间:2012
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Komatsu N;Aoki K;Yamada M;Yukinaga H;Fujita Y;Kamioka Y;Matsuda M;村岡論;幸長弘子;Satoru Muraoka;幸長弘子;村岡諭;幸長弘子
- 通讯作者:幸長弘子
ation of Transcriptomes by Stochastic Change in Rho-family GTPases Activity
Rho 家族 GTP 酶活性的随机变化对转录组的影响
- DOI:
- 发表时间:2011
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Komatsu N;Aoki K;Yamada M;Yukinaga H;Fujita Y;Kamioka Y;Matsuda M;村岡論;幸長弘子;Satoru Muraoka;幸長弘子;村岡諭;幸長弘子;村岡諭;幸長弘子;幸長弘子;幸長弘子
- 通讯作者:幸長弘子
Regulation of Transcriptomes by Stochastic Changes in Rho-family GTPases Activity
Rho 家族 GTPases 活性随机变化对转录组的调节
- DOI:
- 发表时间:2012
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Komatsu N;Aoki K;Yamada M;Yukinaga H;Fujita Y;Kamioka Y;Matsuda M;村岡論;幸長弘子;Satoru Muraoka;幸長弘子;村岡諭;幸長弘子;村岡諭;幸長弘子
- 通讯作者:幸長弘子
Regulation of Transcriptomes by Stochastic Change in Rho-family GTPases Activity
Rho 家族 GTP 酶活性随机变化对转录组的调节
- DOI:
- 发表时间:2011
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Komatsu N;Aoki K;Yamada M;Yukinaga H;Fujita Y;Kamioka Y;Matsuda M;村岡論;幸長弘子;Satoru Muraoka;幸長弘子;村岡諭;幸長弘子;村岡諭;幸長弘子;幸長弘子
- 通讯作者:幸長弘子
グリオーマ細胞の多様性を生み出すRacl活性のゆらぎの解析
分析产生神经胶质瘤细胞多样性的 Racl 活性波动
- DOI:
- 发表时间:2012
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Komatsu N;Aoki K;Yamada M;Yukinaga H;Fujita Y;Kamioka Y;Matsuda M;村岡論;幸長弘子
- 通讯作者:幸長弘子
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- 资助金额:
$ 0.83万 - 项目类别:
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