Development of a new method for structural modeling of protein-membrane complexes

开发蛋白质-膜复合物结构建模新方法

• 批准号: 23770192
• 负责人: MORI Takaharu
• 金额: $ 2.33万
• 依托单位: The Institute of Physical and Chemical Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23770192/
• 关键词: 膜タンパク質; 脂質二重膜; 脂質ラフト; 分子動力学シミュレーション; 拡張アンサンブル法; レプリカ交換法; 国際情報交流

We developed three new methods for reliable structural modeling of protein-membrane complexes: Voronoi tessellation Monte Carlo integration method, Surface-tension replica-exchange molecular dynamics method, and Method to predict the optimal orientation of membrane proteins with Generalized Born implicit membrane model. These methods are useful to perform reliable molecular dynamics simulations of membrane proteins and mixed lipid bilayer systems like lipid rafts.

我们发展了三种新的蛋白质-膜复合物结构建模方法：Voronoi Tessellation Monte Carlo积分方法、表面张力复制交换分子动力学方法和广义Born隐式膜模型预测膜蛋白最佳取向的方法。这些方法是有用的，以执行可靠的分子动力学模拟的膜蛋白和混合脂双层系统，如脂筏。

项目成果

Analysis of the area per lipid in protein-membrane systems

蛋白质膜系统中每个脂质的面积分析

• 发表时间: 2012
• 作者: Takaharu Mori;Fumiko Ogushi;and Yuji Sugita
• 通讯作者: and Yuji Sugita

膜タンパク質が触媒する物質輸送現象の分子メカニズム

膜蛋白催化传质现象的分子机制

• 发表时间: 2011
• 期刊: シミュレーション
• 作者: 森貴治;杉田有治
• 通讯作者: 杉田有治

分子シミュレーションによる膜タンパク質のダイナミクス解析

使用分子模拟进行膜蛋白动力学分析

• 发表时间: 2011
• 作者: Takaharu Mori;Fumiko Ogushi;and Yuji Sugita;Minako Hirano;森貴治
• 通讯作者: 森貴治

膜タンパク質-脂質二重膜系における脂質１分子表面積解析法の開発

膜蛋白-脂质双层系统中单脂质分子表面积分析方法的建立

• 发表时间: 2011
• 作者: 森貴治;小串典子;杉田有治
• 通讯作者: 杉田有治

Molecular dynamics simulations for the protein secretory pathway

蛋白质分泌途径的分子动力学模拟

• 发表时间: 2011
• 作者: Takaharu Mori;Fumiko Ogushi;and Yuji Sugita;Minako Hirano;森貴治;茶谷 絵理,井上 倫太郎,西田 幸次,金谷 利治,山本 雅英;Takaharu Mori
• 通讯作者: Takaharu Mori