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クルマエビゲノム中の病原ウイルスＷＳＳＶ類似遺伝子をコードする巨大繰返し配列

虾基因组中编码与致病病毒 WSSV 相似的基因的大重复序列

基本信息

批准号：
12J10586
负责人：
設楽愛子
金额：
$ 1.73万
依托单位：
Tokyo University of Marine Science and Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2012
资助国家：
日本
起止时间：
2012-04-01 至 2015-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12J10586/
关键词：
甲殻類ゲノムクルマエビ WSSV

项目摘要

今年度は昨年度に引き続き、次世代シーケンサーによるクルマエビゲノム配列決定および解析を行った。これまでの結果より、クルマエビゲノム中には高頻度反復配列が存在することが示されたが、構築されたBACライブラリーに配列の偏りが生じている可能性が考えられた。昨年度までに、次世代シークエンサー(NGS)により網羅的なクルマエビゲノム配列決定を行い、推定ゲノムサイズの約1.8倍となる3.6Gbを決定したが、解析に十分な配列数が得られなかった。そこで、本年度はイルミナ社のNGS、Hiseq2000による配列決定を行った。その結果、推定ゲノムサイズの約20倍となる約37.5 Gbのゲノム配列を得た。このうち高頻度反復配列の一部とされるMj024A04と相同性を示す配列は、全体の約0.9 ％であった。またゲノム中の反復配列の割合を算出したところ、全体の25.6 %に反復配列が見られ、クルマエビゲノム中にはクルマエビに特異的な反復配列が多数存在することも明らかとなった。本結果よりMj024A04を含む高頻度反復配列はゲノム中に多数存在することが裏付けられた。また、クルマエビゲノム中には、少なくとも36種類のWSSVに相同性を示す配列が見つかった。注目すべきことにこのうち34種類については、WSSVの主要遺伝子をコードすると考えられるものであった。現在、水性甲殻類におけるゲノム解析は未だ不十分な状態であることから、十分な考察ができる段階ではないが、今回発見されたクルマエビ類ゲノム中のWSSV類似遺伝子が宿主のWSSVへの感受性にとの関係に興味がもたれる。また、得られたクルマエビゲノム配列は有用なクルマエビゲノム情報としてマイクロサテライトマーカーの探索や遺伝子情報の解析等に利用できるデータベースとなることが期待できる。

This year's annual report, the next generation of information, information and analysis The result of this is that there is a high frequency of repeated arrangement in the middle of the BAC, and the possibility of partial arrangement in the middle of the BAC is examined. Last year, the next generation of NGS (NGS) was selected to determine the number of columns in the network. It was estimated that the number of columns in the network was about 1.8 times higher than that in the previous year. This year's NGS, Hiseq2000, was decided. As a result, it is estimated that about 20 times of the original size of the file is about 37.5 Gb, and the original size of the file is about 20 Gb. A part of the high frequency repeated arrangement is Mj024A04, and the whole arrangement is about 0.9%. 25.6% of the total number of repeated arrangements in the list is calculated. The results show that Mj024A04 contains a high frequency of repeated alignment, and most of them exist. 36 species of WSSV are shown in the table below. 34 types of WSSV are included in the list. Now, water crustaceans have been analyzed in different stages, and WSSV-like genes in the host WSSV susceptibility relationship have been found in different stages. For example, if you want to use the information, you can use it to explore and analyze the information.

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Identification of WSSV homologues in the genomic DNA of kuruma shrimp, Marsupenaeus japonicus

库鲁玛虾、日本对虾基因组 DNA 中 WSSV 同源物的鉴定

DOI：
发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
0
作者：
Aiko Shitara;Takashi Koyama;Kana Goto;Yuya Shigenobu;Takuma Sugaya;Motohiko Sano;Hidehiro Kondo;Ikuo Hirono
通讯作者：
Ikuo Hirono

The existence of WSSV homologues in the genomic DNA of kuruma shrimp, Marsupenaeus japonicus

日本马对虾基因组 DNA 中存在 WSSV 同源物

DOI：
发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
0
作者：
Aiko Shitara;Takashi Koyama;Kana Goto;Yuya Shigenobu;Takuma Sugaya;Motohiko Sano;Hidehiro Kondo;Ikuo Hirono
通讯作者：
Ikuo Hirono

次世代シーケンサーを用いたクルマエビゲノムの解析

使用下一代测序仪分析虎虾基因组

DOI：
发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
0
作者：
小林高範;瀬野浦武志;板井玲子;西澤直子;ケイ暁曦・須原三加・山下洋・河村知彦・渡邊良朗;松村博文;設楽愛子・安池元重・中村洋路・藤原篤志・佐野元彦・近藤秀裕・廣野育生
通讯作者：
設楽愛子・安池元重・中村洋路・藤原篤志・佐野元彦・近藤秀裕・廣野育生

クルマエビのゲノムをちょっとみました。

我快速查看了虾的基因组。