Mutation und Rekombination während der chronischen Kolonisation mit Helicobacter pylori

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Die Adaptation von Helicobacter pylori an den humanen Wirt soll in einem populationsgenetischen Kontext durch Quantifizierung genetischer und phänotypischer Veränderungen während der chronischen Kolonisation von Individuen und nach der Transmission in Familien untersucht werden. Für Paare von Stämmen, die entweder sequentiell von einem Patienten oder von Familienmitgliedern isoliert wurden, werden wir die Häufigkeit von Mutation und Rekombination sowie die Größe der importierten DNA-Fragmente unter Einsatz von Hochdurchsatzverfahren bestimmen. Mit Hilfe von WAVE-Analyse und Sequenzierung sollen Sequenzpolymorphismen in drei Gruppen von Genen identifiziert werden: "Housekeeping-Gene", die für Stoffwechselenzyme und die Transkriptions-/Translationsmaschinerie kodieren, hypothetische Gene und Gene der hop/hor/hof-Familie, die für Außenmembranproteine kodieren und wahrscheinlich unter Selektionsdruck stehen. Die funktionelle Bedeutung von Veränderungen in hop/hor/hofGenen für die Bindungsspezifität von H. pylori soll außerdem durch Adhärenzstudien an Gewebsschnitten charakterisiert werden. Die Sequenzvariation in "Housekeeping-Genen" und Genen für hypothetische Proteine wird die Bestimmung der neutralen Variationsrate für kodierende Sequenzen ermöglichen. Durch Vergleich mit Genen unter Selektion werden wir quantitative Aussagen über die Selektionsprozesse während der Adaptation von H. pylori an den einzelnen Wirtsorganismus machen können.