Mikroevolution in pathogenen Bakterien
病原菌的微进化
基本信息
- 批准号:5110344
- 负责人:
- 金额:--
- 依托单位:
- 依托单位国家:德国
- 项目类别:Priority Programmes
- 财政年份:1998
- 资助国家:德国
- 起止时间:1997-12-31 至 2003-12-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
In recent years, phylogenetic analyses of sequence data have yielded numerous exciting and novel insights on population genetic and evolutionary aspects of bacterial pathogens. This project will use phylogenetic methods to examine microevolution in Neisseria, Yersinia pestis, Yersinia enterocolitica and Escherichia coli. The taxonomic relationships of a new Neisseria species, currently N. spp., will be defined relative to N. meningitidis, N. gonorrhoeae and related commensal neisseriae by sequence analysis plus DNA-DNA hybridization. DNA regions containing unusually low levels of polymorphic sites have been found in N. meningitidis and Y. enterocolitica. These regions will be investigated by population genetic techniques such as coalescence analysis to test whether selective sweeps have recently occurred, and to determine the basic properties of such phenomena. A PCR-based, fine typing method will be developed for Y. pestis based on the variable insertion sites of IS100 that will enable recognition and subdivision of the biovars antiqua, medievalis and orientalis. A multilocus sequence typing (MLST) classification will be developed for E. coli in order to enable laboratories in different parts of the world to interact by using a common classification system.
近年来,序列数据的系统发育分析已经产生了许多令人兴奋的和新的见解的人口遗传和进化方面的细菌病原体。本计画将利用系统发生学的方法来研究奈瑟氏菌、鼠疫耶尔森氏菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌及大肠杆菌的微进化。本文报道了一个新的奈瑟氏球菌种,即目前的N. spp.,将相对于N来定义。meningitidis、脑膜炎奈瑟氏球菌(N.淋球菌和相关的淋病奈瑟球菌的DNA序列分析加DNA-DNA杂交。在N.脑膜炎和Y.小肠结肠炎这些地区将调查人口遗传技术,如聚结分析,以测试是否选择性扫描最近发生,并确定这种现象的基本属性。建立了一种基于PCR的Y染色体分型方法。基于IS 100的可变插入位点,将能够识别和细分biovars antiqua,medievalis和orientalis。将建立大肠杆菌多位点序列分型(MLST)分类法。大肠杆菌,以便使世界不同地区的实验室能够通过使用共同的分类系统进行互动。
项目成果
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