Flexible protein-protein-docking: Development of new scoring functions and application to biologically important protein-protein interactions - Flexibles Protein-Protein-Docking
灵活的蛋白质-蛋白质对接:新评分函数的开发及其在生物学上重要的蛋白质-蛋白质相互作用中的应用 - 灵活的蛋白质-蛋白质对接
基本信息
- 批准号:5431178
- 负责人:
- 金额:--
- 依托单位:
- 依托单位国家:德国
- 项目类别:Research Grants
- 财政年份:2004
- 资助国家:德国
- 起止时间:2003-12-31 至 2011-12-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
Für fast alle biologischen Prozesse sind Protein-Protein-Wechselwirkungen von essentieller Bedeutung. Um diese biologischen Prozesse genau zu verstehen und spezifisch beeinflussen zu können, benötigt man die Kenntnis der drei-dimensionalen (3D) Struktur des Protein-Protein-Komplexes. Nur wenige Protein-Protein-Komplexe sind bisher experimentell bestimmbar. Daher hat die theoretische Vorhersage der 3D-Geometrie von Protein-Komplexen oder Multidomänproteinen große Bedeutung. Bisherige Ansätze, die den Einfluss von Konformationsänderungen bei der Komplexbildung vernachlässigen, führen nicht zu befriedigenden Vorhersagen. Ein von uns entwickelter Protein-Protein-DockingAnsatz gestattet die effiziente Einbeziehung der Flexibilität von Aminosäureseitenketten beim Docking und hat sich zur Strukturvorhersage von Protein-Protein-Komplexen bereits bewährt. Die Methode soll zur besseren Berücksichtigung der Flexibilität von Proteinloopregionen weiterentwickelt werden und ein stochachstisches Suchverfahren implementiert werden. Es soll soweit optimiert werden, dass auch realistische Dockingsimulationen an Proteinmodellstrukturen (mit möglichen Strukturfehlern) möglich werden. Die Dockingmethode soll hauptsächlich zur Vorhersage der Struktur von Antikörper-Antigen-Komplexen und zur Vorhersage der 3D-Domänstruktur von Multidomänproteinen genutzt werden. Die Antigen-Antikörper-Komplexmodelle sollen zu einer Datenbank realistischer Komplexstrukturen zusammengeführt werden. Neben der Verbesserung der Vorhersage von Protein-Protein-Interaktionsgeometrie soll auch ein besseres Verständnis der Bildungskinetik und Spezifität von Protein-Protein-Komplexen erzielt werden.
所有的生物学过程都是蛋白质-蛋白质-蛋白质相互作用的结果。这一生物学过程主要是研究蛋白质-蛋白质-复合体三维结构的特征。努尔尼格蛋白质-蛋白质复合物是一个更好的实验室。Daher hat die theoretische Vorhersage der 3D-Geometrie von Protein-Komplexen oder Multidomänproteinen große Bedeutung.主教Ansätze,die den Einfluss von Konformationsänderungen bei der Komplexbildung vernachlässigen,führen nicht zu befriedigenden Vorhersagen. Ein von uns entwickelter Protein-Protein-DockingAntoplasttet die effiziente Einbeziehung der rebabilität von Aminosäureseitenketten beim对接接and hat sich zur Strukturvorhersage von Protein-Protein-Komplexen bereits behr t. Die Method soll zur besseren Berücksichtigung der rebabilität von Proteinloopregionen weiterentwickelt韦尔登和一个stochachstisches Suchverfahren implementiert韦尔登。这是一个最优化的韦尔登,也是一个非常韦尔登的真实对接模拟。Die Dockingmethode soll hauptsächlich zur Vorhersage der Struktur von Antikörper-Antigen-Komplexen und zur Vorhersage der 3D-Domänstruktur von Multidomänproteinen genutzt韦尔登.抗原-抗-复合模型解决了一个Datenbank realistischer复合结构的韦尔登问题。Neben der Verbesserung der Vorhersage von Protein-Protein-Interaktionsgeometrie soll auch ein besseres Verständnis der Bildungskinetik und Spezifität von Protein-Protein-Komplexen erzielt韦尔登复合体。
项目成果
期刊论文数量(3)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Combining geometric pocket detection and desolvation properties to detect putative ligand binding sites on proteins.
结合几何口袋检测和去溶剂化特性来检测蛋白质上推定的配体结合位点
- DOI:10.1016/j.jsb.2012.09.010
- 发表时间:2012
- 期刊:
- 影响因子:3
- 作者:Schneider S;Zacharias M
- 通讯作者:Zacharias M
Atomic resolution model of the antibody Fc interaction with the complement C1q component.
- DOI:10.1016/j.molimm.2012.02.111
- 发表时间:2012-05
- 期刊:
- 影响因子:3.6
- 作者:S. Schneider;M. Zacharias
- 通讯作者:S. Schneider;M. Zacharias
Scoring optimisation of unbound protein–protein docking including protein binding site predictions
未结合蛋白质-蛋白质对接的评分优化,包括蛋白质结合位点预测
- DOI:10.1002/jmr.1165
- 发表时间:2012
- 期刊:
- 影响因子:2.7
- 作者:Schneider S;Zacharias M
- 通讯作者:Zacharias M
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