Untersuchung der SH2-Phosphotyrosinpeptid-Wechselwirkung und der Assoziation membranständiger a-Helices aus Signalübertragungsproteinen durch Computersimulation

通过计算机模拟研究 SH2-磷酸酪氨酸肽相互作用以及信号转导蛋白膜结合 α 螺旋的关联

• 批准号: 5296726
• 负责人: Professor Dr. Martin Zacharias
• 金额: --
• 依托单位: Lehrstuhl für Theoretische Biophysik - Molekulardynamik
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Research Grants
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 2000-12-31 至 2002-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/5296726?language=en
• 关键词: Untersuchung; der; SH2; Phosphotyrosinpeptid; Wechselwirkung

Die Assoziation von Proteinen zu oligomeren Komplexen spielt eine große Rolle bei der Übertragung von Signalen von der Zelloberfläche bis zum Zellkern. Die Bindung von Liganden und chemische Modifikation der Poteine können die Assoziation und Oligomerisierung beeinflussen. Ein besseres Verständnis der zu Grunde liegenden molekularen Wechselwirkungen ist wichtig für ein Verständnis des Mechanismus der Signalübertragung. Computersimulationen auf der Basis eines Kraftfelds sollen benutzt werden, um die Bindung von Phosphotyrosinpeptiden (PTP) an SH2-Domänen und die Assoziation von membranständigen a-Helices auf molekularer Ebene besser zu verstehen. Beides sind wichtige Modellsysteme für Wechselwirkungen von Signalübertragungsproteinen und Bildung multifunktioneller Proteinkomplexe. Es soll versucht werden, Bindungsaffinität und -spezifität der SH2-PTP-Wechselwirkung im Rahmen eines Kontinuummodells für die wäßrige Umgebung zu charakterisieren. Im Mittelpunkt steht dabei, herauszufinden, welche energetischen Beiträge bestimmte Aminosäureseitenketten und die Proteinhauptkette zur Bindung machen und welche Rolle die Konformationsflexibilität des Proteins und der Liganden spielt. Zur Überprüfung der Modellrechnungen sollen in Zusammenarbeit mit experimentell arbeitenden Gruppen (AG F. Böhmer und AG K.H. Friedrich, beide FSU Jena) Vorhersagen zur Peptid-SH2-Affinität und -Spezifität getestet werden. In Zusammenarbeit mit der AG von Dr. A. Ulrich (FSU Jena) sollen atomar aufgelöste Modelle für die Assoziation von membranständigen a-Helices des Papillomavirus-E5-Onkoproteins und für den Komplex dieser Helices mit Membrandomänen des PDGF(platelet derived growth factor)-Rezeptors entwickelt werden. In die Modellierung sollen neben sterischen Wechselwirkungen die NMR-spektroskopischen Daten der AG Ulrich sowie Mutagenesedaten einfließen.

Die Assoziation von Proteinen zu oligomeren Komplexen spielt eine greße Rolle bei der Übertragung von Signalen von der Zelloberfläche bis zum Zellkern.配体的结合和聚合物的化学改性对缔合和寡聚反应有很大影响。Ein besseres Verständnis der zu Grunde liegenden molekularen Wechselenkungen ist wichtig für ein Verständnis des Mechanismus der Signalübertragung.以计算机模拟为基础，对磷酸酪氨酸肽（PTP）与SH 2-结构域的结合以及膜结构与分子间螺旋的结合进行了韦尔登。Beides sind wichtige Modellsysteme für Wechselectin kungen von Signalübertragungsproteinen und Bildung multifunctioneller Proteinkomplexe. Es soll versucht韦尔登，Bindungstenoinität und -spezifität der SH2-PTP-Wechselenogung im Rahmen eines Kontinuummodels für die wäßrige Umgebung zu charakterisieren. Im Mittelpunkt steht dabei，herauszufinden，welche energetischen Beiträge bestimmte Aminosäureseitenketten und die Proteinhauptagur Bindung machen und welche Rolle die Konformationsflexibilität des Proteins und der Liganden spielt. Zur Überprüfung der Modellrechnungen sollen in Zusammenarbeit mit experimentell arbeitenden Gruppen（AG F. Böhmer und AG K.H. Friedrich，beide FSU Jena）Vorhersagen zur Peptid-SH 2-Affinität und -Spezifität getestet韦尔登.在Zusammenarbeit与AG冯博士。Ulrich（FSU Jena）sollen atomar aufgelöste Modelle für die Assoziation von membranständigen a-Helices des Papillomavirus-E5-Onkoproteins und für den Komplex dieser Helices mit Membrandomänen des PDGF（platelet derived growth factor）-Rezeptors entwickelt韦尔登.在建模中，我们使用了Ulrich AG的NMR光谱数据，其中包含突变数据。