Konformationsanalyse von nicht-kanonischen Strukturmotiven in RNA

RNA 中非规范结构基序的构象分析

基本信息

项目摘要

Funktioneller Bestandteil vieler RNA-haltiger biologischer Molekülkomplexe sind nicht-kanonische RNA-Strukturen (z.B. Nicht-Watson-Crick gepaarte Bereiche, Extra-Nukleotide, etc.). Die Kenntnis der dreidimensionalen (3D) Struktur und Energetik dieser RNA-Strukturen ist essentiell für ein Verständnis ihrer Funktion. Ziel des Projekts ist es, das Verständnis der Strukturbildung von RNA zu erweitern und Methoden der Computer-gestützten 3D-Strukturvorhersage und Konformationsanalyse von nicht-kanonischen Motiven in RNA zu verbessern. Es soll die Generierung von möglichen Strukturen für ein gegebenes Motiv so weit entwickelt werden, daß in kurzer Zeit eine große Zahl sterisch erlaubter Konformationen systematisch erzeugt und bewertet werden kann. Die energetische Bewertung der Strukturen soll bei atomarer Auflösung erfolgen mit einer impliziten Berücksichtigung des Lösungsmittels und Ionen basierend auf dem Poisson-Boltzmann Ansatz. Es sollen zunächst biologisch interessante Motive mit bekannter Struktur behandelt werden, um die Genauigkeit des Ansatzes zu prüfen. In einer zweiten Phase soll der Einfluß von Mutationen auf die Struktur und Energetik bekannter RNA-Strukturmotive untersucht werden. Darüberhinaus sollen Strukturvorschläge für Motive mit noch nicht bekannter 3D-Strutur gemacht werden. Als ein langfristiges Ziel sollen Konformationen niedriger Energien zusammen mit experimentell bestimmten Konformationen zu einer Strukturbibliothek für nicht-kanonische RNA-Motive zusammengefaßt werden.
功能最强的RNA生物分子复合物是一种非结构化的RNA结构。Nicht-Watson-Crick gepaarte Bereiche,Extra-Nukleotide,etc.)。三维(3D)结构和能量结构的知识对于理解其功能至关重要。本文介绍了RNA三维结构的计算机检测方法和RNA非线性动力学分析方法。Es soll die Generierung von möglichen Strukturen für ein gegebenes Motiv so weit entwickelt韦尔登,daheadin kurzer Zeit eine greße Zahl sterisch erlaubter Konformationen systematisch erzeugt und bewertet韦尔登kann.结构的能量传递将在原子的激发下进行,并以泊松-玻尔兹曼模型为基础,隐含着一种对Lösungsmittels和Ionen的解释。这是唯一一个有趣的生物学动机,它具有更好的韦尔登,可以用来研究基因组学。在第二个阶段,解决了结构和能量对突变的影响,使RNA结构动力学得以实现。Darüberhinaus sollen Strukturvorschläge für Motive mit noch nicht bekannter 3D-Strutur gemacht韦尔登. Als ein langfristiges Ziel sollen Konformationen niedriger Energien zusammen mit experimentell bestimmten Konformationen zu einer Strukturbibliothek für nicht-kanonische RNA-Motive zusammengefaßt韦尔登.

项目成果

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知道了