ｃ－Ｍｙｂ　ＤＮＡ結合ドメインの機能に着目した生物学的揺らぎの多角的解析

关注c-Myb DNA结合域功能的生物波动的多方面分析

• 批准号: 15J03576
• 负责人: 稲葉 理美
• 金额: $ 1.68万
• 依托单位: Kyoto Prefectural University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2015
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2015-04-24 至 2017-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15J03576/
• 关键词: 熱力学量; 構造揺らぎ

2016年度は、前年度にNMRや熱測定で得られたc-Myb DNA結合ドメインに関する知見をさらに多角的に評価するべく、1分子解析や高圧下での研究を進めた。1分子解析は、SPring-8の高輝度X線を用いた時分割測定（DXT）を適用し、DNA結合に伴う運動性変化をミリ秒～マイクロ秒で追跡した。測定にあたり、変異体の作製やプローブのラベル部位などの検討も進め、1分子系のアンサンブル量の運動性変化と多分子系での揺らぎの情報がよく相関することを明らかにした。加えて、DNA結合状態での揺らぎの減少が認められ、これはITCやDSCで得られたエントロピー変化量の結果と相関することも明らかとなった。高圧解析では、ダイアモンドアンビルセルを用いて、1 GPaを超える圧力まで測定することで、圧力軸での安定性の差異を明らかにすることに成功した。対象タンパク質の変性圧力中間点は約800 MPaであり、蛍光やNMR測定条件下においてはフォールド構造内の揺らぎを検出可能であることも示した。また、変異体を用いた実験により、タンパク質内部のキャビティと部分モル体積変化（ΔV）との間に良い相関を見出した。これらの結果は、これまでの温度変化やpH変化により得られた揺らぎの情報とも一致する。現在、双方ともに論文執筆中である。さらに、リピート間の構造安定性に着目した研究も進め、c-MybがDNA結合に2つのリピートが必須である裏付けをフォールディングに関わる熱力学量により実証した。

Before 2016 annual は, annual に NMR や hot determination で ら れ た c - Myb dna-binding ド メ イ ン に masato す る knowledge を さ ら に polygonal に evaluation of 価 す る べ く analytical や, 1 molecular under high 圧 で を の research into め た. 1 molecular parsing は, SPring - 8 の micromixer mixing effect degree X-ray を with い た segmentation measurement (DXT) を applicable し, dna-binding に with う motility - を ミ リ seconds ~ マ イ ク ロ seconds で tracing し た. Determination of に あ た り, 1 - の system や プ ロ ー ブ の ラ ベ ル parts な ど の beg も 検 into め, 1 molecular の ア ン サ ン ブ ル quantity の motility - of the と many molecular で の 揺 ら ぎ の intelligence が よ く phase masato す る こ と を Ming ら か に し た. Add え て, DNA binding state で の 揺 ら ぎ の reduce が recognize め ら れ, こ れ は ITC や DSC で must ら れ た エ ン ト ロ ピ ー variations result quantity の と phase masato す る こ と も Ming ら か と な っ た. High analytical で 圧 は, ダ イ ア モ ン ド ア ン ビ ル セ ル を with い て, 1 GPa を super え る pressure ま で determination す る こ と で, pressure shaft で の stability の differences を Ming ら か に す る こ と に successful し た. Like タ seaborne ン パ ク qualitative の variations among sexual pressure point about 800 MPa で は あ り, 蛍 や NMR measurement under the condition of light に お い て は フ ォ ー ル ド structure within の 揺 ら ぎ を 検 makes possible で あ る こ と も shown し た. ま た, 1 - を い た be 験 に よ り, タ ン パ ク mass internal の キ ャ ビ テ ィ と part モ ル - volume change (Δ V) と の に between good い phase masato を shows し た. The <s:1> れら <s:1> results, <s:1>, the temperature change や and pH change によ によ obtain られた, らぎ and らぎ information consistent with する. Now, both parties are と と に に writing the paper である. さ ら に, リ ピ ー ト の between tectonic stability に on mesh し も た research into め, c - Myb が dna-binding に 2 つ の リ ピ ー ト が must で あ る in pay け を フ ォ ー ル デ ィ ン グ に masato わ る thermodynamic に よ り card be し た.

项目成果

Thermodynamic studies on protein conformational fluctuations

蛋白质构象波动的热力学研究

• 发表时间: 2016
• 作者: Satomi Inaba;Masayuki Oda
• 通讯作者: Masayuki Oda

蛋白質リピート間リンカー領域が及ぼす構造安定性への影響と熱力学的特性の解明

阐明蛋白质重复之间的连接区对结构稳定性和热力学性质的影响

• 发表时间: 2015
• 作者: 稲葉理美;深田はるみ;織田昌幸
• 通讯作者: 織田昌幸

転写因子c-Myb DNA結合ドメインの機能構造解析

转录因子c-Myb DNA结合域的功能结构分析

• 发表时间: 2016
• 作者: 稲葉理美;織田昌幸
• 通讯作者: 織田昌幸

高圧力を利用した転写因子c-Myb DNA結合ドメインの準安定励起構造解析

使用高压分析转录因子 c-Myb DNA 结合域的亚稳态激发结构

• 发表时间: 2015
• 作者: 稲葉理美;前野覚大;赤坂一之;織田昌幸
• 通讯作者: 織田昌幸

蛋白質の動的構造と機能相関解明に向けた熱力学解析

热力学分析阐明蛋白质的动态结构和功能关系

• 发表时间: 2016
• 期刊: 熱測定
• 作者: 稲葉理美;織田昌幸
• 通讯作者: 織田昌幸