溶液のネットワーク構造揺らぎと化学反応の統計理論

溶液和化学反应中网络结构涨落的统计理论

• 批准号: 06219214
• 负责人: 笹井 理生
• 金额: $ 0.7万
• 依托单位: Nagoya University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1994
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1994 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-06219214/
• 关键词: 水素結合; 溶液内化学反応; 1; fゆらぎ; 水和; 疎水相互作用

平成5年度に引き続いて,ネットワーク構造を格子上の0または1の変数で表した動的モデルを分析した。ネットワーク運動のパターンが溶質の運動におよぼす影響、溶質間相互作用に及ぼす影響の分析を行うための模型が開発され、基礎的データが集められた。また、この格子模型の結果が分子動力学計算と比較され、分子動力学計算において1psから3ps程度の時間間隔で、氷に近い局所的構造が発達し、また崩壊する、という構造の形成と崩壊のパターンが確認された。局所構造指数という新しい量が定義され、この構造発達と崩壊の時間空間パターンが定量的に分析された。(a)構造が発達した分子は集まってクラスターを作っているが、このクラスターはパーコレーションモデルで考察された4本の水素結合を持つ分子のクラスターとは場所、形ともに異なる。(b)構造が発達した分子クラスターは、常温、常圧では線、または面のつながりをもち、大きな塊になることは少ない。(c)構造が発達した領域では1ps程度の周期の構造変化が特徴的に見られ、ラマンスペクトルに現れる40cm^<-1>程度のピークに相当すると考えられる。構造が発達した場所でのみ、この振動が観測されることはラマンスペクトルから推察された2状態描像とコンシステントである。などの知見が得られ、ネットワークの揺らぎを理解するための新しい切り口が得られた。また、x線などの方法で解明された蛋白の立体構造から経験的ポテンシャルを構築し、蛋白質の立体構造に関する分子動力学計算を行った。トラジェクトリーは詳細に分析され、正しくフォールドするための必要条件が明らかにされた。とくに、疎水相互作用の重要性が明確にされ、ポテンシャルの改良が進んでいる。分子動力学の結果を定性的に再現する単純なスピングラス模型が開発され、フォールドの各段階の動的構造と蛋白質の構造の階層性との関係が分析された。

In the fifth year of Heisei, the structure of the tree was analyzed. Models and basic data have been developed to analyze the effects of solute motion, solutes 'interactions, and solute effects on the movement of mobile phones. The results of the lattice model are compared with those of molecular dynamics calculations, and the time intervals of molecular dynamics calculations ranging from 1ps to 3ps are confirmed. The structural index is defined as a new quantity, and the structural development is analyzed quantitatively in time and space. (a)The structure of the molecule is different from the structure of the molecule. (b)The structure of the structure can be divided into three parts: normal temperature, normal pressure, reverse line, reverse surface, large block, reverse line. (c)The structural variation characteristics of the structure with a period of 1ps in the structure development domain are observed and compared to those of the structure development domain with a period of 40 cm in the structure development domain<-1>. The structure is located in the middle of the ground, and the vibration is measured. The knowledge and understanding of the new era are the foundation of the new era. The molecular dynamics calculation of protein stereo structure was carried out by X-ray method. A detailed analysis of the necessary conditions for the establishment of a legal system The importance of the interaction between water and oxygen is clearly defined, and the improvement of the interaction between water and oxygen is further discussed. The results of molecular dynamics are reproduced qualitatively, and the development of pure model, the structure of each stage of molecular dynamics and the hierarchical relationship of protein structure are analyzed.

项目成果

笹井 理生: "Conformation,Energy,and Folding Ability of Selected Sequences" Proc.Natl.Acad.Sci.USA. (発表予定).

Rio Sasai：“选定序列的构象、能量和折叠能力”Proc.Natl.Acad.Sci.USA（待提交）。

笹井 理生: "The Random Graph Models of Metastable Liquid Water" Proc.of Int Conf.on Properties of Water and Steam. (発表予定).

Rio Sasai：“亚稳态液态水的随机图模型”Proc.of Int Conf.on 水和蒸汽的性质（待提交）。