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小分子ノンコーデイングＲＮＡを介した植物病原細菌の病原性発現制御機構の解明

小非编码RNA介导的植物病原菌致病性表达控制机制的阐明

基本信息

批准号：
15J08652
负责人：
岡野夕香里
金额：
$ 2.83万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2015
资助国家：
日本
起止时间：
2015-04-24 至 2018-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15J08652/
关键词：
植物病原細菌小分子RNA

项目摘要

本研究では、植物病原細菌が宿主植物を認識し、各種遺伝子発現を変化させ、病原性発現に至る過程において、遺伝子をコードしない（ノンコーディングな）短いRNAである小分子RNA（small RNA; sRNA）が病原性関連遺伝子の発現制御をするという仮説のもと、sRNAを同定するとともに、その制御ターゲット遺伝子の同定や、既知の病原性遺伝子との関係性を調べることで、細菌の病原性発現に至る遺伝子制御ネットワークを解明することを目的としている。本年度は、これまでに特定した植物病原細菌ゲノムから転写されるRNAの転写開始点231箇所について、転写開始点の上流を抽出し、モチーフ探索プログラム（Multiple Em for Motif Elicitationプログラム）によって保存モチーフ探索を行った。その結果、これらの転写開始点について2種類の保存モチーフが存在することが確認された。このうち一方のモチーフは、細菌が持つシグマ因子（RNAの転写を行うRNAポリメラーゼと結合し、ゲノム上のプロモーターの配列を認識してRNAの転写開始点を決定する因子）の一つであるRpoDの認識配列として知られている配列と非常に類似した配列であった。そのため、これらのRNAはRpoDによって発現調節されていると考えられた。これらのRNAには、ノンコーディングRNAも含まれていたため、RpoDはsRNAを含むノンコーディングRNAの制御にも関わる可能性が示唆された。また、もう一方のモチーフはRpoD以外のシグマ因子によって制御されていると考えられた。

This study focuses on the understanding of plant pathogenic bacteria and host plants, the emergence and transformation of various pathogenic bacteria, and the process from pathogenic emergence to small RNA RNA; sRNA) and pathogenicity-related genetic disease. , sRNAを同定するとともに、そのcontrolターゲット伝子の同定や, the known pathogenic disease, the relationship between the disease and the disease, the bacterial pathogenic disease The current に to the left 伝子 control the ネットワークを Explain the することをpurpose and としている. This year's は、これまでにSpecific phytopathogenic bacteria ゲノムから転Writing and されるRNAの転Writing start point 23 1箇所について, 転WRITING STARTING POINT'S UPLOAD DRAWING, モチーフExploration プログラム (Multiple Em for Motif Elicitationプログラム)によってsaveモチーフExploreを行った.その results, これらの転write starting point について 2 kinds of のsave モチーフが existence することがconfirm された.このうち一のモチーフは, bacterial がhold つシグマfactor (RNAの転写を行うRNAポリメラーゼとcombinationし、ゲノム上のプロモーターのalignmentをKnow してRNAの転write starting point をdetermine するfactor）の一つであるRpoDのKnowing arrangement としてknow られているmatching とveryにsimilar to したmatching であった.そのため、これらのRNAはRpoDによって発Now adjust the されていると卡えられた. RpoDはsRNAをcontains the possibility of controlling RNA and controlling it.また, もう一 Party のモチーフはRpoD のシグマfactor によってcontrol されていると考えられた.

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

ファイトプラズマのRNA転写開始点の網羅的解析による非コードRNAの検出

综合分析植原体RNA转录起始位点检测非编码RNA

DOI：
发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
0
作者：
Nozomu Iwabuchi;Yugo Kitazawa;Yuji Fujimoto;Naoi Hosoe;Hiroaki Koinuma;Takamichi Nijo;Tetsuya Yoshida;Yukari Okano;Kensaku Maejima;Yasuyuki Yamaji;Kenro Oshima;Shigetou Namba;鯉沼宏章・二條貴通・煉谷裕太朗・岩渕望・北沢優悟・岡野夕香里・前島健作・山次康幸・大島研郎・難波成任
通讯作者：
鯉沼宏章・二條貴通・煉谷裕太朗・岩渕望・北沢優悟・岡野夕香里・前島健作・山次康幸・大島研郎・難波成任

ファイトプラズマのRNA転写開始点上流に見いだされるプロモーター配列の解析

植原体 RNA 转录起始位点上游启动子序列分析

DOI：
发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
0
作者：
Tomomitsu;T.;Kitazawa;Y.;Netsu;O.;Nijo;T.;Koinuma;H.;Iwabuchi;N.;Okano;Y.;Hirata;H.;Maejima;K.;Yamaji;Y.;Namba;S.;鯉沼宏章・二條貴通・煉谷裕太朗・岩渕望・北沢優悟・岡野夕香里・前島健作・山次康幸・大島研郎・難波成任;二條貴通・鯉沼宏章・煉谷裕太朗・岩渕望・北沢優悟・岡野夕香里・前島健作・山次康幸・大島研郎・難波成任
通讯作者：
二條貴通・鯉沼宏章・煉谷裕太朗・岩渕望・北沢優悟・岡野夕香里・前島健作・山次康幸・大島研郎・難波成任

Burkholderia andropogonis によるエビネ黒斑細菌病（新称）

由伯克霍尔德杆菌引起的松树黑斑细菌病（新名称）

DOI：
发表时间：
2016
期刊：
影响因子：
0
作者：
Tomomitsu;T.;Kitazawa;Y.;Netsu;O.;Nijo;T.;Koinuma;H.;Iwabuchi;N.;Okano;Y.;Hirata;H.;Maejima;K.;Yamaji;Y.;Namba;S.;鯉沼宏章・二條貴通・煉谷裕太朗・岩渕望・北沢優悟・岡野夕香里・前島健作・山次康幸・大島研郎・難波成任;二條貴通・鯉沼宏章・煉谷裕太朗・岩渕望・北沢優悟・岡野夕香里・前島健作・山次康幸・大島研郎・難波成任;丹野和幸・友光達哉・北沢優悟・根津修・岡野夕香里・平田久笑・山次康幸・難波成任
通讯作者：
丹野和幸・友光達哉・北沢優悟・根津修・岡野夕香里・平田久笑・山次康幸・難波成任

Genome-Wide Analysis of the Transcription Start Sites and Promoter Motifs of Phytoplasmas

植原体转录起始位点和启动子基序的全基因组分析

DOI：
10.1089/dna.2016.3616
发表时间：
2017
期刊：
DNA and Cell Biology
影响因子：
3.1
作者：
Nijo Takamichi;Neriya Yutaro;Koinuma Hiroaki;Iwabuchi Nozomu;Kitazawa Yugo;Tanno Kazuyuki;Okano Yukari;Maejima Kensaku;Yamaji Yasuyuki;Oshima Kenro;Namba Shigetou
通讯作者：
Namba Shigetou

First report of bacterial black spot on calanthe (Calanthe spp.) caused by Burkholderia andropogonis in Japan

日本首次报告由男性伯克霍尔德菌引起的足部细菌性黑斑病（Calanthe spp.）

DOI：
10.1007/s10327-016-0658-7
发表时间：
2016
期刊：
Journal of General Plant Pathology
影响因子：
1.2
作者：
Tomomitsu;T.;Kitazawa;Y.;Netsu;O.;Nijo;T.;Koinuma;H.;Iwabuchi;N.;Okano;Y.;Hirata;H.;Maejima;K.;Yamaji;Y.;Namba;S.
通讯作者：
S.