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赤外分光法及び量子化学計算による光合成水分解反応の分子メカニズムの解明

赤外分光法及び量子化学計算による光合成水分解反応の分子メカニズムの解明
利用红外光谱和量子化学计算阐明光合水分解反应的分子机制
批准号:
15J10320
负责人:
中村 伸
金额:
$1.79万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份:
2015
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2015-04-24 至 2018-03-31

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光合成における水分解反応は、光化学系II (PSII)のMnクラスターにおいて行われる。Mnクラスターには、光酸化において遷移する5つの中間状態(S0-S4)が存在し、中間状態が一周するごとに、2つの水分子が酸素分子と4つのプロトンに分解される。近年、暗中において最も安定なS1状態におけるPSIIのX線結晶構造解析(Suga et al., 2015)により、Mnクラスターおよびその周辺の詳細な構造が示された。しかし、結晶構造では、プロトンの情報は示されておらず、周辺アミノ酸のプロトン化状態は不明である。周辺の荷電性アミノ酸のプロトン化状態は、Mnクラスターの酸化還元電位と密接に関係しているため、水分解メカニズム解明において必須の情報である。そこで本研究では、偏光全反射赤外分光法およびX線結晶構造に基づくquantum mechanics/molecular mechanics(QM/MM)計算により、Mnクラスター周辺のプロトン化構造を解析した。Mnクラスター近傍のプロトン化状態の情報を得るため、中間状態遷移に伴う偏光赤外差スペクトルを測定した。その結果、S1→S2およびS3→S0遷移のスペクトルにおいて3000-2200 cm-1の領域に大きな二色比を持つ正負のバンドが観測された。さらに、QM/MM計算による振動解析により、Mnクラスターと水素結合を形成するプロトン化したD1-His337のNH伸縮振動が実測をよく再現した。このことから、D1-His337は中間状態サイクルを通じて常にカチオン型であることが明らかになった。さらに、エネルギー計算では、D1-His337がカチオン状態のモデルにおいて、S1→S2遷移の酸化還元電位は水の酸化還元電位(pH 6.0において+0.88 V)に近い、+0.87 Vとなった。一方で、D1-His337が脱プロトン化した場合では、酸化還元電位が1.8 V程度負にシフトすることから、カチオン状態のD1-His337は、Mnクラスターの高い酸化還元電位を維持する役割を持つことが示された。(Nakamura and Noguchi, 2017)
期刊论文(0)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
DOI: 10.7566/jpsj.86.035004
发表时间: 2017-02
期刊: Journal of the Physical Society of Japan
影响因子: 1.7
作者: [T. Miyakawa;Shin-ichi Nakamura;H. Yabu]
通讯作者: T. Miyakawa;Shin-ichi Nakamura;H. Yabu
Protonation structure of a key His residue interacting with the photosynthetic Mn cluster
与光合 Mn 簇相互作用的关键 His 残基的质子化结构
DOI: --
发表时间: 2017
期刊:
影响因子: --
作者: [中村 伸, 野口 巧]
通讯作者: 野口 巧
Role of a water network around the Mn4CaO5 cluster in photosynthetic water oxidation: A Fourier transform infrared spectroscopy and quantum mechanics/molecular mechanics calculation study
Mn4CaO5团簇周围的水网络在光合水氧化中的作用:傅里叶变换红外光谱和量子力学/分子力学计算研究
DOI: 10.1021/acs.biochem.5b01120
发表时间: 2016
期刊: Biochemistry
影响因子: 2.9
作者: [S. Nakamura, K. Ota, Y. Shibuya, T. Noguchi]
通讯作者: T. Noguchi
FTIR evidence for proton release into the bulk upon photooxygation of tyrosine D in photosystem II
光系统 II 中酪氨酸 D 光氧合后质子释放到本体中的 FTIR 证据
DOI: --
发表时间: 2015
期刊:
影响因子: --
作者: [Shin Nakamura, Takumi Noguchi]
通讯作者: Takumi Noguchi
21
    口腔がん患者の再発リスク層別化にむけたFDG-PET/CTのテクスチャ解析の応用
    • 批准号:
      23K09349
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    • 资助金额:
      $1.75万
    • 财政年份:
      2023
    • 负责人:
      中村 伸
    • 依托单位:
    量子化学計算による海洋生物における水中接着の分子メカニズムの解明
    • 批准号:
      21K15056
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
    • 资助金额:
      $2.83万
    • 财政年份:
      2021
    • 负责人:
      中村 伸
    • 依托单位:
    カプセル封入多細胞スフェロイドを用いた放射線・化学療法併用方法の検討
    • 批准号:
      13771110
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
    • 资助金额:
      $1.09万
    • 财政年份:
      2001
    • 负责人:
      中村 伸
    • 依托单位:
    花粉症に及ぼす環境影響の評価:ニホンザルの自然感作を指標にした血清疫学的解析
    • 批准号:
      05680462
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for General Scientific Research (C)
    • 资助金额:
      $1.34万
    • 财政年份:
      1993
    • 负责人:
      中村 伸
    • 依托单位:
    国内基金
    海外基金
    三元硫化物(ZnIn2S4)本征缺陷调控及其光电催化水分解研究
    • 批准号:
      JCZRYB202500299
    • 项目类别:
      省市级项目
    • 资助金额:
      --
    • 批准年份:
      2025
    • 负责人:
    • 依托单位:
    3D SnO2/a-Fe2O3 光子晶体-FeNiOx 法拉第结协同调控可见光水分解制氢机制研究
    • 批准号:
    • 项目类别:
      省市级项目
    • 资助金额:
      --
    • 批准年份:
      2025
    • 负责人:
      王文荣
    • 依托单位:
    钴基催化剂配位环境调控及其水分解性能与机理研究
    • 批准号:
    • 项目类别:
      省市级项目
    • 资助金额:
      --
    • 批准年份:
      2025
    • 负责人:
      肖梦君
    • 依托单位:
    柱芳烃-金属杂化纳米材料的绿色制备及其催化甘油氧化耦合水分解节能制氢机制
    • 批准号:
    • 项目类别:
      省市级项目
    • 资助金额:
      --
    • 批准年份:
      2025
    • 负责人:
      熊昆
    • 依托单位: