Ab-initio-Vorhersage der Sekundär- und Tertiärstruktur von Polypeptiden aus der Primärstruktur, durch Anwendung hierarchischer evolutionärer Algorithmen im Raum optimierter Sekundärstrukturen, ohne Verwendung von Datenbankinformationen

通过在优化二级结构空间中应用分层进化算法，无需使用数据库信息，从一级结构开始预测多肽的二级和三级结构

• 批准号: 5439308
• 负责人: Professor Dr. Bernd Hartke
• 金额: --
• 依托单位: Institut für Physikalische Chemie
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Research Grants
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 2003-12-31 至 2008-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/5439308?language=en
• 关键词: Ab; initio; Vorhersage; der; Sekund

Basierend auf ersten, erfolgreichen Vorarbeiten soll in diesem Projekt ein allgemeines Programm zur ab-initio-Strukturvorhersage von Proteinen aus ihrer Primärsequenz entwickelt werden, unter Verzicht auf Homologie-Informationen aus Protein-Datenbanken. Dabei wird globale Optimierung durch evolutionäre Algorithmen als Hauptinstrument verwendet. Im Gegensatz zu bisherigen Strategien dieser Art wird hier nicht direkt im Raum der Diederwinkel des Proteinrückgrats operiert, sondern hauptsächlich in einem abstrakteren Raum der Sekundärstrukturen. Nach Auswahl der geeignetsten Kraftfelder und Solvatationsmodelle, gegenenfalls auch nach Re-Optimierung der wichtigsten Parameter darin, werden Tertiärstrkturvorhersagen praktisch relevanter Genauigkeit nicht nur für kleinere Modell-Oligopeptide sondern auch für längere reale Polypeptidsequenzen angestrebt. Selbst bei einem Scheitern des Projekts sind positive Resultate zu erwarten: Neben einer fundierten Antwort auf die wichtige offene Frage, inwieweit Proteinfaltung einer Energieminimierung entspricht, auch ein Polymerfaltungs-Optimierungsprogramm, dass sich unschwer von Polypeptiden auch auf ganz andere Polymere übertragen ließe und damit für die Makromolekulare Chemie und Kolloidchemie interessant wäre.

在此基础上，本项目的研究将从蛋白质数据库的同源性信息出发，对蛋白质的初始结构进行分析。大北将在全球范围内优化，通过不断的进化，使其成为最大的鳄鱼。In Gegenetzu bisherigen bisherigien dieser Art wird wirt direkt im Raum der Diederwinkel des Proteinrückgrats operiert，sondern hauptsächlich in einem abstrakteren Raum der Sekundärstrukturen.根据Kraftfelder和Solvatationmodelle模型，也可以通过重新优化最佳参数来实现，韦尔登第三代相关的实际应用并不局限于小肽模型-寡肽，也不局限于长肽序列。Selbst bei einem Scheitern des Projekts sind positive Resultate zu erwarten：Neben einer fundierten Antwort auf die wichtige offene Frage，inwieweit Proteinfaltung einer Energieminimierung entspricht，auch ein Polymerfaltungs-Optimierungsprogramm，dass sich unschwer von Polypeptiden auf ganz andere Polymere übertragen ließe und damit für die Makromolekulare Chemie und Kolloidchemie interessant wäre.