マダガスカルでの遺伝子水平伝播パンデミックとヘビによる世界的な伝播因子拡散の実証

马达加斯加的水平基因转移大流行以及蛇传播媒介的全球传播示范

• 批准号: 18H02497
• 负责人: 倉林 敦
• 金额: $ 10.82万
• 依托单位: Nagahama Institute of Bio-Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2018
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2018-04-01 至 2023-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18H02497/
• 关键词: 遺伝子の水平伝播; 生物地理; パンデミック; ウィルス; メクラヘビ; 水平伝播; 次世代シークエンス; メタゲノム; 南アジア; マダガスカル; 遺伝子水平伝播; 染色体FISH; 分子系統; 分岐年代; 系統地理; 脊椎動物; 生物系統地理; 分子系統解析; インド; 外来生物

本研究では、ヘビからカエルに水平伝播したLINEレトロトランスポゾンBovBについて、（1）水平伝播時期と地域の解明、（2）水平伝播遺伝子の視覚化、（3）爬虫類・両生類以外のマダガスカル産脊椎動物にもBovBの水平伝播が生じているかの解明、（4）水平伝播を媒介した寄生虫・ウィルスの探索、（5）南アジア原産のブラーミニメクラヘビが、マダガスカルのヘビタイプのBovBを持っている理由の解明、の5点を目的としている。本年度は、まず（2）について、マダガスカルガエルの核にBovBがあるかを染色体FISHによって視覚的に確認した。この結果から、マダガスカルガエルでは、PCRのコンタミネーションではなく、染色体にヘビ型のBovBが統合されていることを証明した。さらに、（1）（2）についてまとめた論文を投稿した。（4）について、引き続きから蛇の体液と組織から、ウィルス由来の核酸を効率的に抽出する方法の確立を試みた。これまでに得た次世代シークエンスデータについて、NCBI全塩基データをリファレンスとし、Kraken2を用いて分類群アノテーションを行なったところ、これまでに未同定だったリードの多くがウィルス由来のものであった。さらに、Baker et al.（2013）に準拠しつつ8μmのフィルターで濾過するという方法が、ヘビからのウィルス由来核酸の抽出法として最も効率的であった（全リード中9.4％がウィルス由来となった）。この研究に加え、マダニの仲間Amblyomma testudinariumがカメに寄生していることを発見したので、論文報告した。（5）については、コロナウィルスの影響により、研究期間中の南アジアへの渡航が難しいと判断し、空輸の手配を開始した。スリランカについては、輸出許可を得ることができ、3月末に発送された（4月上旬に無事受け取った）。

This study aims to five things about the LINE retrotransposon BovB, which was horizo​​ntally transmitted from snakes to frogs: (1) elucidating the timing and region of the horizo​​ntal transmission, (2) visualizing the horizo​​ntal propagation gene, (3) elucidating whether BovB is horizo​​ntally transmitted in Madagascar vertebrates other than reptiles and amphibians, (4) elucidating介导水平传播的寄生虫和病毒，以及（5）阐明为什么南亚的模糊米尼 - 米克拉斯纳克为何有马达加斯加蛇型BOVB。今年，关于（2），我们在视觉上证实了使用染色体鱼类的马达加斯加青蛙核中存在BOVB。这些结果表明，在马达加斯加青蛙中，蛇形BOVB被整合到染色体中，而不是PCR污染中。此外，我提交了一份汇总（1）和（2）的论文。关于（4），我们继续尝试建立一种有效地从蛇体液和组织中提取病毒衍生的核酸的方法。使用kraken2使用kraken2对迄今为止获得的下一代序列数据进行分类子注释，参考NCBI全基数据，许多先前未识别的读数都是从病毒中得出的。此外，根据Baker等人的滤波器进行8μm滤波器过滤。 （2013年）是从蛇中提取病毒衍生的核酸的最有效方法（所有读数中有9.4％均为病毒衍生）。除了这项研究外，我们还发现tick家族amblyomma testudinarium在海龟上寄生，因此我们在论文中报道。关于（5），我们认为，由于冠状病毒的影响，在研究期间前往南亚将很困难，并开始安排航空运输。对于斯里兰卡，获得了出口许可证，并于3月底发货（4月初安全收到）。

项目成果

ヘビからカエルへの遺伝子水平伝播：脊椎動物間水平伝播の地理的特異性と発生様式に関する新知見

从蛇到青蛙的水平基因转移：脊椎动物之间水平转移的地理特异性和发生模式的新发现

• 发表时间: 2021
• 作者: 倉林敦;神林千晶;掛橋竜祐;水野英明;大島一彦;田辺秀之;細将貴;ミゲル=ベンセス
• 通讯作者: ミゲル=ベンセス

ヘビからカエルへの遺伝子水平伝播：発生地域・起源系統・伝播経路とメカニズム

蛇到青蛙的水平基因转移：起源地区、起源谱系、传播途径和机制

• 发表时间: 2018
• 作者: 倉林 敦;佐藤祐輔;神林千晶;掛橋竜祐・古野伸明;水野英明;大島一彦;熊澤慶伯;Zoltan Nagy;森 哲;Allen Allison;Stephen Donnellan;太田英利;細将貴;佐藤 宏;Miguel Vences
• 通讯作者: Miguel Vences

Dr. B.A.マラスワーダ大学(インド)

马拉瓦达大学学士（印度）

ブラウンシュバイク工科大学(ドイツ)

布伦瑞克工业大学（德国）

Evaluating the ontogenetic external morphology of an ectoparasitic Torix tukubana (Hirudinida: Glossiphoniidae), with records of its new host amphibian species

• DOI: 10.1007/s00436-018-6141-y
• 发表时间: 2019-02-01
• 期刊: PARASITOLOGY RESEARCH
• 影响因子: 2
• 作者: Kambayashi, Chiaki;Kurabayashi, Atsushi;Nakano, Takafumi
• 通讯作者: Nakano, Takafumi