マダガスカルでの遺伝子水平伝播パンデミックとヘビによる世界的な伝播因子拡散の実証

马达加斯加的水平基因转移大流行以及蛇传播媒介的全球传播示范

• 批准号: 18H02497
• 负责人: 倉林 敦
• 金额: $ 10.82万
• 依托单位: Nagahama Institute of Bio-Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2018
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2018-04-01 至 2023-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18H02497/
• 关键词: 遺伝子の水平伝播; 生物地理; パンデミック; ウィルス; メクラヘビ; 水平伝播; 次世代シークエンス; メタゲノム; 南アジア; マダガスカル; 遺伝子水平伝播; 染色体FISH; 分子系統; 分岐年代; 系統地理; 脊椎動物; 生物系統地理; 分子系統解析; インド; 外来生物

本研究では、ヘビからカエルに水平伝播したLINEレトロトランスポゾンBovBについて、（1）水平伝播時期と地域の解明、（2）水平伝播遺伝子の視覚化、（3）爬虫類・両生類以外のマダガスカル産脊椎動物にもBovBの水平伝播が生じているかの解明、（4）水平伝播を媒介した寄生虫・ウィルスの探索、（5）南アジア原産のブラーミニメクラヘビが、マダガスカルのヘビタイプのBovBを持っている理由の解明、の5点を目的としている。本年度は、まず（2）について、マダガスカルガエルの核にBovBがあるかを染色体FISHによって視覚的に確認した。この結果から、マダガスカルガエルでは、PCRのコンタミネーションではなく、染色体にヘビ型のBovBが統合されていることを証明した。さらに、（1）（2）についてまとめた論文を投稿した。（4）について、引き続きから蛇の体液と組織から、ウィルス由来の核酸を効率的に抽出する方法の確立を試みた。これまでに得た次世代シークエンスデータについて、NCBI全塩基データをリファレンスとし、Kraken2を用いて分類群アノテーションを行なったところ、これまでに未同定だったリードの多くがウィルス由来のものであった。さらに、Baker et al.（2013）に準拠しつつ8μmのフィルターで濾過するという方法が、ヘビからのウィルス由来核酸の抽出法として最も効率的であった（全リード中9.4％がウィルス由来となった）。この研究に加え、マダニの仲間Amblyomma testudinariumがカメに寄生していることを発見したので、論文報告した。（5）については、コロナウィルスの影響により、研究期間中の南アジアへの渡航が難しいと判断し、空輸の手配を開始した。スリランカについては、輸出許可を得ることができ、3月末に発送された（4月上旬に無事受け取った）。

This study で は, ヘ ビ か ら カ エ ル に level 伝 sowing し た LINE レ ト ロ ト ラ ン ス ポ ゾ ン BovB に つ い て, (1) regional level 伝 sowing period と の uttered, (2) level 伝 sowing heritage 伝 son の 覚 change, (3), reptiles that struck, born outside class の マ ダ ガ ス カ ル production vertebrate に も BovB の level 伝 sowing が raw じ て い る か の uttered, (4) level 伝 sowing を media し た parasites, ウ ィ ル ス の exploration, (5) the south ア ジ ア origin の ブ ラ ー ミ ニ メ ク ラ ヘ ビ が, マ ダ ガ ス カ ル の ヘ ビ タ イ プ の BovB を hold っ て い る reason の uttered, 5 o 'clock の を purpose と し て い る. This year は, ま ず (2) に つ い て, マ ダ ガ ス カ ル ガ エ ル の nuclear に BovB が あ る か を chromosome FISH に よ っ て regards 覚 に confirm し た. こ の results か ら, マ ダ ガ ス カ ル ガ エ ル で は, PCR の コ ン タ ミ ネ ー シ ョ ン で は な く, chromosome に ヘ ビ type の BovB が integration さ れ て い る こ と を prove し た. Youdaoplaceholder0, (1) (2) に を てまとめた paper submission を た た. (4) に つ い て and き 続 き か ら snake の humoral と organization か ら, ウ ィ ル ス origin の nucleic acid を sharper rate に drew す の る method established を try み た. こ れ ま で に have た nextgen シ ー ク エ ン ス デ ー タ に つ い て, NCBI salt base デ ー タ を リ フ ァ レ ン ス と し, Kraken2 を with い て taxa ア ノ テ ー シ ョ ン を line な っ た と こ ろ, こ れ ま で に failed with だ っ た リ ー ド more の く が ウ ィ ル ス origin の も の で あ っ た. さ ら に, Baker et al. (2013) に quasi 拠 し つ つ 8 microns の フ ィ ル タ ー で す filtration る と い が う method, ヘ ビ か ら の ウ ィ ル ス origin の nucleic acid extraction method と し て most も sharper rate で あ っ た (full リ ー ド 9.4% が ウ ィ ル ス origin と な っ た). こ の research に え, マ ダ ニ の between secondary Amblyomma testudinarium が カ メ に parasitic し て い る こ と を 発 see し た の で, paper し た. (5) に つ い て は, コ ロ ナ ウ ィ ル ス の influence に よ り, during the study period in south ア の ジ ア へ の tayouan が difficult し い と judgment し, empty lose の hand with を beginning し た. ス リ ラ ン カ に つ い て は, output licensing を る こ と が で き, late march に 発 send さ れ た (early April に nothing by け take っ た).

项目成果

Dr. B.A.マラスワーダ大学(インド)

马拉瓦达大学学士（印度）

ヘビからカエルへの遺伝子水平伝播：脊椎動物間水平伝播の地理的特異性と発生様式に関する新知見

从蛇到青蛙的水平基因转移：脊椎动物之间水平转移的地理特异性和发生模式的新发现

• 发表时间: 2021
• 作者: 倉林敦;神林千晶;掛橋竜祐;水野英明;大島一彦;田辺秀之;細将貴;ミゲル=ベンセス
• 通讯作者: ミゲル=ベンセス

ヘビからカエルへの遺伝子水平伝播：発生地域・起源系統・伝播経路とメカニズム

蛇到青蛙的水平基因转移：起源地区、起源谱系、传播途径和机制

• 发表时间: 2018
• 作者: 倉林 敦;佐藤祐輔;神林千晶;掛橋竜祐・古野伸明;水野英明;大島一彦;熊澤慶伯;Zoltan Nagy;森 哲;Allen Allison;Stephen Donnellan;太田英利;細将貴;佐藤 宏;Miguel Vences
• 通讯作者: Miguel Vences

ブラウンシュバイク工科大学(ドイツ)

布伦瑞克工业大学（德国）

ブラーミニメクラヘビにおける全ミトコンドリアゲノム核移行現象の発見と移行時期の推定

婆罗门盲蛇线粒体全基因组核转移现象的发现及转移时间的估计

• 发表时间: 2021
• 作者: 神林千晶;大岩寛之;掛橋竜祐;グラブ＝ケドカー;倉林 敦
• 通讯作者: 倉林 敦