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Ecogenomics of prokaryotes, viruses, and microbial eukaryotes in deep freshwater lakes

深淡水湖中原核生物、病毒和微生物真核生物的生态基因组学

基本信息

批准号：
18J00300
负责人：
岡崎友輔
金额：
$ 2.58万
依托单位：
Kyoto University (2020)National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (2018-2019)
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2018
资助国家：
日本
起止时间：
2018-04-25 至 2021-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

今年度は主に昨年度までに得た大規模環境ゲノム情報の解析を行った。琵琶湖沖で採集した2水深×12か月の時空間24サンプルのメタゲノム解析について、昨年度までに実施済みであったショートリード解析に加え、ロングリードシーケンサーを用いた解析を行った。その結果、303個の高品質(completeness>90%, contamination<5%)細菌ゲノムを構築し、そのうちの106個はコンティグ数10個以下、31個は単一のコンティグにアセンブルされた細菌ゲノムであった。これらは、従来のショートリード解析では得られなかった極めて高品質のゲノム情報であり、より高解像度・高精度の比較解析を可能にすることで、ゲノムの微小多様性を生み出す原動力や、それが生態系内で維持されるメカニズムの解明にも資する重要な成果である。メタゲノムと並行して実施中のメタトランスクリプトーム解析については、昨年度に引き続きシーケンスライブラリ作成法の検討に時間を要し、解析に至ることはできなかった。しかし、手法をほぼ確立する段階には至り、今後の研究で解析を実現するための基盤の構築ができた。培養実験では、96ウェルのディーププレートを用いたハイスループットな培養系を構築した。これまでに琵琶湖で優占する主要な細菌系統を含む少なくとも32の細菌の培養サンプルが得られている。残念ながら本研究が主要ターゲットとしていた細菌系統の単離には至っていないが、本成果はハイスループット培養法が湖沼深層の細菌の単離にも有効であることを裏付け、今後の培養実験の方向性を示した重要な成果である。上記の取り組みと並行し、昨年度までに行った、ロングリードアンプリコンシーケンス解析を用いた国内9、欧州2の大水深淡水湖間における細菌の系統内多様性・系統地理的背景を明らかにした研究の成果を取りまとめ、査読付き国際誌に掲載した。

This year, we were able to analyze the environmental situation on a large scale in the last year. The water depth of the collection of the Pipa Lake is 2 water depth x 12 months. The 24-hour monthly space is used to analyze the data. Last year, it was used to analyze the data and the data was used to analyze the data. The results showed that there were 303 high-quality (completeness>90%, contamination<5%) bacteria and less than 10 bacteria in each of the 10 and 31 high-quality bacteria in each of them. It is possible to improve the accuracy of high-resolution, high-resolution, high-resolution, In the course of the implementation of the information system, it is necessary to make an analysis of the information system, and last year, it was introduced that there was a change in the operation time of the system, and the analysis was made to the information system. In the future, we will study and analyze the basic information in order to make sure that the information is correct. Please tell me how to do it. Please tell me how to do it. The main bacteria system in Biwa Lake contains less than 32 strains of bacteria. The main purpose of this study is to ensure that the bacteria system is isolated from the bacteria system to the environment. In this study, the results show that the bacteria in the deep part of the lake and marshes are isolated, and the future direction of the test is to show the important results. The background of the multi-sex system geography in the deep and fresh water lakes in Europe and the background of the multi-sex system geography in the deep and fresh water lakes of Europe and 9 in China were analyzed last year. The results of the study were collected and paid to the international community.