Development of a new design method for artificial nucleic acids

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本研究では、あらゆるターゲットタンパク質に対して人工核酸アプタマーを取得できるよう、特異的な相互作用による親和性とターゲット表面との非特異的な相互作用も含めて「滞在時間」を考慮した修飾基の導入による、論理的、かつ効率的な人工核酸アプタマーのデザイン方法を提案する。具体的には、１．親和性と滞在時間を考慮した修飾基の選択、２．適切な修飾基を導入した人工核酸を用いたSELEX法によるアプタマー取得の効率化、３．インシリコによる効率的な人工核酸アプタマー最適化、の3項目を実施する。これまでに、項目1. 親和性と滞在時間を考慮した修飾基の選択に関して、修飾基選択のパラメータの設定を行うための調査を実施し、パラメータの候補を得ている。調査は、タンパク質間相互作用を阻害する低分子化合物が多数報告されており、かつ立体構造が解かれている5つのタンパク質について行った。ターゲットタンパク質の機能を阻害する化合物情報を取得し、ドッキング計算をタンパク質表面全体に対して行った。ドッキングの結果を、化合物の結合部位をターゲットの表面をタンパク質―タンパク質相互作用面とそれ以外の表面に分けて詳細に解析した結果、ターゲットの表面の性質によって化合物の分布や相互作用の強さが異なっていることが明らかになってきた。これらの結果に基づいて、化合物選択に利用するパラメータの候補を得ている。