ターゲットキャプチャー法によるA型インフルエンザウイルスの高感度検出系の創出

利用目标捕获法创建甲型流感病毒高灵敏度检测系统

• 批准号: 22K10501
• 负责人: 竹前 喜洋
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: National Institute of Infectious Diseases
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K10501/
• 关键词: A型インフルエンザウイルス; 次世代シーケンサー; ターゲットキャプチャー; ハイブリダイゼーションプローブ; 臨床検体; ターゲットキャプチャー法

ターゲットキャプチャー法に用いるプローブの設計及び準備を進めた。インフルエンザウイルスの国際公共データベースに登録されたヒト及び非ヒト由来のH1～H18亜型及びN1～N11亜型の2000年以降に分離されたA型インフルエンザウイルスの全八分節をそれぞれダウンロードした。各分節のアライメントを実施後に、総当たりの相同性を計算し、標的配列とプローブ配列間でのミスマッチの許容範囲とされる80％－90％の相同性をもつ各分節のリファレンス配列群を選抜した。最終的には、A型インフルエンザウイルスの全ての亜型に由来する配列を含むプローブパネル（168,091プローブを含む）を合成した。上記で合成したプローブパネルの検証に用いるためのウイルスライブラリーを準備した。研究所で保有する様々な亜型のA型インフルエンザウイルスのワーキングストックを作製し、各ストック中に含まれるインフルエンザウイルスゲノムのコピー数をデジタルPCRにより定量した。

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