ウシ脂肪交雑形成機構の解明に向けた候補遺伝子変異の網羅的検証

全面验证候选基因突变，阐明牛大理石花纹形成机制

• 批准号: 22K05969
• 负责人: 笹崎 晋史
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Kobe University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K05969/
• 关键词: 脂肪交雑; 和牛; 黒毛和種; 遺伝子; ウシ

先行研究により同定された脂肪交雑QTL候補領域（7番染色体10-30Mbp）について、ゲノムリシーケンスにより検出された全127,090個の多型から、有意SNPと連鎖不平衡にないSNPおよびイントロンに位置していたSNPを除いた1,746個を対象とし、効果の検証を行った。本年度は、1,746個のうち遺伝子データベースによりプロファイリングを行い、遺伝子の機能および当該多型の遺伝子への影響を考慮し選出した96SNPについて、兵庫県441頭および宮崎県529頭を用いて集積流体回路による遺伝子型判定を行い、各SNPの脂肪交雑基準値（BMS）に対する効果の検証を行った。遺伝子型判定の結果、シグナルが弱いなどの理由により遺伝子型の判別が困難なSNPは除外し、兵庫県では67SNP、宮崎県では65SNPについてBMSに対する効果を分散分析により調査した。兵庫県において、有意水準（p = 0.05）を下回ったSNPは48個存在し、それらは29個の遺伝子に属する多型であった。最も低いp値を示したのはALDH7A1のsplice多型（SNP93_ALDH7A1）であった（p=3.46E-5）。宮崎県において、有意水準（p = 0.05）を下回ったSNPは7個存在し、それらは7個の遺伝子に属する多型であった。最も低いp値を示したのはICAM1遺伝子のmissense多型（SNP37_ICAM1）であった（p=3.33E-4）。各集団において、67SNP（兵庫）または65SNP（宮崎）の遺伝子型より、Haploviewを用いてLDブロック図を作成した。兵庫県では領域全体に渡って比較的強いLDが観察された。一方、宮崎においては兵庫と比較して全体的なLDは狭く、いくつかのブロックが観察された。最も有意な値を示したSNP37_ICAM1はおよそ15.8-16.1Mbpのブロックに含まれていた。

In the preliminary study, a total of 127,090 polymorphic and intentional SNP were detected in the candidate region for fat-crossing QTL (chromosome 7, 10-30Mbp), and 1,746 SNP were detected in the candidate region for fat-crossing QTL. This year, 1,746 SNP were selected for genetic analysis, 96SNP were selected for genetic function, and 96SNP were selected for genetic analysis, 441 SNP from Hyogo Prefecture and 529 SNP from Miyazaki Prefecture for genetic analysis of aggregated fluid circuits, and results were evaluated for fat cross reference values (BMS) of SNP. The results of the genotype determination, the reasons for the weak genotype determination, the difficulties in the genotype determination except for SNP, Hyogo Prefecture 67SNP, Miyazaki 65SNP, and BMS were investigated by dispersion analysis. In Hyogo Prefecture, there were 48 SNP present, 29 SNP present, and 29 SNP present. The lowest p value is ALDH7A1 and splice polytype (SNP93_ALDH7A1)(p=3.46E-5). Miyazaki, intentional level (p = 0.05), 7 SNPs exist, 7 SNPs belong to multiple types. The lowest p value is shown in the missense polytype of ICAM1 gene (SNP37_ICAM1)(p=3.33E-4). Each group is composed of 67SNP (Hyogo) and 65SNP (Miyazaki). Hyogo Prefecture, the territory of the whole transition, compared with the strong LD inspection. A party, Miyazaki SNP37_ICAM1 has a maximum of 15.8-16.1Mbp.