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完全ゲノム配列によるコレラパンデミック変遷の新たな理解

通过完整基因组测序对霍乱大流行进化有了新的认识

基本信息

批准号：
22K07059
负责人：
今村大輔
金额：
$ 2.66万
依托单位：
Hosei University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K07059/
关键词：
コレラ Vibrio cholerae パンデミックゲノム

项目摘要

本課題では、コレラ流行株の完全ゲノム配列を解析することにより、染色体の構造変化、リピート配列の数や並びなど、ドラフトゲノム解析では得られない、コレラ流行株の変化に関する新たな知見を得ることを目的としている。コレラ菌においては、コレラ毒素をコードする遺伝子がある外来遺伝領域が繰り返して配置されていることが多く、この配置が病原性や毒素遺伝子の伝播にも関与しているため、完全ゲノム配列によってゲノム上の繰り返し配列の数や配置までを明らかにすることは、現在、パンデミックを起こしている流行株の変化を理解する上で重要である。今年度は、コレラパンデミックの中心地であるインド・西ベンガル州のコルカタ市を訪問し、現地の研究者らとコレラ患者から分離された流行株の入手などの計画について打ち合わせを行なった。また、既に保有している過去の流行株については、完全ゲノム配列を解析し、特徴の抽出と比較を行なった。新たな流行株の取得については、COVID19の影響で分離や入手が困難となっていたが、来年度の初旬には入手できる予定となった。これらの株が得られ次第、完全ゲノム配列を解析する。これにより、現在継続している第７次コレラパンデミックの中で、近年の流行株のゲノムにはどのような変化が起こっているのかを明らかにすることができる。今後、すでに保有している株の解析結果と比較することにより、コレラ流行株のゲノムには、近年、どの様な変化が起こっているのか、また、それがパンデミックの発生や継続にどの様な影響を及ぼしているのかを明らかにしたい。

This topic is about the analysis of complete chromosome alignment, chromosome structure, chromosome alignment, chromosome structure analysis, and new knowledge about the transformation of chromosome epidemic strains. It is important to understand the evolution of epidemic strains in the field of pathogen and toxin transmission and distribution, and to understand the evolution of epidemic strains in the field of pathogen and toxin transmission and distribution. This year, researchers in the field visited and isolated epidemic strains in the center of the city. In addition, the analysis and comparison of the characteristics of the epidemic strains in the past should be carried out. New epidemic strains are acquired, COVID19 is affected, isolation is difficult, and the beginning of the coming year is scheduled. The analysis of the order and complete arrangement of the plants This is the 7th time that the epidemic strains in recent years have been transformed into the 7th time that the epidemic strains have been transformed into the epidemic strains. In the future, the analysis results of the three strains will be compared. In recent years, the analysis results of the three strains will be changed.