Elucidation of cancer mutagen by novel signature analysis

従来の変異シグナチャーの拡張(A-1)3~7塩基パターンの癌変異中の濃縮を求めるプログラムを作成し，3塩基パターンから従来の変異シグナチャー解析と同等の結果が得られることを確認した．(A-3)胃癌の5塩基パターン解析からNGTAC配列の濃縮を確認し，当初から注目していた4塩基パターンGTAC(PabI制限酵素の認識配列)が重要であることを再確認した．ピロリ菌の持つPabIファミリー制限酵素の胃癌変異源か？予備的な解析から胃癌変異源と考えられたピロリ菌の持つ塩基切り出し型制限酵素(PabI)について，(B-1)E.coli T7 Express lysY/Iq株へMK9544株からファージP1での形質導入によってrpsl-Str(R) Kan(R)-rpslStr(S)を導入し，PabI発現プラスミドを導入したNT122株を作成した．この系ではrpsL遺伝子に起こった変異をストレプトマイシンでカウンターセレクション可能である．この系を用いて変異導入実験を行ったところ，IPTGによる変異導入(PabI発現)によって変異率が2桁弱上昇していることが明らかになった．(B-2)この株を用いて変異導入後にストレプトマイシン処理後にサンプルを回収しrpsL遺伝子領域のアンプリコンシーケンスを行った．(A-2)このシーケンシングデータについて変異解析を行った後，(A-1)で作成したプログラムを用いて4塩基パターン解析を行ったが，PabI発現の有無によるGTACパターンの有意な濃縮は見られなかった．

従来の変異シグナチャーの拡張(A-1)3~7塩基パターンの癌変異中の濃縮を求めるプログラムを作成し，3塩基パターンから従来の変異シグナチャー解析と同等の結果が得られることを確認した．(A-3)胃癌の5塩基パターン解析からNGTAC配列の濃縮を確認し，当初から注目していた4塩基パターンGTAC(PabI制限酵素の認識配列)が重要であることを再確認した．ピロリ菌の持つPabIファミリー制限酵素の胃癌変異源か？予備的な解析から胃癌変異源と考えられたピロリ菌の持つ塩基切り出し型制限酵素(PabI)について，(B-1)E.coli T7 Express lysY/Iq株へMK9544株からファージP1での形質導入によってrpsl-Str(R) Kan(R)-rpslStr(S)を導入し，PabI発現プラスミドを導入したNT122株を作成した．この系ではrpsL遺伝子に起こった変異をストレプトマイシンでカウンターセレクション可能である．この系を用いて変異導入実験を行ったところ，IPTGによる変異導入(PabI発現)によって変異率が2桁弱上昇していることが明らかになった．(B-2)この株を用いて変異導入後にストレプトマイシン処理後にサンプルを回収しrpsL遺伝子領域のアンプリコンシーケンスを行った．(A-2)このシーケンシングデータについて変異解析を行った後，(A-1)で作成したプログラムを用いて4塩基パターン解析を行ったが，PabI発現の有無によるGTACパターンの有意な濃縮は見られなかった．