大腸上皮の分化指標に基づく大腸がん予後予測新規因子の解明

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・正常大腸上皮細胞における細胞型特異的因子の同定を行なった。以下の条件で培養したヒト正常大腸スフェロイドからRNAを抽出した。1) L-WRN培地+DMSO (対照群)、2) L-WRN培地+DAPT、3) L-WRN培地+NECA、4) 分化培地+DMSO、5) 分化培地+DAPT、6) 分化培地+NECA。各群3株のヒト正常大腸上皮スフェロイドを用いて独立に実験を行い、計18サンプルのRNAを用いてRNA-seq解析を行なった。得られたシークエンスデータから遺伝子発現プロファイルを作成し、iDEP2およびTCC-GUIを用いてDifferentially expressed gene (DEG)解析を行った。これにより、各群に特異的に発現する遺伝子を抽出した。・正常上皮の解析によって得られたDEGリストを用いて約120株の患者由来大腸がん幹細胞スフェロイドのクラスタリング解析を行ったところ、正常大腸上皮の分化指標に沿って大腸がんが分類できることがわかった。多くの大腸がん幹細胞スフェロイドの遺伝子プロファイルは条件3)と類似しており、この条件で特異的に発現する遺伝子が大腸がんの悪性化に関わっていることが示唆された。これらの遺伝子についてTCGAデータベースとの照合により患者予後との相関を検索し、機能的にがんの悪性化に関わると予想される有力候補を同定した。・大腸と同様の解析を胃で行うため、胃正常上皮スフェロイドおよび胃がん幹細胞スフェロイドの樹立を行なった。培養法の改良により、樹立成功率は約90%近くに改善した。