シュウ酸輸送体の結晶構造解析

草酸转运蛋白的晶体结构分析

• 批准号: 26440086
• 负责人: 平井 照久
• 金额: $ 2.33万
• 依托单位: Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2014
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2014-04-01 至 2016-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-26440086/
• 关键词: MFS型輸送体; 膜輸送体; X線結晶学; 膜輸送タンパク質

シュウ酸輸送体であるOxlT(Oxalate Transporter)は基質駆動型輸送体の中で最大であるMFS(Major Facilitator Superfamily)ファミリに属し、細胞膜を介してシュウ酸とギ酸の対向輸送を行う。このOxlTの輸送メカニズムを解明するために、既存の結晶の改善を考えたが環境が整わず、既存のデータのみを用いて構造解析を行った。OxlTは他のMFSメンバと同様に６本の膜貫通ヘリックスからなる２つのドメインを有し、ドメインが大きく動いて基質を輸送すると考えられている。OxlTとFABの共結晶を得ているが、結晶中でOxlTは基質を内包する閉じたコンフォメーションをとっていると予想している。データはSPring-8のビームライン(BL26B2およびBL41XU)で収集し、CCP4パッケージを用いて解析した。異方性が高いものの全体的に概ね3.2 A程度での回折強度データを得た。このときの結晶の格子定数はおよそa=115 A;, b=233 A;, c=51 A;, a=b=g=90°で空間群はP22121であった。共結晶中にはOxlTのN末、C末ドメインとFABドメインの3つが含まれ、実際PDBに登録されているこれらのドメイン構造を用いて、分子置換を行った。OxlT部分については、他のMFSメンバの構造からホモロジーモデルを作成した。FAB部分については、初期にはFAB全体を1つのドメインとしたが後には重鎖、軽鎖、さらにそれらの可変領域と定常領域に分けて合わせた。分子置換したモデルを多少修正し、暫定的に精密化プログラムを動かしたところ、3.2 A分解能でR-Factor/Free-Rが0.3/0.4であった。今後はモデルを改善し、論文の形で報告し、輸送メカニズムを議論したい。

In the OxlT (Oxalate Transporter) gene delivery system, the largest MFS (Major Facilitator Superfamily) carrier belongs to the cell membrane and the cell membrane mediates the acid concentration to the carrier line. The OxlT system is used to explain the information of the system, the analysis of the existing system, and the analysis of the existing system. OxlT

项目成果

Structural analysis of human erythrocyte band 3

人红细胞带3的结构分析

• 发表时间: 2014
• 作者: K. Okamoto;H. Kikuchi;H. Fujisaki;T. Furuta;S. Leimkuhler;and T. Nishino.;平井照久
• 通讯作者: 平井照久

Structure of human erythrocyte band 3: two-dimensional crystallographic analysis of the membrane domain

人红细胞带3的结构：膜域的二维晶体学分析

• DOI: 10.11406/rinketsu.56.831
• 发表时间: 2015
• 期刊: Rinsho Ketsueki
• 作者: 平井照久;山口知宏
• 通讯作者: 山口知宏