細菌の耐性化機構を回避するファージ療法の創出

创建绕过细菌耐药机制的噬菌体疗法

• 批准号: 22K19618
• 负责人: 川端 重忠
• 金额: $ 4.08万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-06-30 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K19618/
• 关键词: ファージ療法; 耐性化; 抗CRISPR分子; 耐性化回避

本研究計画では、新たな感染症治療薬候補としての、細菌の耐性化を回避する人工合成ファージの創出を目指す。近年、感染症の新たな治療戦略としてファージ療法が注目されている。通常バクテリオファージはヒトに感染しないため、特異性が高く薬剤耐性菌に対する新たな切り札となりうる。一方で、細菌はCRISPR-Cas機構などにより、ファージ耐性を獲得する。本研究では、ヒトの口腔や咽頭由来のレンサ球菌を宿主細菌として、日本の臨床分離株に分布するファージ配列の探索を行うとともに、細菌のファージ耐性機構を突破する能力を付与した人工合成ファージを作製して、耐性化しにくいファージ療法の探索を行う。本年は、当教室で収集しているレンサ球菌200株について、ドラフトゲノム配列の解読を行った。得られたシーケンスデータについて、fastpによるデータクリーニング、SKESAを用いたde novo assemble、Prokkaによる遺伝子のアノーテションを実施した。また、細菌種の同定はANI解析による95%以上の一致を判定基準とした。バクテリオファージ配列ならびにゲノム配列中のプロファージ配列の解析について、2022年度にかけて複数の手法が新たに報告された。本計画では、広く用いられているファージ配列解析サーバーであるPHASTERに加え、ファージのアノテーションツールpharokkaや、ファージゲノムのアノテーションと解析のためのオンライン統合プラットフォームPhaGAAなどを用いて、本研究目的に対する有用性の評価を行っている。

This study aims to develop a new method for the treatment of infectious diseases and the avoidance of bacterial resistance. In recent years, new treatments for infectious diseases have been introduced. Usually, there is a high level of specificity and resistance to infection. A side, bacteria CRISPR-Cas mechanism to obtain This study is aimed at exploring the distribution of host bacteria, Japanese clinical isolates, and the ability to break through resistance mechanisms of bacteria. This year, 200 strains of bacteria were collected in the classroom, and the distribution of bacteria was carried out. In order to achieve this goal, we need to use the novo assemble, Prokka, fastp, etc. More than 95% of the bacterial species were identified by ANI analysis. In 2022, a number of new methods were reported. This project aims to provide a comprehensive evaluation of the usefulness of PHASTER, PHASTER, PHAST

项目成果

Identification of pneumococcal factors related to clinical symptoms through a genome-wide association study.

通过全基因组关联研究鉴定与临床症状相关的肺炎球菌因素。

• 发表时间: 2022
• 作者: Hirose Y;Yamaguchi M;Takemoto N;Miyoshi-Akiyama T;Sumitomo T;Nakata M;Ikebe T;Hanada T;Yamaguchi T;Kawahara R;Okuno R;Otsuka H;Matsumoto Y;Terashima Y;Kazawa Y;Nakanishi N;Uchida K;Akiyama Y;Iwabuchi K. Nakagawa C;Yamamoto K;Nizet V;K;広瀬 雄二郎， Victor Nizet， Bernhard O. Palsson， 川端 重忠.;太田 悠夢，山下 隼人，東 孝太郎，山口 雅也，川端 重忠，阿部 真之．;大野 誠之，山口 雅也，元岡 大祐，広瀬 雄二郎，東 孝太郎，秋山 徹，住友 倫子，池辺 忠義，奥野 ルミ，川端 重忠.;山口 雅也;広瀬 雄二郎，Victor Nizet，Bernhard O. Palsson，川端 重忠．;大野 誠之， 山口 雅也， 広瀬 雄二郎， 東 孝太郎， 秋山 徹， 住友 倫子， 池辺 忠義， 山口 貴弘， 河原 隆二， 奥野 ルミ， 大塚 仁， 松本 裕子， 賀澤 優， 中西 典子， 中川 力， 川端 重忠.;Ono M， Yamaguchi M， Kawabata S
• 通讯作者: Ono M， Yamaguchi M， Kawabata S

病原レンサ球菌に対するデータ駆動型の病態解明

致病性链球菌的数据驱动发病机制

• 发表时间: 2022
• 作者: Hirose Y;Yamaguchi M;Takemoto N;Miyoshi-Akiyama T;Sumitomo T;Nakata M;Ikebe T;Hanada T;Yamaguchi T;Kawahara R;Okuno R;Otsuka H;Matsumoto Y;Terashima Y;Kazawa Y;Nakanishi N;Uchida K;Akiyama Y;Iwabuchi K. Nakagawa C;Yamamoto K;Nizet V;K;広瀬 雄二郎， Victor Nizet， Bernhard O. Palsson， 川端 重忠.;太田 悠夢，山下 隼人，東 孝太郎，山口 雅也，川端 重忠，阿部 真之．;大野 誠之，山口 雅也，元岡 大祐，広瀬 雄二郎，東 孝太郎，秋山 徹，住友 倫子，池辺 忠義，奥野 ルミ，川端 重忠.;山口 雅也;広瀬 雄二郎，Victor Nizet，Bernhard O. Palsson，川端 重忠．;大野 誠之， 山口 雅也， 広瀬 雄二郎， 東 孝太郎， 秋山 徹， 住友 倫子， 池辺 忠義， 山口 貴弘， 河原 隆二， 奥野 ルミ， 大塚 仁， 松本 裕子， 賀澤 優， 中西 典子， 中川 力， 川端 重忠.;Ono M， Yamaguchi M， Kawabata S;高原 悠樹， 住友 倫子， 河野 正充， 赤松 由佳子， 山口 雅也， 中田 匡宣， 保富 宗城， 川端 重忠.;赤松 由佳子，住友 倫子，高原 悠樹，山口 雅也，中田 匡宣，明石 満，川端 重忠.;山口 雅也，小林 桃子，大野 誠之，川端 重忠．;太田 悠夢，山下 隼人，東 孝太郎，山口 雅也，川端 重忠，阿部 真之.;山口 雅也;赤松 由佳子， 住友倫子， 高原悠樹， 広瀬雄二郎， 山口雅也， 中田匡宣， 秋山茂久， 明石満， 川端重忠.;山口 雅也
• 通讯作者: 山口 雅也

Streptococcus pyogenesのモジュロン情報は溶血活性を変化させる炭素源を明らかにする

化脓性链球菌中的 Modulon 信息揭示了改变溶血活性的碳源

• 发表时间: 2023
• 作者: 広瀬 雄二郎， Victor Nizet， Bernhard O. Palsson， 川端 重忠.

Streptococcus pneumoniae による肺炎において加齢が重症化に果たす機構の解明

阐明衰老导致肺炎链球菌引起的肺炎严重程度的机制

• 发表时间: 2022
• 作者: Hirose Y;Yamaguchi M;Takemoto N;Miyoshi-Akiyama T;Sumitomo T;Nakata M;Ikebe T;Hanada T;Yamaguchi T;Kawahara R;Okuno R;Otsuka H;Matsumoto Y;Terashima Y;Kazawa Y;Nakanishi N;Uchida K;Akiyama Y;Iwabuchi K. Nakagawa C;Yamamoto K;Nizet V;K;広瀬 雄二郎， Victor Nizet， Bernhard O. Palsson， 川端 重忠.;太田 悠夢，山下 隼人，東 孝太郎，山口 雅也，川端 重忠，阿部 真之．;大野 誠之，山口 雅也，元岡 大祐，広瀬 雄二郎，東 孝太郎，秋山 徹，住友 倫子，池辺 忠義，奥野 ルミ，川端 重忠.;山口 雅也;広瀬 雄二郎，Victor Nizet，Bernhard O. Palsson，川端 重忠．;大野 誠之， 山口 雅也， 広瀬 雄二郎， 東 孝太郎， 秋山 徹， 住友 倫子， 池辺 忠義， 山口 貴弘， 河原 隆二， 奥野 ルミ， 大塚 仁， 松本 裕子， 賀澤 優， 中西 典子， 中川 力， 川端 重忠.;Ono M， Yamaguchi M， Kawabata S;高原 悠樹， 住友 倫子， 河野 正充， 赤松 由佳子， 山口 雅也， 中田 匡宣， 保富 宗城， 川端 重忠.;赤松 由佳子，住友 倫子，高原 悠樹，山口 雅也，中田 匡宣，明石 満，川端 重忠.;山口 雅也，小林 桃子，大野 誠之，川端 重忠．
• 通讯作者: 山口 雅也，小林 桃子，大野 誠之，川端 重忠．

ゲノムワイド関連解析を用いたemm89型化膿レンサ球菌による侵襲性感染症の発症因子の探索

利用全基因组关联分析寻找导致 emm89 型化脓性链球菌侵袭性感染的因素

• 发表时间: 2022
• 作者: A.Nemoto;Y.Akashi;K.Nakajima;K.Kokubun;K.Sasaki;T.Inoue;大野 誠之， 山口 雅也， 広瀬 雄二郎， 東 孝太郎， 秋山 徹， 住友 倫子， 池辺 忠義， 山口 貴弘， 河原 隆二， 奥野 ルミ， 大塚 仁， 松本 裕子， 賀澤 優， 中_ 典子， 中川 力， 川端 重忠.
• 通讯作者: 大野 誠之， 山口 雅也， 広瀬 雄二郎， 東 孝太郎， 秋山 徹， 住友 倫子， 池辺 忠義， 山口 貴弘， 河原 隆二， 奥野 ルミ， 大塚 仁， 松本 裕子， 賀澤 優， 中_ 典子， 中川 力， 川端 重忠.