細菌の耐性化機構を回避するファージ療法の創出

创建绕过细菌耐药机制的噬菌体疗法

基本信息

批准号：
22K19618
负责人：
川端重忠
金额：
$ 4.08万
依托单位：
Osaka University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-06-30 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K19618/
关键词：
ファージ療法耐性化抗CRISPR分子耐性化回避

项目摘要

本研究計画では、新たな感染症治療薬候補としての、細菌の耐性化を回避する人工合成ファージの創出を目指す。近年、感染症の新たな治療戦略としてファージ療法が注目されている。通常バクテリオファージはヒトに感染しないため、特異性が高く薬剤耐性菌に対する新たな切り札となりうる。一方で、細菌はCRISPR-Cas機構などにより、ファージ耐性を獲得する。本研究では、ヒトの口腔や咽頭由来のレンサ球菌を宿主細菌として、日本の臨床分離株に分布するファージ配列の探索を行うとともに、細菌のファージ耐性機構を突破する能力を付与した人工合成ファージを作製して、耐性化しにくいファージ療法の探索を行う。本年は、当教室で収集しているレンサ球菌200株について、ドラフトゲノム配列の解読を行った。得られたシーケンスデータについて、fastpによるデータクリーニング、SKESAを用いたde novo assemble、Prokkaによる遺伝子のアノーテションを実施した。また、細菌種の同定はANI解析による95%以上の一致を判定基準とした。バクテリオファージ配列ならびにゲノム配列中のプロファージ配列の解析について、2022年度にかけて複数の手法が新たに報告された。本計画では、広く用いられているファージ配列解析サーバーであるPHASTERに加え、ファージのアノテーションツールpharokkaや、ファージゲノムのアノテーションと解析のためのオンライン統合プラットフォームPhaGAAなどを用いて、本研究目的に対する有用性の評価を行っている。

该研究计划旨在创建人为的合成噬菌体，以避免将细菌抗性作为传染病治疗的新候选者。近年来，噬菌体疗法一直引起人们的关注，作为一种新的传染病治疗策略。噬菌体通常不会感染人类，因此具有很高的特异性，可以成为针对耐药细菌的新王牌。另一方面，细菌通过CRISPR-CAS机制获得了抗噬菌体的抗性。在这项研究中，将使用人口腔和咽部作为宿主细菌衍生而来的链球菌来寻找分布在日本临床分离株中的噬菌体序列，而人工合成的噬菌体可以使它们变得难以抗性，从而使它们具有较难的iS phage phage phage Orgienty和phage的能力。今年，我们破译了在课堂上收集的200链球菌的基因组序列草案。将获得的序列数据通过FASTP，使用SKESA从头组装以及使用Prokka的基因注释进行数据清洁。此外，通过95％或更多匹配的ANI分析来鉴定细菌种类。在2022年报告了几种新方法，用于分析基因组序列中的噬菌体序列和预言序列。除了广泛使用的噬菌体序列分析服务器phaster外，该项目还使用噬菌体注释工具Pharokka和在线集成平台Phagaa评估了其对本研究的有用性，用于注释和分析噬菌体基因组。

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

大阪大学大学院歯学研究科微生物学講座

大阪大学大学院牙科医学研究科微生物学系

DOI：
发表时间：
期刊：
影响因子：
0
作者：
通讯作者：

利用全基因组关联分析寻找导致 emm89 型化脓性链球菌侵袭性感染的因素

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
A.Nemoto;Y.Akashi;K.Nakajima;K.Kokubun;K.Sasaki;T.Inoue;大野誠之，山口雅也，広瀬雄二郎，東孝太郎，秋山徹，住友倫子，池辺忠義，山口貴弘，河原隆二，奥野ルミ，大塚仁，松本裕子，賀澤優，中_ 典子，中川力，川端重忠.
通讯作者：
大野誠之，山口雅也，広瀬雄二郎，東孝太郎，秋山徹，住友倫子，池辺忠義，山口貴弘，河原隆二，奥野ルミ，大塚仁，松本裕子，賀澤優，中_ 典子，中川力，川端重忠.

Identification of pneumococcal factors related to clinical symptoms through a genome-wide association study.

通过全基因组关联研究鉴定与临床症状相关的肺炎球菌因素。

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
Hirose Y;Yamaguchi M;Takemoto N;Miyoshi-Akiyama T;Sumitomo T;Nakata M;Ikebe T;Hanada T;Yamaguchi T;Kawahara R;Okuno R;Otsuka H;Matsumoto Y;Terashima Y;Kazawa Y;Nakanishi N;Uchida K;Akiyama Y;Iwabuchi K. Nakagawa C;Yamamoto K;Nizet V;K;広瀬雄二郎， Victor Nizet， Bernhard O. Palsson，川端重忠.;太田悠夢，山下隼人，東孝太郎，山口雅也，川端重忠，阿部真之．;大野誠之，山口雅也，元岡大祐，広瀬雄二郎，東孝太郎，秋山徹，住友倫子，池辺忠義，奥野ルミ，川端重忠.;山口雅也;広瀬雄二郎，Victor Nizet，Bernhard O. Palsson，川端重忠．;大野誠之，山口雅也，広瀬雄二郎，東孝太郎，秋山徹，住友倫子，池辺忠義，山口貴弘，河原隆二，奥野ルミ，大塚仁，松本裕子，賀澤優，中西典子，中川力，川端重忠.;Ono M， Yamaguchi M， Kawabata S
通讯作者：
Ono M， Yamaguchi M， Kawabata S

病原レンサ球菌に対するデータ駆動型の病態解明

致病性链球菌的数据驱动发病机制

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
Hirose Y;Yamaguchi M;Takemoto N;Miyoshi-Akiyama T;Sumitomo T;Nakata M;Ikebe T;Hanada T;Yamaguchi T;Kawahara R;Okuno R;Otsuka H;Matsumoto Y;Terashima Y;Kazawa Y;Nakanishi N;Uchida K;Akiyama Y;Iwabuchi K. Nakagawa C;Yamamoto K;Nizet V;K;広瀬雄二郎， Victor Nizet， Bernhard O. Palsson，川端重忠.;太田悠夢，山下隼人，東孝太郎，山口雅也，川端重忠，阿部真之．;大野誠之，山口雅也，元岡大祐，広瀬雄二郎，東孝太郎，秋山徹，住友倫子，池辺忠義，奥野ルミ，川端重忠.;山口雅也;広瀬雄二郎，Victor Nizet，Bernhard O. Palsson，川端重忠．;大野誠之，山口雅也，広瀬雄二郎，東孝太郎，秋山徹，住友倫子，池辺忠義，山口貴弘，河原隆二，奥野ルミ，大塚仁，松本裕子，賀澤優，中西典子，中川力，川端重忠.;Ono M， Yamaguchi M， Kawabata S;高原悠樹，住友倫子，河野正充，赤松由佳子，山口雅也，中田匡宣，保富宗城，川端重忠.;赤松由佳子，住友倫子，高原悠樹，山口雅也，中田匡宣，明石満，川端重忠.;山口雅也，小林桃子，大野誠之，川端重忠．;太田悠夢，山下隼人，東孝太郎，山口雅也，川端重忠，阿部真之.;山口雅也;赤松由佳子，住友倫子，高原悠樹，広瀬雄二郎，山口雅也，中田匡宣，秋山茂久，明石満，川端重忠.;山口雅也
通讯作者：
山口雅也

Streptococcus pyogenesのモジュロン情報は溶血活性を変化させる炭素源を明らかにする

化脓性链球菌中的 Modulon 信息揭示了改变溶血活性的碳源