細菌の耐性化機構を回避するファージ療法の創出

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本研究計画では、新たな感染症治療薬候補としての、細菌の耐性化を回避する人工合成ファージの創出を目指す。近年、感染症の新たな治療戦略としてファージ療法が注目されている。通常バクテリオファージはヒトに感染しないため、特異性が高く薬剤耐性菌に対する新たな切り札となりうる。一方で、細菌はCRISPR-Cas機構などにより、ファージ耐性を獲得する。本研究では、ヒトの口腔や咽頭由来のレンサ球菌を宿主細菌として、日本の臨床分離株に分布するファージ配列の探索を行うとともに、細菌のファージ耐性機構を突破する能力を付与した人工合成ファージを作製して、耐性化しにくいファージ療法の探索を行う。本年は、当教室で収集しているレンサ球菌200株について、ドラフトゲノム配列の解読を行った。得られたシーケンスデータについて、fastpによるデータクリーニング、SKESAを用いたde novo assemble、Prokkaによる遺伝子のアノーテションを実施した。また、細菌種の同定はANI解析による95%以上の一致を判定基準とした。バクテリオファージ配列ならびにゲノム配列中のプロファージ配列の解析について、2022年度にかけて複数の手法が新たに報告された。本計画では、広く用いられているファージ配列解析サーバーであるPHASTERに加え、ファージのアノテーションツールpharokkaや、ファージゲノムのアノテーションと解析のためのオンライン統合プラットフォームPhaGAAなどを用いて、本研究目的に対する有用性の評価を行っている。