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HLA結合性ネオ抗原予測を用いたがんの免疫療法への応答性予測の数理的解析

使用 HLA 结合新抗原预测来预测癌症免疫治疗反应的数学分析

基本信息

批准号：
22K12260
负责人：
長谷川嵩矩
金额：
$ 2.58万
依托单位：
Tokyo Medical and Dental University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

2022年度は、既存研究を組み合わせることで、HLA Class 1結合性ネオ抗原の統合解析を行った。これまで多くのHLA Class 1結合性ネオ抗原の予測手法が開発されており、結合親和性・免疫原性に加えて、変異のsub-clonality評価、HLA-ペプチド複合体の安定性評価、ペプチドの切断部位予測など多くの補助的方法も散発的に提案・採用されているが、これらを網羅的かつ統合的に実践するアプリケーションは存在しない。そのため、まずこれら既存研究を評価した上で、複数の手法を合わせてHLA Class 1結合性ネオ抗原の網羅的解析することで、ネオ抗原候補を同定する一連のパイプラインを作成した。次に、TCGA/ICGCデータベースから得られたがん腫瘍検体のWGS/WESデータ、並びにRNAseq.データを構築したパイプラインに適用することで、ネオ抗原の腫瘍ごとの絶対数を計測した。得られた値を、免疫チェックポイント阻害薬などが効果的であるとされている腫瘍とそうではない腫瘍に分けて差を評価したところ、ネオ抗原の絶対数に関して傾向が見られた。このような指標はtumor burdenと言われており、過去の研究においても評価されてきた指標であるが、複数の指標を用いてネオ抗原を予測したことで、より際立った結果が得られたものと考えている。TCGA/ICGCデータベースには薬剤の投与データも存在するため、免疫療法（主に免疫チェックポイント阻害薬）に奏功と得られた指標の関連性に関して評価を実施した。

In fiscal year 2022, existing research groups are combined and HLA Class 1 binding antigens are integrated and analyzed.これまで多くのHLA Class 1 Predictive testing method of binding antigen, binding affinity and immunogenicity test, sub-clonality evaluation, and stability evaluation of HLA-HLA complex価、ペプチドのThe method of predicting the cutting site and subsidy is proposed and adopted by されてThe いるが, the これらを snare and the かつ unified に実practice するアプリケーションは existence しない. HLA Class 1. Analysis of the binding ネオantigen snare and することで, ネオantigen candidate を同定する一连のパイプラインを was made. Second time, TCGA/ICGC データベースから得られたがんswelling body のWGS/WES データ, and びにRN Aseq.データをconstructedしたパイプラインにapplicableすることで、ネオantigenの swellingごとのJu対numberをmeasurementした. It has the effect of られたつを and is immune to チェックポイント, which blocks the effect of 薬などが.ではないswelling に分けて difference を选価したところ, ネオantigen のJu対number に关して tendencies が见られた.このようなINDICATORはtumor burdenと语われており、past researchにおいてもreview価されてきたindexであるが、plural number The indicator is used for the prediction of the antigen and the result of the test. TCGA/ICGC データベースには薬剤のinvestment and データもexistent するため、immunotherapy (main にImmunity (immune disease) is not harmful to the immune system.