Sequencing Core
Sequencing Core
批准号:
10419452
负责人:
Gregory Seumois
金额:
$18.52万
依托单位国家:
美国
项目类别:
财政年份:
2015
资助国家:
美国
项目状态:
未结题
起止时间:
2015-06-15 至 2027-05-31
关键词:
2019-nCoVATAC-seqAntibodiesAreaBiological AssayBiologyBloodCOVID-19 vaccinationCell CountCell SeparationCell Surface ProteinsCell physiologyCellsChromatinCollectionDNADNA Sequencing FacilityDataData AnalysesDengue VirusDiseaseElementsEnhancersEpigenetic ProcessFlow CytometryFundingFutureGene Expression ProfilingGenesGenomeGenomicsGuidelinesHealthHumanHuman ResourcesImmuneImmunologyIndividualInfectionLeadLengthLibrariesMethodologyMethodsMissionMolecular ProfilingMycobacterium tuberculosisPreparationProceduresProtocols documentationPublicationsRNARNA analysisRNA libraryReproducibilityResearch PersonnelResolutionRoleSamplingServicesSiteSmall RNASorting - Cell MovementStainsStandardizationT memory cellT-Cell ReceptorT-LymphocyteT-Lymphocyte SubsetsT-cell receptor repertoireTechnologyTissuesTrainingTransposaseUntranslated RNAVaccinationantibody detectiondata managementdesignepigenomicsgenome-widegenomic platformhigh throughput analysisinsightinterestlung pathogenmicrogenomicsnext generation sequencingnovelpathogenpatient subsetsperipheral bloodprogramspromoterrespiratory pathogensingle cell sequencingsingle-cell RNA sequencingtranscription factortranscription factor USFtranscriptometranscriptome sequencingtranscriptomics
中文摘要
测序核心摘要
LJI重债穷国计划的使命是使用无假设的方法来定义全面的分子
在肺病原体的背景下的T细胞亚群的概况。感兴趣的领域涵盖了极其广泛的范围
“组学”分析包括:(i)分析整体基因表达(批量和单细胞RNA-seq),(ii)分析
(iii)通过批量或单细胞TCR-seq分析T细胞受体高可变序列库的变化,
在T细胞记忆中使用单细胞ATAC-seq的全局表观遗传学特征(全基因组增强子特征)
来自感染和/或接种SARS-CoV-2、结核分枝杆菌(Mtb)和
其他肺部病原体。所有这些“组学”应用都依赖于标准化和经过良好验证的高通量
下一代测序(NGS)方法-该核心提供的关键服务。
测序核心将支持该计划涉及的所有三个项目的所有NGS活动。这将
通过其人员的广泛基因组学专业知识和尖端技术的可用性,
技术和自动化平台,从大规模的
样本数量。实际上,测序核心将直接与所有三个项目接口,并提供一个
标准化和质量控制的管道,包括接收样品、分选细胞、制备RNA/DNA、
为高通量NGS准备库,并将结果数据传输到数据管理部门,
用于后续分析的分析核心。
英文摘要
Sequencing Core Summary
The mission of the HIPC program at LJI is to use hypothesis-free approaches to define comprehensive molecular
profiles of T cell subsets in the context of lung pathogens. The areas of interest cover an extremely wide spectrum
of “omics” analysis including: (i) analysis of global gene expression (bulk and single-cell RNA-seq), (ii) analysis
of T cell receptors high variable sequences repertoire by bulk or single-cell TCR-seq, (iii) analysis of changes in
global epigenetics profiles (genome-wide enhancer profiles) using single-cell ATAC-seq, in T cell memory
subsets from patients infected and/or vaccinated against, SARS-CoV-2, Mycobacterium tuberculosis (Mtb), and
other lung pathogens. All these “omics” applications rely on standardized and well-validated high-throughput
Next-Generation Sequencing (NGS) methods – a key service provided by this Core.
The Sequencing Core will support all NGS activities for all the three projects involved in this program. This will
be facilitated by the extensive genomics expertise of its personnel and the availability of cutting-edge
technologies and automated platforms to generate highly reproducible and robust sequencing data from a large
number of samples. Practically, the Sequencing Core will interface directly with all three Projects and provide a
standardized and quality-controlled pipeline consisting of receiving samples, sorting cells, preparing RNA/DNA,
preparing libraries for high-throughput NGS, and transferring the resulting data to the Data Management and
Analysis Core for subsequent analysis.
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会议论文
A novel CD4+ T cell subset associated with allergy protection
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批准号:10742709
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项目类别:
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资助金额:$27.45万
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财政年份:2023
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负责人:Gregory Seumois
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依托单位:
Role of a Novel Interferon Responsive T Cell Subset in Allergy and Asthma
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批准号:10708060
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项目类别:
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资助金额:$45.75万
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财政年份:2022
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负责人:Gregory Seumois
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依托单位:
Role of a Novel Interferon Responsive T Cell Subset in Allergy and Asthma
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批准号:10588108
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项目类别:
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资助金额:$45.75万
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财政年份:2022
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负责人:Gregory Seumois
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依托单位:
Sequencing and Epigenetics Core
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批准号:10578440
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项目类别:
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资助金额:$45.24万
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财政年份:2019
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负责人:Gregory Seumois
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依托单位:
Sequencing and Epigenetics Core
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批准号:10580760
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项目类别:
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资助金额:$18.7万
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财政年份:2019
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负责人:Gregory Seumois
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依托单位:
Sequencing Core
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批准号:10619607
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项目类别:
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资助金额:$18.94万
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财政年份:2015
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负责人:Gregory Seumois
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依托单位:
Sequencing and Epigenetics Core
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批准号:9889889
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项目类别:
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资助金额:$19.1万
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财政年份:--
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负责人:Gregory Seumois
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依托单位:
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基于ATAC-seq与DNA甲基化测序探究染色质可及性对莲两生态型地下茎适应性分化的作用机制
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批准号:
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项目类别:省市级项目
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资助金额:--
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批准年份:2024
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负责人:
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依托单位:
利用ATAC-seq联合RNA-seq分析TOP2A介导的HCC肿瘤细胞迁移侵
袭的机制研究
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批准号:
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项目类别:省市级项目
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资助金额:--
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批准年份:2024
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负责人:柳静
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依托单位:
面向图神经网络ATAC-seq模体识别的最小间隔单细胞聚类研究
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批准号:62302218
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项目类别:青年科学基金项目
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资助金额:30.00万元
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批准年份:2023
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负责人:张双全
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依托单位:
基于ATAC-seq策略挖掘穿心莲基因组中调控穿心莲内酯合成的增强子
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批准号:--
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项目类别:地区科学基金项目
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资助金额:33万元
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批准年份:2022
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负责人:黄铭坤
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依托单位:
基于单细胞ATAC-seq技术的C4光合调控分子机制研究
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批准号:32100438
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项目类别:青年科学基金项目(C类)
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资助金额:30.0万元
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批准年份:2021
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负责人:涂晓雨
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依托单位:
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批准号:82001520
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项目类别:青年科学基金项目
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资助金额:24.0万元
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批准年份:2020
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负责人:汤小晗
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依托单位:
靶向治疗动态调控肺癌细胞DNA可接近性的ATAC-seq分析
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批准号:81802809
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项目类别:青年科学基金项目
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资助金额:21.0万元
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批准年份:2018
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负责人:蔡梅春
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依托单位:
运用ATAC-seq技术分析染色质可接近性对犏牛初级精母细胞基因表达的调控作用
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批准号:31802046
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项目类别:青年科学基金项目
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资助金额:27.0万元
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批准年份:2018
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负责人:张龚炜
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依托单位:
基于ATAC-seq和RNA-seq研究CWIN调控采后番茄果实耐冷性作用机制
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批准号:31801915
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项目类别:青年科学基金项目
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资助金额:24.0万元
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批准年份:2018
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负责人:茹磊
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依托单位:
基于ATAC-seq高精度预测染色质相互作用的新方法和基于增强现实的3D基因组数据可视化
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批准号:31871331
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项目类别:面上项目
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资助金额:59.0万元
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批准年份:2018
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负责人:张治华
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依托单位: