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OMSys: Towards a systems model of a bacterial outer membrane

OMSys：建立细菌外膜的系统模型

基本信息

批准号：
BB/H000267/1
负责人：
Mark Sansom
金额：
$ 42.3万
依托单位：
University of Oxford
依托单位国家：
英国
项目类别：
Research Grant
财政年份：
2009
资助国家：
英国
起止时间：
2009 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://gtr.ukri.org/projects?ref=BB%2FH000267%2F1
关键词：
OMSys Towards systems model bacterial

项目摘要

Many bacteria have an outer membrane which is the interface between the cell and its environment. The components of this membrane are well studied at an individual level, but there is a need to model and understand the outer membrane as a whole. In this project we aim to develop such a model of a bacterial outer membrane, linking computer simulations of the component molecules through to a more 'systems biology' approach to modelling the outer membrane as a whole. Such an approach to modelling an OM must be multi-scale i.e. it must embrace a number of levels ranging from atomistic level modelling of e.g. the component proteins through to higher level 'agent-based' modelling of the interplay of multiple components within the outer membrane as a whole. The different levels of description will be integrated to enable predictive modelling in order to explore the roles of outer membrane changes in e.g. antibiotic resistance.

许多细菌都有一层外膜，它是细胞与环境之间的界面。这种膜的组成部分在个体水平上得到了很好的研究，但需要将外膜作为一个整体进行建模和理解。在这个项目中，我们的目标是开发这样一个细菌外膜的模型，将组件分子的计算机模拟与一种更“系统生物学”的方法联系起来，将外膜作为一个整体建模。这样一种建模OM的方法必须是多尺度的，即它必须包含多个级别，从例如组分蛋白质的原子级建模到外膜内多个组分作为一个整体的相互作用的更高级别的“基于代理”建模。将整合不同级别的描述，以实现预测建模，从而探索外膜变化在例如抗生素耐药性中的作用。

项目成果

期刊论文数量（10）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

A hydrophobic barrier deep within the inner pore of the TWIK-1 K2P potassium channel.

DOI：
10.1038/ncomms5377
发表时间：
2014-07-08
期刊：
NATURE COMMUNICATIONS
影响因子：
16.6
作者：
Aryal, Prafulla;Abd-Wahab, Firdaus;Bucci, Giovanna;Sansom, Mark S. P.;Tucker, Stephen J.
通讯作者：
Tucker, Stephen J.

Methodologies for the analysis of instantaneous lipid diffusion in MD simulations of large membrane systems.

DOI：
10.1039/c3fd00145h
发表时间：
2014
期刊：
Faraday discussions
影响因子：
3.4
作者：
Chavent M;Reddy T;Goose J;Dahl AC;Stone JE;Jobard B;Sansom MS
通讯作者：
Sansom MS

Functional analysis of missense variants in the TRESK (KCNK18) K channel.

DOI：
10.1038/srep00237
发表时间：
2012
期刊：
Scientific reports
影响因子：
4.6
作者：
Andres-Enguix I;Shang L;Stansfeld PJ;Morahan JM;Sansom MS;Lafrenière RG;Roy B;Griffiths LR;Rouleau GA;Ebers GC;Cader ZM;Tucker SJ
通讯作者：
Tucker SJ

Structure of a KirBac potassium channel with an open bundle crossing indicates a mechanism of channel gating.

DOI：
10.1038/nsmb.2208
发表时间：
2012-01-08
期刊：
NATURE STRUCTURAL & MOLECULAR BIOLOGY
影响因子：
16.8
作者：
Bavro, Vassiliy N.;De Zorzi, Rita;Schmidt, Matthias R.;Muniz, Joao R. C.;Zubcevic, Lejla;Sansom, Mark S. P.;Venien-Bryan, Catherine;Tucker, Stephen J.
通讯作者：
Tucker, Stephen J.

Hydrophobic gating in ion channels.

DOI：
10.1016/j.jmb.2014.07.030
发表时间：
2015-01-16
期刊：
Journal of molecular biology
影响因子：
5.6
作者：
Aryal P;Sansom MS;Tucker SJ
通讯作者：
Tucker SJ

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Mark Sansom其他文献

Simulation Studies of Transport of Hydrophobic Compounds through Outer Membrane Proteins of Gram Negative Bacteria

DOI：
10.1016/j.bpj.2011.11.2358
发表时间：
2012-01-31
期刊：
Conference abstract
影响因子：
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Pragya Chohan;Syma Khalid;Mark Sansom
通讯作者：
Mark Sansom

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DOI：
10.1016/j.bpj.2010.12.2175
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影响因子：
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David C. Dawson;Mark Sansom
通讯作者：
Mark Sansom

Anion Translocation in a Brush-Like Nanopore: Simulations of the Outer Membrnae Protein OprP

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10.1016/j.bpj.2009.12.292
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Mark Sansom

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10.1016/j.bpj.2008.12.2412
发表时间：
2009-02-01
期刊：
Conference abstract
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David C. Dawson

Homology Modeling and Molecular Dynamics Simulation Predict Side-Chain Orientations and Conformational Changes in the Pore of the CFTR Chloride Channel

DOI：
10.1016/j.bpj.2009.12.1751
发表时间：
2010-01-01
期刊：
Conference abstract
影响因子：
作者：
Christopher Alexander;Anthony Ivetac;Yohei Norimatsu;Mark Sansom;David C. Dawson
通讯作者：
David C. Dawson