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MemProtMD: A resource for membrane proteins

MemProtMD：膜蛋白资源

基本信息

批准号：
BB/I019855/1
负责人：
Mark Sansom
金额：
$ 44.29万
依托单位：
University of Oxford
依托单位国家：
英国
项目类别：
Research Grant
财政年份：
2011
资助国家：
英国
起止时间：
2011 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://gtr.ukri.org/projects?ref=BB%2FI019855%2F1
关键词：
MemProtMD resource membrane proteins

项目摘要

Membrane proteins play key roles in cell biology; as ion channels, drug receptors, and transporters of solute. In addition, ~50% of potential new drug targets are membrane proteins. It has been estimated that a quarter of genes code for membrane proteins. However there is a huge deficit in structural information for these proteins, with membrane proteins currently constituting less than 2% of the known 3D structures. Improvements in the experimental methods for capturing the architecture of membrane proteins has recently lead to a conspicuous rise in resolved structures. Nevertheless these structures are predominantly elucidated either with none or only a few membrane lipids or detergent lipid-mimetics bound. Computer simulations allow us to develop models of the interactions of membrane proteins with lipids or detergents. It is timely therefore, on the 25th anniversary of the determination of the first atomic resolution membrane structure, that a mechanism should be implemented to enable the semi-automation of a high throughput simulation pipeline to provide a clear description of the interactions of a membrane protein structure within its native membrane environment.

膜蛋白在细胞生物学中起着关键作用，如离子通道、药物受体和溶质转运蛋白。此外，约50%的潜在新药靶标是膜蛋白。据估计，四分之一的基因编码膜蛋白。然而，这些蛋白质的结构信息存在巨大缺陷，目前膜蛋白占已知3D结构的不到2%。近年来，由于膜蛋白结构实验方法的改进，膜蛋白结构的解析率显著提高。然而，这些结构主要是阐明没有或只有少数膜脂或去污剂脂质模拟物结合。计算机模拟使我们能够开发膜蛋白与脂质或去污剂相互作用的模型。因此，在确定第一个原子分辨率膜结构的25周年之际，应该实施一种机制来实现高通量模拟管道的半自动化，以提供膜蛋白结构在其天然膜环境内的相互作用的清晰描述。

项目成果

期刊论文数量（10）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

A hydrophobic barrier deep within the inner pore of the TWIK-1 K2P potassium channel.

DOI：
10.1038/ncomms5377
发表时间：
2014-07-08
期刊：
NATURE COMMUNICATIONS
影响因子：
16.6
作者：
Aryal, Prafulla;Abd-Wahab, Firdaus;Bucci, Giovanna;Sansom, Mark S. P.;Tucker, Stephen J.
通讯作者：
Tucker, Stephen J.

Methodologies for the analysis of instantaneous lipid diffusion in MD simulations of large membrane systems.

DOI：
10.1039/c3fd00145h
发表时间：
2014
期刊：
Faraday discussions
影响因子：
3.4
作者：
Chavent M;Reddy T;Goose J;Dahl AC;Stone JE;Jobard B;Sansom MS
通讯作者：
Sansom MS

Functional analysis of missense variants in the TRESK (KCNK18) K channel.

DOI：
10.1038/srep00237
发表时间：
2012
期刊：
Scientific reports
影响因子：
4.6
作者：
Andres-Enguix I;Shang L;Stansfeld PJ;Morahan JM;Sansom MS;Lafrenière RG;Roy B;Griffiths LR;Rouleau GA;Ebers GC;Cader ZM;Tucker SJ
通讯作者：
Tucker SJ

Structure of a KirBac potassium channel with an open bundle crossing indicates a mechanism of channel gating.

DOI：
10.1038/nsmb.2208
发表时间：
2012-01-08
期刊：
NATURE STRUCTURAL & MOLECULAR BIOLOGY
影响因子：
16.8
作者：
Bavro, Vassiliy N.;De Zorzi, Rita;Schmidt, Matthias R.;Muniz, Joao R. C.;Zubcevic, Lejla;Sansom, Mark S. P.;Venien-Bryan, Catherine;Tucker, Stephen J.
通讯作者：
Tucker, Stephen J.

Hydrophobic gating in ion channels.

DOI：
10.1016/j.jmb.2014.07.030
发表时间：
2015-01-16
期刊：
Journal of molecular biology
影响因子：
5.6
作者：
Aryal P;Sansom MS;Tucker SJ
通讯作者：
Tucker SJ

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Mark Sansom其他文献

Simulation Studies of Transport of Hydrophobic Compounds through Outer Membrane Proteins of Gram Negative Bacteria

DOI：
10.1016/j.bpj.2011.11.2358
发表时间：
2012-01-31
期刊：
Conference abstract
影响因子：
作者：
Pragya Chohan;Syma Khalid;Mark Sansom
通讯作者：
Mark Sansom

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DOI：
10.1016/j.bpj.2010.12.2175
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作者：
David C. Dawson;Mark Sansom
通讯作者：
Mark Sansom

Anion Translocation in a Brush-Like Nanopore: Simulations of the Outer Membrnae Protein OprP

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Mark Sansom

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2009-02-01
期刊：
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DOI：
10.1016/j.bpj.2009.12.1751
发表时间：
2010-01-01
期刊：
Conference abstract
影响因子：
作者：
Christopher Alexander;Anthony Ivetac;Yohei Norimatsu;Mark Sansom;David C. Dawson
通讯作者：
David C. Dawson