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Understanding supercoiling-dependent DNA recognition: a combined experimental and computational approach

了解超螺旋依赖性 DNA 识别：实验和计算相结合的方法

基本信息

批准号：
BB/I019294/1
负责人：
Anthony Maxwell
金额：
$ 55.73万
依托单位：
John Innes Centre
依托单位国家：
英国
项目类别：
Research Grant
财政年份：
2012
资助国家：
英国
起止时间：
2012 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://gtr.ukri.org/projects?ref=BB%2FI019294%2F1
关键词：
Understanding supercoiling dependent DNA recognition

项目摘要

It is well known that DNA is the molecule of heredity and that the sequence of bases in DNA encodes the genetic information that defines an organism. DNA itself is generally organised in highly compacted structures, in particular supercoils in which the helical axis of DNA is coiled about itself. Supercoiling has a dramatic effect on the expression of genes and has been shown to act as a global regulator of gene expression. Our understanding of how supercoiling influences the behaviour of DNA is far from complete, particularly at the molecular level. Therefore we have developed a model system involving small DNA circles that we can analyse both by experimental methods and computer modelling. By combining these experimental and theoretical approaches we aim to understand how DNA recognition is affected by supercoiling, and how we can use supercoiling to influence biological processes.

众所周知，DNA是遗传的分子，DNA中的碱基序列编码了定义生物体的遗传信息。DNA本身通常以高度紧凑的结构组织，特别是超螺旋，其中DNA的螺旋轴围绕自身盘绕。超螺旋对基因的表达具有显著的影响，并且已被证明是基因表达的全局调节器。我们对超螺旋如何影响DNA行为的理解还远未完成，特别是在分子水平上。因此，我们开发了一个模型系统，涉及小的DNA环，我们可以通过实验方法和计算机建模进行分析。通过结合这些实验和理论方法，我们的目标是了解DNA识别如何受到超螺旋的影响，以及我们如何使用超螺旋来影响生物过程。

项目成果

期刊论文数量（7）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Base-pair resolution analysis of the effect of supercoiling on DNA flexibility and major groove recognition by triplex-forming oligonucleotides.

DOI：
10.1038/s41467-021-21243-y
发表时间：
2021-02-16
期刊：
Nature communications
影响因子：
16.6
作者：
Pyne ALB;Noy A;Main KHS;Velasco-Berrelleza V;Piperakis MM;Mitchenall LA;Cugliandolo FM;Beton JG;Stevenson CEM;Hoogenboom BW;Bates AD;Maxwell A;Harris SA
通讯作者：
Harris SA

Interference between Triplex and Protein Binding to Distal Sites on Supercoiled DNA.

DOI：
10.1016/j.bpj.2016.12.034
发表时间：
2017-02
期刊：
Biophysical journal
影响因子：
3.4
作者：
A. Noy;A. Maxwell;S. Harris
通讯作者：
A. Noy;A. Maxwell;S. Harris

Parmbsc1: a refined force field for DNA simulations.

DOI：
10.1038/nmeth.3658
发表时间：
2016-01
期刊：
Nature methods
影响因子：
48
作者：
Ivani I;Dans PD;Noy A;Pérez A;Faustino I;Hospital A;Walther J;Andrio P;Goñi R;Balaceanu A;Portella G;Battistini F;Gelpí JL;González C;Vendruscolo M;Laughton CA;Harris SA;Case DA;Orozco M
通讯作者：
Orozco M

Comparison of molecular contours for measuring writhe in atomistic supercoiled DNA.

DOI：
10.1021/acs.jctc.5b00035
发表时间：
2015-06
期刊：
Journal of chemical theory and computation
影响因子：
5.5
作者：
T. Sutthibutpong;S. Harris;A. Noy
通讯作者：
T. Sutthibutpong;S. Harris;A. Noy

Base-pair resolution analysis of the effect of supercoiling on DNA flexibility and major groove recognition by triplex-forming oligonucleotides

碱基对分辨率分析超螺旋对 DNA 柔性和三链体形成寡核苷酸识别主沟的影响

DOI：
10.1101/863423
发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
0
作者：
Pyne A
通讯作者：
Pyne A

DOI：
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Anthony Maxwell其他文献

Exploring the interaction of N-(benzothiazol-2-yl)pyrrolamide DNA gyrase inhibitors with the GyrB ATP-binding site lipophilic floor: A medicinal chemistry and QTAIM study.

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发表时间：
2024
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3.5
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Nace Zidar;Andrej Emanuel Cotman;Wessel Sinnige;Ondřej Benek;Michaela Barančoková;A. Zega;Lucija Peterlin Mašič;T. Tomašič;J. Ilaš;S. Henderson;J. Mundy;Anthony Maxwell;Clare E. M. Stevenson;David M. Lawson;Geert Jan Sterk;Rodrigo D. Tosso;Lucas Gutierrez;R. Enriz;D. Kikelj
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10.1016/j.ejso.2016.02.050
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2016-05-01
期刊：
Conference abstract
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Alastair Thompson

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DOI：
10.1016/j.ejso.2013.01.091
发表时间：
2013-05-01
期刊：
Conference abstract
影响因子：
作者：
Jorien Bonnema;Rishi Parmeshwar;Ashok Chouhan;Lawrence Ness;Melanie Schofield;Sangheeta Kolpattil;Anthony Maxwell
通讯作者：
Anthony Maxwell