KINKED DNA & CRYSTALLOGRAPHY: SIMULATED ANNEALING OF ECORI ENDONUCLEASE

扭结的DNA

• 批准号: 6282456
• 负责人: JOHN M ROSENBERG
• 金额: $ 1.17万
• 依托单位: MELLON PITTS CORPORATION (MPC CORP)
• 依托单位国家: 美国
• 财政年份: 1998
• 资助国家: 美国
• 起止时间: 1998-08-01 至 1999-07-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://reporter.nih.gov/project-details/6282456
• 关键词: biological products; biomedical resource; genetics

We propose a series of simulations that will take advantage of recently determined structures for Eco RI and Eco RV endonucleases as well as our recently completed preliminary simulation of the DNA-Eco RI complex. Our preliminary simulation of the cognate DNA-Eco RI endonuclease complex employed a 6 A shell of explicit water for a total of approximately 15,000 atoms. We used AMBER 4.0 to simulate the complex for 170 pS and are currently analyzing the trajectory. The Specific Aims are: 1. Extend the preliminary simulation of the native complex from its current curation of 170 pS to a final duration of 500 pS. 2. Simulate the apo-protein(in the absence of DNA) for 250 pS using a similar protocol. 3. Simulate the cognate DNA-Eco RV complex(4RVE) for 250 pS.

我们提出了一系列的模拟，将利用 最近确定了 Eco RI 和 Eco RV 核酸内切酶的结构： 以及我们最近完成的 DNA-Eco 初步模拟 RI 复合物。 我们对同源 DNA-Eco RI 的初步模拟 核酸内切酶复合物采用 6 A 的明确水壳 总共约 15,000 个原子。 我们使用AMBER 4.0来模拟 该复合物的速度为 170 pS，目前正在分析其轨迹。 具体目标是： 1. 扩展初步模拟 原生复合体从当前 170 pS 的管理到最终持续时间 500 pS。 2. 模拟脱辅基蛋白（在没有DNA的情况下） 250 pS 使用类似的协议。 3. 模拟同源D​​NA-Eco RV 复合物 (4RVE) 250 pS。