FLANKING BASE SEQUENCE ON MUTAGENICITY OF 8 OXOGUANINE

8 氧鸟嘌呤致突变性的侧翼碱基序列

基本信息

项目摘要

DESCRIPTION The goal of this project is to determine how DNA repair and replication pathways respond to the presence of the DNA adduct 8-oxoguanine (8- oxoG) in a systematically varied sequence context. The mutation frequency of damaged guanine in hotspots is likely to be governed by their flanking context.. To address this possibility, a series of sixteen oligonucleotides containing 8-oxoG flanked by all possible 5'-and 3'- based variations will be synthesized. The oligonucleotides will be placed into viral vectors for in vivo determination of mutational frequency after transfection into E. coli. Cells lacking expression of the two known 8- oxoG base excision repair enzymes, MutM and MutY, will address the impact of sequence effects on polymerase misincorporation; while cells expressing either one or both glycolyases will determine which repair system is most affected by sequence context, as determined by their relative mutation frequencies. The oligonucleotides will also be hybridized to their complements to form short duplexes for in vitro studies. The duplexes will be analyzed by thermal UV spectroscopy to determine the free energy, enthalpy and temperature of melting compared to non-lesion containing controls. The 8-oxoG containing duplexes will also be radiolabeled and digested with MutM or MutY at various concentrations to determine the rate of repair and the dissociation constant of the enzyme-substrate complex. These physiochemical data will be correlated to the mutation frequency found for each sequence context in an effort to model selective mutation or repair of oxidative DNA lesions (hot- and coldspots-respectively).
本项目的目标是确定DNA修复和复制途径如何响应DNA加合物8-oxoguanine(8-oxoG)在系统变化的序列环境中的存在。热点中受损鸟嘌呤的突变频率可能受其侧翼环境的支配。为了解决这种可能性,将合成一系列包含8-oxoG的16个寡核苷酸,两侧有所有可能的5‘和3’基变体。这些寡核苷酸将被放入病毒载体中,用于体内突变频率的测定。缺乏已知的两种8-oxoG碱基切除修复酶MutM和MutY表达的细胞将解决序列效应对聚合酶误掺入的影响;而表达一种或两种糖酵解酶的细胞将根据它们的相对突变频率确定哪个修复系统受序列背景的影响最大。这些寡核苷酸还将与它们的补体杂交,形成短双链,用于体外研究。双链体将通过热紫外光谱进行分析,以确定与非损伤对照相比的自由能、熔化热焓和熔化温度。含有8-oxoG的双链也将被不同浓度的MutM或MutY标记和消化,以确定酶-底物复合体的修复速度和解离常数。这些物理化学数据将与每个序列背景下发现的突变频率相关联,以努力对氧化DNA损伤(分别是热点和冷点)的选择性突变或修复进行建模。

项目成果

期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ patent.updateTime }}

Paul Thomas Henderson其他文献

Paul Thomas Henderson的其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

{{ truncateString('Paul Thomas Henderson', 18)}}的其他基金

Ninja Theranostics for overcoming the drug delivery barriers to pediatric brain tumor
Ninja Theranostics 克服儿童脑肿瘤的药物输送障碍
  • 批准号:
    9681305
  • 财政年份:
    2018
  • 资助金额:
    $ 4.02万
  • 项目类别:
Phase 0 carboplatin microdosing diagnostics trial
0 期卡铂微剂量诊断试验
  • 批准号:
    8179262
  • 财政年份:
    2010
  • 资助金额:
    $ 4.02万
  • 项目类别:
DEVELOP ASSAY TO QUANT PLAT-DNA ADDUCTS & PREDICT RESPONSE TO CHEMOTHERA
开发定量平台 DNA 加合物的检测方法
  • 批准号:
    8171688
  • 财政年份:
    2010
  • 资助金额:
    $ 4.02万
  • 项目类别:
OXIDIZED DNA BASES AS BIOMARKERS OF TUMOR PROGRESSION
氧化 DNA 碱基作为肿瘤进展的生物标志物
  • 批准号:
    7977079
  • 财政年份:
    2009
  • 资助金额:
    $ 4.02万
  • 项目类别:
PROJECT 3 : QUANTITATIVE BIOMARKERS OF DNA AND PROTEIN OXIDATION
项目 3:DNA 和蛋白质氧化的定量生物标志物
  • 批准号:
    7977068
  • 财政年份:
    2009
  • 资助金额:
    $ 4.02万
  • 项目类别:
PROJECT 3 : QUANTITATIVE BIOMARKERS OF DNA AND PROTEIN OXIDATION
项目 3:DNA 和蛋白质氧化的定量生物标志物
  • 批准号:
    7724078
  • 财政年份:
    2008
  • 资助金额:
    $ 4.02万
  • 项目类别:
OXIDIZED DNA BASES AS BIOMARKERS OF TUMOR PROGRESSION
氧化 DNA 碱基作为肿瘤进展的生物标志物
  • 批准号:
    7724089
  • 财政年份:
    2008
  • 资助金额:
    $ 4.02万
  • 项目类别:
PROJECT 3 : QUANTITATIVE BIOMARKERS OF DNA AND PROTEIN OXIDATION
项目 3:DNA 和蛋白质氧化的定量生物标志物
  • 批准号:
    7602401
  • 财政年份:
    2007
  • 资助金额:
    $ 4.02万
  • 项目类别:
OXIDIZED DNA BASES AS BIOMARKERS OF TUMOR PROGRESSION
氧化 DNA 碱基作为肿瘤进展的生物标志物
  • 批准号:
    7602416
  • 财政年份:
    2007
  • 资助金额:
    $ 4.02万
  • 项目类别:
PROJECT 3 : QUANTITATIVE BIOMARKERS OF DNA AND PROTEIN OXIDATION
项目 3:DNA 和蛋白质氧化的定量生物标志物
  • 批准号:
    7358991
  • 财政年份:
    2006
  • 资助金额:
    $ 4.02万
  • 项目类别:

相似海外基金

Determining the role of the prolyl cis-trans isomerase Cyclophilin A in DNA Repair at stalled DNA replication forks.
确定脯氨酰顺反异构酶亲环蛋白 A 在停滞 DNA 复制叉处的 DNA 修复中的作用。
  • 批准号:
    MR/T012978/1
  • 财政年份:
    2020
  • 资助金额:
    $ 4.02万
  • 项目类别:
    Research Grant
Functional synergy between the DNA topology and DNA repair machineries during the initiation of DNA replication
DNA复制启动过程中DNA拓扑结构和DNA修复机制之间的功能协同作用
  • 批准号:
    312500-2011
  • 财政年份:
    2015
  • 资助金额:
    $ 4.02万
  • 项目类别:
    Discovery Grants Program - Individual
Functional synergy between the DNA topology and DNA repair machineries during the initiation of DNA replication
DNA复制启动过程中DNA拓扑结构和DNA修复机制之间的功能协同作用
  • 批准号:
    312500-2011
  • 财政年份:
    2014
  • 资助金额:
    $ 4.02万
  • 项目类别:
    Discovery Grants Program - Individual
Functional synergy between the DNA topology and DNA repair machineries during the initiation of DNA replication
DNA复制启动过程中DNA拓扑结构和DNA修复机制之间的功能协同作用
  • 批准号:
    312500-2011
  • 财政年份:
    2013
  • 资助金额:
    $ 4.02万
  • 项目类别:
    Discovery Grants Program - Individual
Global regulation of DNA replication, transcription and DNA repair by Rif1 protein
Rif1 蛋白对 DNA 复制、转录和 DNA 修复的全局调控
  • 批准号:
    25840081
  • 财政年份:
    2013
  • 资助金额:
    $ 4.02万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
Functional synergy between the DNA topology and DNA repair machineries during the initiation of DNA replication
DNA复制启动过程中DNA拓扑结构和DNA修复机制之间的功能协同作用
  • 批准号:
    312500-2011
  • 财政年份:
    2012
  • 资助金额:
    $ 4.02万
  • 项目类别:
    Discovery Grants Program - Individual
Functional synergy between the DNA topology and DNA repair machineries during the initiation of DNA replication
DNA复制启动过程中DNA拓扑结构和DNA修复机制之间的功能协同作用
  • 批准号:
    312500-2011
  • 财政年份:
    2011
  • 资助金额:
    $ 4.02万
  • 项目类别:
    Discovery Grants Program - Individual
An investigation of DNA repair processes during DNA replication using the archaeon, Sulfolobus, as a model organism.
使用古细菌 Sulfolobus 作为模式生物,研究 DNA 复制过程中的 DNA 修复过程。
  • 批准号:
    G0701443/1
  • 财政年份:
    2009
  • 资助金额:
    $ 4.02万
  • 项目类别:
    Fellowship
DNA replication, DNA repair and microsatellite stability
DNA 复制、DNA 修复和微卫星稳定性
  • 批准号:
    6993555
  • 财政年份:
    2005
  • 资助金额:
    $ 4.02万
  • 项目类别:
DNA replication, DNA repair and microsatellite stability
DNA 复制、DNA 修复和微卫星稳定性
  • 批准号:
    7535534
  • 财政年份:
    2005
  • 资助金额:
    $ 4.02万
  • 项目类别:
{{ showInfoDetail.title }}

作者:{{ showInfoDetail.author }}

知道了