MicroRNA Biogenesis and the Cancer Proteome

MicroRNA 生物发生和癌症蛋白质组

基本信息

  • 批准号:
    7431456
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 262.5万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
  • 财政年份:
    2007
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
    2007-09-30 至 2012-08-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

Recent studies in human cancers have revealed defects in microRNA biogenesis that promote tumor aggressiveness and decrease survival via mechanisms that are poorly understood. Much of the control of protein expression by microRNAs occurs without alterations in mRNA expression, and single microRNAs may target dozens of mRNAs in a tissue specific manner. Thus, this broad-based decrease in microRNA synthesis presents a challenge to those trying to understand its downstream molecular effects on carcinogenesis. Here we propose a new strategy that will comprehensively identify the mechanisms by which defects in microRNA biogenesis decrease cancer survivorship. This approach involves the integration of genome-scale high throughput quantitative mass spectrometry analysis of the cancer proteome with genome-wide microRNA, mRNA and DNA analyses of human brain tumors (glioblastomas) that have intact or defective microRNA biogenesis. Novel algorithms that incorporate clinical variables will be used to generate an integrated genome- scale view of identified differences, and clinically-related targets will be investigated further using in vivo and in vitro models. Preliminary studies in our laboratory using aCGH and mRNA microarrays revealed deletion at the DICER1 locus and decreased DICER1 mRNA expression in a subset of glioblastomas, and this correlated with decreased microRNA expression and survival. Genome- wide analysis identified numerous microRNAs that were differentially expressed between glioblastomas with low versus high DICER1 expression. Cdk6, which promotes cell cycle progression, was a predicted target of several of these microRNAs. DICER1 knockdown in glioblastoma cells increased cell growth and upregulated Cdk6 protein expression. Importantly, Cdk6 protein was overexpressed in glioblastomas with low DICER1 expression, suggesting that Cdk6 upregulation may be one mechanism by which defective microRNA biogenesis contributes to increased tumor aggressiveness. This innovative and ambitious project will integrate mass spectrometry proteomics, genomics and clinical variables to comprehensively identify the mechanisms underlying the decreased cancer survivorship associated with dysregulated microRNA biogenesis.
最近对人类癌症的研究揭示了microRNA生物合成的缺陷, 肿瘤的侵袭性和减少生存通过机制知之甚少。大部分 microRNA对蛋白质表达的控制在mRNA表达没有改变的情况下发生, 单个微小RNA可以以组织特异性方式靶向数十种mRNA。因此,这一基础广泛的 微小RNA合成的减少对那些试图了解其下游的人提出了挑战 对致癌作用的分子效应。在这里,我们提出了一个新的战略, 确定microRNA生物合成缺陷降低癌症存活率的机制。 这种方法涉及整合基因组规模的高通量定量质量 用全基因组microRNA、mRNA和DNA进行癌症蛋白质组的光谱分析 分析具有完整或缺陷microRNA生物发生的人脑肿瘤(胶质母细胞瘤)。 新的算法,包括临床变量将被用来产生一个整合的基因组- 确定的差异和临床相关目标的比例视图将进一步研究, 体内和体外模型。本实验室使用aCGH和mRNA微阵列的初步研究 DICER 1基因座缺失,DICER 1 mRNA表达降低, 胶质母细胞瘤,这与microRNA表达和生存率降低相关。基因组- 广泛的分析确定了许多微RNA的差异表达, 胶质母细胞瘤,DICER 1表达低与高。cdk 6,促进细胞周期 进展,是几个这些microRNA的预测目标。DICER 1敲除, 胶质母细胞瘤细胞增加细胞生长并上调Cdk 6蛋白表达。重要的是, Cdk 6蛋白在胶质母细胞瘤中过表达,而DICER 1表达较低,这表明 Cdk 6上调可能是缺陷性microRNA生物合成促进细胞凋亡的机制之一。 增加肿瘤侵袭性。这一创新和雄心勃勃的项目将整合质量 光谱蛋白质组学,基因组学和临床变量,以全面确定 与失调的microRNA相关的癌症生存率降低的潜在机制 生物起源

项目成果

期刊论文数量(6)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Alternative splicing of CHEK2 and codeletion with NF2 promote chromosomal instability in meningioma.
CHEK2 的选择性剪接以及与 NF2 的共缺失会促进脑膜瘤中的染色体不稳定。
  • DOI:
    10.1593/neo.111574
  • 发表时间:
    2012
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Yang,HongWei;Kim,Tae-Min;Song,SydneyS;Shrinath,Nihal;Park,Richard;Kalamarides,Michel;Park,PeterJ;Black,PeterM;Carroll,RonaS;Johnson,MarkD
  • 通讯作者:
    Johnson,MarkD
Functional genomic analysis of chromosomal aberrations in a compendium of 8000 cancer genomes.
  • DOI:
    10.1101/gr.140301.112
  • 发表时间:
    2013-02
  • 期刊:
  • 影响因子:
    7
  • 作者:
    Kim TM;Xi R;Luquette LJ;Park RW;Johnson MD;Park PJ
  • 通讯作者:
    Park PJ
A small subunit processome protein promotes cancer by altering translation.
一种小亚基加工蛋白通过改变翻译来促进癌症。
  • DOI:
    10.1038/onc.2014.376
  • 发表时间:
    2015
  • 期刊:
  • 影响因子:
    8
  • 作者:
    Yang,HW;Kim,T-M;Song,SS;Menon,L;Jiang,X;Huang,W;Black,PM;Park,PJ;Carroll,RS;Johnson,MD
  • 通讯作者:
    Johnson,MD
Numb regulates glioma stem cell fate and growth by altering epidermal growth factor receptor and Skp1-Cullin-F-box ubiquitin ligase activity.
  • DOI:
    10.1002/stem.1120
  • 发表时间:
    2012-07
  • 期刊:
  • 影响因子:
    5.2
  • 作者:
    Jiang, Xiuli;Xing, Hongyan;Kim, Tae-Min;Jung, Yuchae;Huang, Wei;Yang, Hong Wei;Song, Shengye;Park, Peter J.;Carroll, Rona S.;Johnson, Mark D.
  • 通讯作者:
    Johnson, Mark D.
{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ patent.updateTime }}

MARK D JOHNSON其他文献

MARK D JOHNSON的其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

{{ truncateString('MARK D JOHNSON', 18)}}的其他基金

Genetics of Adult Idiopathic Hydrocephalus
成人特发性脑积水的遗传学
  • 批准号:
    10354856
  • 财政年份:
    2021
  • 资助金额:
    $ 262.5万
  • 项目类别:
Genetics of Adult Idiopathic Hydrocephalus
成人特发性脑积水的遗传学
  • 批准号:
    10009476
  • 财政年份:
    2018
  • 资助金额:
    $ 262.5万
  • 项目类别:
Genetics of Adult Idiopathic Hydrocephalus
成人特发性脑积水的遗传学
  • 批准号:
    10251956
  • 财政年份:
    2018
  • 资助金额:
    $ 262.5万
  • 项目类别:
Preventing Glioma Cancer Stem Cell Dispersal Using Cdc2 Kinase Inhibitors
使用 Cdc2 激酶抑制剂预防神经胶质瘤干细胞扩散
  • 批准号:
    8018590
  • 财政年份:
    2010
  • 资助金额:
    $ 262.5万
  • 项目类别:
Preventing Glioma Cancer Stem Cell Dispersal Using Cdc2 Kinase Inhibitors
使用 Cdc2 激酶抑制剂预防神经胶质瘤干细胞扩散
  • 批准号:
    8605935
  • 财政年份:
    2010
  • 资助金额:
    $ 262.5万
  • 项目类别:
Preventing Glioma Cancer Stem Cell Dispersal Using Cdc2 Kinase Inhibitors
使用 Cdc2 激酶抑制剂预防神经胶质瘤干细胞扩散
  • 批准号:
    8213710
  • 财政年份:
    2010
  • 资助金额:
    $ 262.5万
  • 项目类别:
Preventing Glioma Cancer Stem Cell Dispersal Using Cdc2 Kinase Inhibitors
使用 Cdc2 激酶抑制剂预防神经胶质瘤干细胞扩散
  • 批准号:
    8415876
  • 财政年份:
    2010
  • 资助金额:
    $ 262.5万
  • 项目类别:
Preventing Glioma Cancer Stem Cell Dispersal Using Cdc2 Kinase Inhibitors
使用 Cdc2 激酶抑制剂预防神经胶质瘤干细胞扩散
  • 批准号:
    7792679
  • 财政年份:
    2010
  • 资助金额:
    $ 262.5万
  • 项目类别:
Genomics/Proteomics of p53-mediated Neuronal Death
p53 介导的神经元死亡的基因组学/蛋白质组学
  • 批准号:
    7173349
  • 财政年份:
    2003
  • 资助金额:
    $ 262.5万
  • 项目类别:
Genomics/Proteomics of p53-mediated Neuronal Death
p53 介导的神经元死亡的基因组学/蛋白质组学
  • 批准号:
    6466242
  • 财政年份:
    2003
  • 资助金额:
    $ 262.5万
  • 项目类别:

相似国自然基金

具有抗癌活性的天然产物金霉酸(Aureolic acids)全合成与选择性构建2-脱氧糖苷键
  • 批准号:
    22007039
  • 批准年份:
    2020
  • 资助金额:
    24.0 万元
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
海洋放线菌来源聚酮类化合物Pteridic acids生物合成机制研究
  • 批准号:
  • 批准年份:
    2019
  • 资助金额:
    10.0 万元
  • 项目类别:
    省市级项目
手性Lewis Acids催化的分子内串联1,5-氢迁移/环合反应及其在构建结构多样性手性含氮杂环化合物中的应用
  • 批准号:
    21372217
  • 批准年份:
    2013
  • 资助金额:
    80.0 万元
  • 项目类别:
    面上项目
对空气稳定的新型的有机金属Lewis Acids催化剂制备、表征与应用研究
  • 批准号:
    21172061
  • 批准年份:
    2011
  • 资助金额:
    30.0 万元
  • 项目类别:
    面上项目
钛及含钛Lewis acids促臭氧/过氧化氢体系氧化性能的广普性、高效性及其机制
  • 批准号:
    21176225
  • 批准年份:
    2011
  • 资助金额:
    60.0 万元
  • 项目类别:
    面上项目
基于Zip Nucleic Acids引物对高度降解和低拷贝DNA检材的STR分型研究
  • 批准号:
    81072511
  • 批准年份:
    2010
  • 资助金额:
    31.0 万元
  • 项目类别:
    面上项目
海洋天然产物Makaluvic acids 的全合成及其对南海鱼虱存活的影响
  • 批准号:
    30660215
  • 批准年份:
    2006
  • 资助金额:
    21.0 万元
  • 项目类别:
    地区科学基金项目

相似海外基金

Lipid nanoparticle-mediated Inhalation delivery of anti-viral nucleic acids
脂质纳米颗粒介导的抗病毒核酸的吸入递送
  • 批准号:
    502577
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 262.5万
  • 项目类别:
CAREER: Highly Rapid and Sensitive Nanomechanoelectrical Detection of Nucleic Acids
职业:高度快速、灵敏的核酸纳米机电检测
  • 批准号:
    2338857
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 262.5万
  • 项目类别:
    Continuing Grant
Double Incorporation of Non-Canonical Amino Acids in an Animal and its Application for Precise and Independent Optical Control of Two Target Genes
动物体内非规范氨基酸的双重掺入及其在两个靶基因精确独立光学控制中的应用
  • 批准号:
    BB/Y006380/1
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 262.5万
  • 项目类别:
    Research Grant
Quantifying L-amino acids in Ryugu to constrain the source of L-amino acids in life on Earth
量化 Ryugu 中的 L-氨基酸以限制地球生命中 L-氨基酸的来源
  • 批准号:
    24K17112
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 262.5万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
Synthetic analogues based on metabolites of omega-3 fatty acids protect mitochondria in aging hearts
基于 omega-3 脂肪酸代谢物的合成类似物可保护衰老心脏中的线粒体
  • 批准号:
    477891
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 262.5万
  • 项目类别:
    Operating Grants
Metabolomic profiles of responders and non-responders to an omega-3 fatty acids supplementation.
对 omega-3 脂肪酸补充剂有反应和无反应者的代谢组学特征。
  • 批准号:
    495594
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 262.5万
  • 项目类别:
Molecular recognition and enantioselective reaction of amino acids
氨基酸的分子识别和对映选择性反应
  • 批准号:
    23K04668
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 262.5万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Integrated understanding and manipulation of hypoxic cellular functions by artificial nucleic acids with hypoxia-accumulating properties
具有缺氧累积特性的人工核酸对缺氧细胞功能的综合理解和操纵
  • 批准号:
    23H02086
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 262.5万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
Basic research toward therapeutic strategies for stress-induced chronic pain with non-natural amino acids
非天然氨基酸治疗应激性慢性疼痛策略的基础研究
  • 批准号:
    23K06918
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 262.5万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Molecular mechanisms how arrestins that modulate localization of glucose transporters are phosphorylated in response to amino acids
调节葡萄糖转运蛋白定位的抑制蛋白如何响应氨基酸而被磷酸化的分子机制
  • 批准号:
    23K05758
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 262.5万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
{{ showInfoDetail.title }}

作者:{{ showInfoDetail.author }}

知道了