GORGON
GORGON
批准号:
8168559
负责人:
MARC L BAKER
金额:
$4.3万
依托单位国家:
美国
项目类别:
财政年份:
2010
资助国家:
美国
项目状态:
已结题
起止时间:
2010-01-15 至 2010-12-31
关键词:
CollaborationsComplexComputer Retrieval of Information on Scientific Projects DatabaseComputer softwareDataElementsEnvironmentFundingGoalsGrantImageryIndiumInstitutionMapsModelingMolecular ModelsMolecular StructureResearchResearch PersonnelResolutionResourcesSkeletonSourceStructureUnited States National Institutes of HealthUniversitiesVertebral columnWashingtondensitymolecular modelingtool
中文摘要
这个子项目是许多研究子项目中的一个
由NIH/NCRR资助的中心赠款提供的资源。子项目和
研究者(PI)可能从另一个NIH来源获得主要资金,
因此可以在其他CRISP条目中表示。所列机构为
中心,不一定是研究者的机构。
Gorgon是麻省理工学院的Matthew Baker和圣路易斯华盛顿大学的Tao Ju之间的软件合作,是一个交互式分子建模工具包,专门针对来自cryo-EM的亚纳米到近原子分辨率的密度图。 Gorgon为体积数据、几何骨架、二级结构元素和原子模型提供了一个全面的可视化框架。此外,gorgon提供了用于识别序列中预测的二级结构元素与体积中观察到的二级结构元素之间的对应关系的工具。根据这些对应关系,用户可以使用Gorgon提供的工具半自动或交互式地构建C-alpha主干模型。Gorgon项目的长期目标是为复杂大分子结构的完整分析、注释和建模提供一个集成环境。
英文摘要
This subproject is one of many research subprojects utilizing the
resources provided by a Center grant funded by NIH/NCRR. The subproject and
investigator (PI) may have received primary funding from another NIH source,
and thus could be represented in other CRISP entries. The institution listed is
for the Center, which is not necessarily the institution for the investigator.
Gorgon, a software collaboration between Matthew Baker at BCM and Tao Ju at Washington University in St. Louis, is an interactive molecular modeling toolkit specifically targeted at subnanometer to near-atomic resolution density maps from cryo-EM. Gorgon provides a comprehensive visualization framework for volumetric data, geometric skeletons, secondary structure elements and atomic models. Additionally, gorgon provides tools for identifying the correspondence between predicted secondary structure elements in the sequence and the observed secondary structure elements in the volume. From this correspondence,users can semi-automatically or interactively construct a C-alpha backbone model with the tools provided within Gorgon. The long-term goal of the Gorgon project is to produce an integrated environment for the complete analysis, annotation and modeling of complex macromolecular structures.
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会议论文
DE NOVO MODELING TOOL (GORGON)
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批准号:8361084
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项目类别:
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资助金额:$4.9万
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财政年份:2011
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负责人:MARC L BAKER
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依托单位:
CRYO-EM MAP FILTERING
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批准号:7953781
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项目类别:
-
资助金额:$3.48万
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财政年份:2008
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负责人:MARC L BAKER
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依托单位:
GORGON
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批准号:7953791
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项目类别:
-
资助金额:$3.48万
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财政年份:2008
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负责人:MARC L BAKER
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依托单位:
SKELETONIZATION OF CRYO-EM DENSITY MAPS
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批准号:7598616
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项目类别:
-
资助金额:$1.63万
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财政年份:2006
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负责人:MARC L BAKER
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依托单位:
C ALPHA CHAIN TRACE BASED ON CRYOEM MAPS
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批准号:7598622
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项目类别:
-
资助金额:$0.81万
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财政年份:2006
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负责人:MARC L BAKER
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依托单位:
SKELETONIZATION OF CRYO-EM DENSITY MAPS
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批准号:7357808
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项目类别:
-
资助金额:$1.51万
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财政年份:2005
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负责人:MARC L BAKER
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依托单位:
C ALPHA CHAIN TRACE BASED ON CRYOEM MAPS
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批准号:7357814
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项目类别:
-
资助金额:$0.75万
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财政年份:2005
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负责人:MARC L BAKER
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依托单位:
国内基金
海外基金
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TPLATE Complex通过胞吞调控CLV3-CLAVATA多肽信号模块维持干细胞稳态的分子机制研究
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批准号:32370337
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项目类别:面上项目
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