SKYLINE: AN OPEN SOURCE DOCUMENT EDITOR FOR CREATING AND ANALYZING TARGETED PROT

Skyline:用于创建和分析目标保护的开源文档编辑器

基本信息

  • 批准号:
    8171216
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 0.67万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
  • 财政年份:
    2010
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
    2010-09-01 至 2011-08-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

This subproject is one of many research subprojects utilizing the resources provided by a Center grant funded by NIH/NCRR. The subproject and investigator (PI) may have received primary funding from another NIH source, and thus could be represented in other CRISP entries. The institution listed is for the Center, which is not necessarily the institution for the investigator. Skyline is a Windows client application for targeted pro-teomics method creation and quantitative data analysis. It is open source and freely available for academic and commercial use. The Skyline user interface simplifies the development of mass spectrometer methods and the analysis of data from targeted proteomics experiments performed using Selected Reaction Monitoring (SRM). Skyline supports using and creating MS/MS spectral libraries from a wide variety of sources to choose SRM filters and verify results based on previously observed ion trap data. Skyline exports transition lists to and imports the native output files from Agilent, Applied Biosys-tems, Thermo Fisher Scientific and Waters triple quadrupole instruments, seamlessly connecting mass spectrometer output back to the experimental design document. The fast and compact Skyline file format is easily shared, even for experiments requiring many sample injections. A rich array of graphs displays results and provides powerful tools for inspecting data integrity as data is acquired, helping instrument operators to identify problems early. The Skyline dynamic report designer exports tabular data from the Skyline document model for in-depth analysis with common statistical tools.
这个子项目是许多研究子项目中利用 资源由NIH/NCRR资助的中心拨款提供。子项目和 调查员(PI)可能从NIH的另一个来源获得了主要资金, 并因此可以在其他清晰的条目中表示。列出的机构是 该中心不一定是调查人员的机构。 Skyline是一款Windows客户端应用程序,用于创建有针对性的蛋白质组学方法和定量数据分析。它是开源的,可免费用于学术和商业用途。Skyline用户界面简化了质谱仪方法的开发和使用选择性反应监测(SRM)进行的目标蛋白质组学实验的数据分析。Skyline支持使用和创建来自各种来源的MS/MS光谱库,以选择SRM滤光器并验证基于先前观察到的离子陷阱数据的结果。Skyline从安捷伦、应用生物系统、Thermo Fisher Science和Waters三重四极仪器导出转换列表并导入本地输出文件,从而将质谱仪输出无缝连接回实验设计文档。快速而紧凑的Skyline文件格式很容易共享,即使是需要多次样本注入的实验也是如此。丰富的图形阵列显示结果,并提供强大的工具来检查数据采集时的数据完整性,帮助仪器操作员及早发现问题。Skyline动态报表设计器从Skyline文档模型中导出表格数据,以便使用常用统计工具进行深入分析。

项目成果

期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
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专利数量(0)

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    $ 0.67万
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  • 财政年份:
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  • 资助金额:
    $ 0.67万
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