Data Organizing Core

数据组织核心

基本信息

  • 批准号:
    8933011
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 184.43万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
  • 财政年份:
    2014
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
    2014-08-01 至 2016-07-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

The main goal of the Data Organizing Core, DOC, of the Illuminating the Druggable Genome Knowledge Management Center (IDG KMC) is to evaluate, organize and rank all prospective disease-linked proteins for four protein superfamilies: G-protein-coupled receptors (GPCRs), nuclear receptors (NRs), ion channels (IC) and kinases. As main knowledge repository, the DOC will develop the "Target Central" Resource Database (TCRD) by combining data extracted from multiple sources linking disease, pathway, protein, chemical, gene, bioactivity, drug discovery and clinical information elements from databases, literature, patents, drug labels and other documents. TCRD will serve as central source for the IDG Query Platform, which is developed by KMC's User Interface Portal (UIP) core. DOC will develop tools for algorithmic processing and prediction, which will improve disease-protein associations supported by human curation. Four External Target Panels will curate emerging associations, ranking appropriate proteins. DOC will stratify proteins into 4 classes (Tclin - clinical; Tchem - manipulated by chemicals; Tmacro - manipulated by macromolecules; and Tdark - the genomic "dark matter"), supported by tissue and cellular localization data for proteins (TTL) and diseases. Oprea at UNM will lead the DOC, supported by team leaders Brunak and Jensen (at Center for Protein Research, Denmark), Overington (European Bioinformatics Institute) and Schurer (University of Miami), respectively. Specific Aims: 1. Develop tools for the automated extraction and processing of data, deposited into TCRD; 2. Develop tools for the semi-automated data extraction for pathways, diseases and associated ontologies, which will support TTL stratification; 3. Develop tools for expert curation of literature and patent data, approved drug labels and clinical trials; 4. Develop analytics, modeling and visualization tools for disease-based target prioritization. Preliminary stratification (e.g., Tclin 22%, Tdark 30%) of disease-protein associations was performed for each protein superfamily, using automated tools. Within 12 months, the TCRD-based IDG Querly Platform will be operational, improving target prioritization for the research community at large and the IDG Consortium, in exploring "dark matter" for GPCRs, NRs, ICs and kinases.
照亮可药物基因组知识管理中心(IDG KMC)的数据组织核心DOC的主要目标是评估、组织和排序四个蛋白质超家族的所有与疾病相关的蛋白质:G蛋白偶联受体(GPCRs)、核受体(NRs)、离子通道(IC)和激酶。作为主要的知识库,DOC将结合从多种来源提取的数据,从数据库、文献、专利、药品标签和其他文件中提取数据,将疾病、途径、蛋白质、化学、基因、生物活性、药物发现和临床信息元素联系在一起,开发“目标中心”资源数据库(TCRD)。TCRD将作为IDG查询平台的中央来源,该平台由KMC的用户界面门户(UIP)核心开发。DOC将开发用于算法处理和预测的工具,这将改善人类管理支持的疾病与蛋白质的关联。四个外部的Target小组将对新出现的关联进行管理,对适当的蛋白质进行排序。DOC将蛋白质分成4类(Tclin-临床型;Tchem-由化学物质操纵;Tchem-由大分子操纵;以及Tdark-基因组的“暗物质”),得到蛋白质(TTL)和疾病的组织和细胞定位数据的支持。UNM的Oprea将领导DOC,分别得到小组领导人Brunak和Jensen(丹麦蛋白质研究中心)、Overington(欧洲生物信息学研究所)和Schurer(迈阿密大学)的支持。具体目标:1.开发自动提取和处理存入TCRD的数据的工具;2.开发用于半自动提取路径、疾病和相关本体论的工具,这将支持TTL分层;3.开发专家精选文献和专利数据、批准的药物标签和临床试验的工具;4.开发分析、建模和可视化工具,用于基于疾病的目标优先排序。使用自动化工具对每个蛋白质超家族进行疾病-蛋白质关联性的初步分层(例如,Tclin 22%,TDark 30%)。在12个月内,基于TCRD的IDG Querly平台将投入使用,改进整个研究界和IDG联盟在探索GPCR、NRS、IC和激活酶的“暗物质”方面的目标优先顺序。

项目成果

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