RNA processing in Drosophila development

摘要： 我们这项提案的主要目的是为了阐明将世界上所有特定RNA的转录过程联系在一起的机制。 ​表示，他们的翻译技术(核糖核酸处理)。我们已经确定了它，并被描述为一种新的小说，具有很高的价值。 保守的​Zfrp8/PDCD2，​和研究表明，它在苍蝇、小鼠、动物和人类的干细胞中是必不可少的。 这也是癌症细胞生长所必需的。我们发现，​Zfrp8/PDCD2和​是促进中国核出口所必需的。 其中包括精选的mRNAs和电子转录本。此外，它还可以与最小的核糖体DNA亚基相互作用，形成一个新的复合体。 我们的研究数据表明，Zfrp8/PDCD2基因控制着精选细胞的亚细胞定位过程。 RNAs是RNPs与核糖体结合的产物，我们还发现Tet/TET1是一种新的核糖体。 Zfrp8/PDCD2是相互作用的蛋白质。在脊椎动物中，Zfrp8/PDCD2蛋白质在DNA去甲基化和转化过程中发挥作用。 5-甲基胞嘧啶(5mC)转变为5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)，这些修饰意味着它们在体内不会被检测到。 最近的一项研究表明，脊椎动物体内的蛋白质也可以将核糖核酸中的5mrC转化为5hmrC。 受到这一发现的启发，我们已经证明，5hmrC也同样存在于苍蝇中，这取决于它的活动。 假设是Tet修改了他们的具体成绩单，并监管了Zfrp8的招聘工作，以取代这些RNAs，等等。 控制他们的语言处理能力和翻译能力。 我们建议通过分子/生化检测和遗传检测相结合的方法来检验这一假说。 实验。我们将在整个转录组中识别5hmrC？修改后的转录，并研究它们的完整性、水平和水平。 并在野生型DNA和突变型DNA组织中进行定位。我们将在DNA图谱上进一步定位它们的结合位点，并进行比较。 最后，我们将测试​Tet​和​Zfrp8​将如何影响核糖体的占有率。 MRNAs负责并确定​Tet​和H5hmrC将如何影响他们的翻译。此外，他们还需要调查他们的翻译机制。 哪些是​tet​和5hmrC来调节核糖核酸的代谢，以及​如何影响​的代谢，我们将无法确定。 通过对突变型和表型的深入研究，强调了这两个基因在细胞发育和干细胞分化中的重要性。 新的​检测和​等位基因检测以及​检测​和​Zfrp8检测​组织。因为这两种检测方法都符合我们的要求。 这些结果很可能会进一步揭示老鼠和人类之间同样的研究过程。

Abstract  The aim of our proposal is to elucidate the mechanisms that link transcription of specific RNAs in the  nucleus to their translation (RNA processing). ​We have identified and characterized a novel and highly  conserved gene, ​Zfrp8/PDCD2, ​and shown that it is essential in stem cells in flies, mouse, and human, and  that it is also required for growth of cancer cells. We discovered ​Zfrp8/PDCD2 ​is required for the nuclear export  of select mRNAs and TE transcripts. Also it interacts with the small ribosomal subunit and forms a complex  with mRNA binding proteins. Our data suggest that Zfrp8/PDCD2 controls subcellular localization of select  RNAs and the association of mRNA­RNPs with ribosomes. We also have identified Tet/TET1 as a new  Zfrp8/PDCD2 interacting protein. In vertebrates, TET proteins function in DNA demethylation converting  5­methylcytosine (5mC) into 5­hydroxymethylcytosine (5hmC), modifications that are not detected in  Drosophila DNA. A recent study shows that vertebrate Tet proteins can also convert 5mrC to 5hmrC in RNA.  Inspired by this discovery, we have shown that 5hmrC also exists in flies and depends on Tet activity. We  hypothesize that Tet modifies specific transcripts and regulates the recruitment of Zfrp8 to these RNAs, so  controlling their processing and translation.    We propose to test this hypothesis by a combination of molecular/biochemical and genetic  experiments. We will identify 5hmrC­modified transcripts transcriptome­wide and study their integrity, levels,  and localization in wild type and mutant tissues. We will map the Tet binding sites on DNA and compare their  location to 5hmrC­modified transcripts. Finally, we will test how ​Tet​ and ​Zfrp8​ affect ribosomal occupancy of  mRNAs and establish how ​Tet​ and 5hmrC affect their translation. In addition to investigating the mechanism by  which ​Tet​ and 5hmrC regulate RNA metabolism and how Z​frp8​ affects the process, we will determine the  importance of both genes in development and stem cell differentiation by studying the mutant phenotypes of  new ​Tet ​alleles and ​Tet​ and ​Zfrp8 KD ​tissues. Because of the conservation of both Tet and Zfrp8/PDCD2 our  results are likely to shed light on the same process in mouse and human.