CONNECTOME PROJECT DATA MANAGEMENT AND IMAGE ASSEMBLY WITH CLAY REID
使用 CLAY REID 连接项目数据管理和图像组装
基本信息
- 批准号:8364226
- 负责人:
- 金额:$ 0.11万
- 依托单位:
- 依托单位国家:美国
- 项目类别:
- 财政年份:2011
- 资助国家:美国
- 起止时间:2011-09-15 至 2013-07-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:AnimalsBiomedical ResearchBrainBrain imagingCalciumCortical ColumnDataData SetFundingGoalsGrantHigh Performance ComputingHourImageImage AnalysisIndividualMethodsMusNational Center for Research ResourcesPrincipal InvestigatorResearchResearch InfrastructureResolutionResourcesSourceSpecimenStagingStructureSurfaceSystemThickTransmission Electron MicroscopyUnited States National Institutes of HealthVisual CortexWorkclaycostdata managementin vivoinstrumentneural circuitnext generationoperationvisual stimuluswhite matter
项目摘要
This subproject is one of many research subprojects utilizing the resources
provided by a Center grant funded by NIH/NCRR. Primary support for the subproject
and the subproject's principal investigator may have been provided by other sources,
including other NIH sources. The Total Cost listed for the subproject likely
represents the estimated amount of Center infrastructure utilized by the subproject,
not direct funding provided by the NCRR grant to the subproject or subproject staff.
The goal of this project is to acquire, assemble, and analyze images of
brain circuitry in experimental animals with the aim of understanding
the structure and function of neural circuits. Our initial work is to align
the largest possible serial section transmission electron microscopy (TEM)
image sets produced by Harvard's semi-automated TEM capture system.
These data are being used to study the operation of circuits in the mouse
visual cortex and are co-registered with in-vivo calcium images of the
same specimen while exposed to various visual stimuli.
The current Harvard instrument, operating at ~20 Mpixels/sec, captures mosaic
image sets of 50nm thick rectangular sections up to 1200 by 750 microns
at 4 nm in-plane resolution in less than an hour each. These data consist
of thousands of camera frames, ~10 Mpixels each, that must be aligned in
2D to produce full planar images up to 56 GBytes. The planes must then
be aligned in 3D to produce registered volumetric data that can be analyzed
much more easily than individual planes or camera frames. The first two
datasets, currently being aquired over a period of ~6 months, are larger
than 10 TBytes each. Methods developed at this stage will be applied to
even larger datasets produced by a faster next generation capture system
to be built during the next 2 years. The resulting PetaByte data will cover
volumes up to 1mm3 which are sufficient to contain an entire cortical
column extending from the brain surface into the white matter.
这个子项目是利用资源的许多研究子项目之一。
由NIH/NCRR资助的中心拨款提供。对子项目的主要支持
子项目的首席调查员可能是由其他来源提供的,
包括美国国立卫生研究院的其他来源。为子项目列出的总成本可能
表示该子项目使用的中心基础设施的估计数量,
不是由NCRR赠款提供给次级项目或次级项目工作人员的直接资金。
该项目的目标是获取、组装和分析
以理解为目的的实验动物的脑回路
神经回路的结构和功能。我们最初的工作是将
最大可能的连续切片透射电子显微镜(TEM)
由哈佛大学的半自动瞬变电磁捕获系统制作的图像集。
这些数据被用来研究鼠标中电路的操作
并与活体内钙图像共同配准
同一标本暴露在不同的视觉刺激下。
目前的哈佛仪器以大约20兆像素/秒的速度工作,捕捉到马赛克
厚达1200×750微米的50 nm厚的矩形截面的图像集
面内分辨率为4 nm,每次不到一小时。这些数据包括
数以千计的摄像机帧,每个大约10 M像素,必须对齐
2D可生成高达56 GB的全平面图像。然后飞机必须
在3D中对齐,以生成可分析的已配准的体数据
比单独的平面或相机框架容易得多。前两个
目前在大约6个月的时间内获得的数据集更大
每个都超过10 TB。在此阶段开发的方法将应用于
更快的下一代捕获系统产生更大的数据集
将在未来两年内建造。生成的PB数据将涵盖
体积高达1mm3,足以容纳整个皮质
从大脑表面延伸到白质的柱状物。
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
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