Statistical methods for gene regulatory analysis and single cell genomics
基因调控分析和单细胞基因组学的统计方法
基本信息
- 批准号:10001015
- 负责人:
- 金额:$ 37.67万
- 依托单位:
- 依托单位国家:美国
- 项目类别:
- 财政年份:2019
- 资助国家:美国
- 起止时间:2019-08-22 至 2023-06-30
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:3-DimensionalATAC-seqBiologicalBiological AssayBiological ProcessCellsChromatinComplexCoupledCouplingDNase I hypersensitive sites sequencingDataData SetDevelopmentDiseaseGene ExpressionGene Expression ProfilingGenomicsGoalsJointsMethodologyMethodsModelingMolecular ConformationPopulationPopulation HeterogeneityRegulator GenesResearchSamplingStatistical MethodsTimebaseexperimental studygenome-wideinterestsingle cell analysissingle-cell RNA sequencingtranscriptome sequencing
项目摘要
PROJECT SUMMARY
This project has three major components.
Analysis of matched accessibility, expression and 3D contact data in diverse contexts
In this component we will develop statistical methods for modeling gene regulatory relations based
on the joint analysis of gene expression data (from RNA-seq), chromatin accessibility data (from
ATAC-seq or DNase-seq) and 3D interaction data (from Hi-C or HiChIP) from diverse cellular
contexts. The focus will on “matched data sets” where the different types of omics assays are
performed on the same or closely matched cellular contexts. The methodology should be
applicable to cases when some data types are missing in a substantial subset of contexts. The
methodology should also be able to incorporate a large variety of non-context dependent data.
Analysis of matched omics data in time courses
In this component we will develop an approach to the modeling of time course data that is capable
of utilizing prior information provided by a general regulatory model learned from diverse contexts.
The emphasis will be on experiments where expression, accessibility and 3D contact data are
generated at each time points to study a specific biological processes.
Joint analysis of multiple types of single cell omics data
In this component we will develop statistical methods for the joint analysis of single cell omics data
on expression, accessibility, and 3D contact. Specifically, we are interested in the situation where
multiple types of single cell omics data are generated from the same heterogeneous population of
cells. We will develop statistical methods to resolve the population into relevant subpopulations
and to infer subpopulation-specific gene regulatory relations. We will also develop methods to
handle the case when 3D contact data is from bulk sample.
项目摘要
该项目有三个主要组成部分。
分析不同背景下匹配的可访问性、表达和3D接触数据
在这个部分中,我们将开发基于基因调控关系建模的统计方法。
基因表达数据(来自RNA-seq)、染色质可及性数据(来自
ATAC-seq或DNase-seq)和来自不同细胞的3D相互作用数据(来自Hi-C或HiChIP)。
contexts.重点将放在“匹配的数据集”上,其中包含不同类型的组学分析
在相同或紧密匹配的细胞环境中进行。方法应该是
适用于某些数据类型在大量上下文子集中缺失的情况。的
该方法还应当能够结合大量的非上下文相关的数据。
时间进程中匹配组学数据的分析
在本组件中,我们将开发一种建模时间过程数据的方法,
利用从不同背景中学习到的一般监管模型提供的先验信息。
重点将放在表达、可访问性和3D接触数据的实验上
在每个时间点生成,以研究特定的生物过程。
多种类型单细胞组学数据的联合分析
在这一部分中,我们将开发用于单细胞组学数据联合分析的统计方法
关于表达、可访问性和3D接触。具体来说,我们感兴趣的情况是,
多种类型的单细胞组学数据是从相同的异质细胞群体产生的
细胞我们将开发统计方法,将人口分解为相关的亚群
并推断亚群特异性基因调控关系。我们还将制定方法,
处理3D接触数据来自批量样品的情况。
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
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