Appareillage pour l'électrophorèse en gradient dénaturant chimique ou thermique

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Appareillage pour l'électrophorèse en gradient dénaturant chimique ou thermique. Le principe de l'électrophorèse en gradient dénaturant est le suivant: des fragments d'ADN de taille identique peuvent être néanmoins séparés en fonction de leur contenu en G+C et même de leur séquence. C'est la dénaturation progressive des deux brins de l'ADN (par gradient d'agent chimique ou de température) qui permet cette séparation. Dans le cas le plus favorable, deux courts segments qui ne diffèrent que par une mutation ponctuelle peuvent être séparés et identifiés. Deux applications sont visées en particulier. L'étude des communautés microbiennes implique en général l'amplification des gènes codant pour l'ARN 16S, mais l'amplification de gènes participant à des voies métaboliques spécifiques ou de gènes-indicateurs pour certaines espèces de microorganismes est également envisagée. Les profils DGGE/TTGE illustrent la variation des communautés dans le temps et/ou dans l'espace de l'écosystème étudié. Ces profils facilitent aussi l'identification des espèces dominantes dans une communauté, suite au séquençage des fragments les plus intenses dans un profil donné. Dans les études du polymorphisme génétique microbien, le DGGE/TTGE permet de trouver rapidement les souches dont le profil diffère du type sauvage et de bâtir leur classement avant d'aborder le séquençage. Notre équipe prévoit l'utilisation de l'appareil dans les domaines de la biotechnologie, la microbiologie environnementale, la lutte biologique contre les maladies végétales, la phytorémédiation et l'étude des mécanismes de pathogénicité chez les bactéries.